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万見
- EMDB-26256: Local refinement of cryo-EM structure of the interface of the Omi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26256
タイトルLocal refinement of cryo-EM structure of the interface of the Omicron RBD in complex with antibodies B-182.1 and A19-46.1
マップデータLocal refinement map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1
試料
  • 複合体: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1
    • タンパク質・ペプチド: Surface glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Surface glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Zhou T / kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis for potent antibody neutralization of SARS-CoV-2 variants including B.1.1.529.
著者: Tongqing Zhou / Lingshu Wang / John Misasi / Amarendra Pegu / Yi Zhang / Darcy R Harris / Adam S Olia / Chloe Adrienna Talana / Eun Sung Yang / Man Chen / Misook Choe / Wei Shi / I-Ting Teng ...著者: Tongqing Zhou / Lingshu Wang / John Misasi / Amarendra Pegu / Yi Zhang / Darcy R Harris / Adam S Olia / Chloe Adrienna Talana / Eun Sung Yang / Man Chen / Misook Choe / Wei Shi / I-Ting Teng / Adrian Creanga / Claudia Jenkins / Kwanyee Leung / Tracy Liu / Erik-Stephane D Stancofski / Tyler Stephens / Baoshan Zhang / Yaroslav Tsybovsky / Barney S Graham / John R Mascola / Nancy J Sullivan / Peter D Kwong /
要旨: The rapid spread of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.529 (Omicron) variant and its resistance to neutralization by vaccinee and convalescent sera are driving a ...The rapid spread of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.529 (Omicron) variant and its resistance to neutralization by vaccinee and convalescent sera are driving a search for monoclonal antibodies with potent neutralization. To provide insight into effective neutralization, we determined cryo-electron microscopy structures and evaluated receptor binding domain (RBD) antibodies for their ability to bind and neutralize B.1.1.529. Mutations altered 16% of the B.1.1.529 RBD surface, clustered on an RBD ridge overlapping the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2)-binding surface and reduced binding of most antibodies. Substantial inhibitory activity was retained by select monoclonal antibodies-including A23-58.1, B1-182.1, COV2-2196, S2E12, A19-46.1, S309, and LY-CoV1404-that accommodated these changes and neutralized B.1.1.529. We identified combinations of antibodies with synergistic neutralization. The analysis revealed structural mechanisms for maintenance of potent neutralization against emerging variants.
履歴
登録2022年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2022年10月19日-
現状2022年10月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26256.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26256.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.235
最小 - 最大-0.40156403 - 0.87982863
平均 (標準偏差)-0.0009964088 (±0.011409314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 513.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26256_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened local refinement half map for the interface...

ファイルemd_26256_additional_1.map
注釈Sharpened local refinement half map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Local refinement half map for the interface of...

ファイルemd_26256_half_map_1.map
注釈Local refinement half map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Local refinement half map for the interface of...

ファイルemd_26256_half_map_2.map
注釈Local refinement half map for the interface of Omicron RBD in complex with Fab B1-182.1 and Fab A19-46.1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibod...

全体名称: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1
要素
  • 複合体: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1
    • タンパク質・ペプチド: Surface glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibod...

超分子名称: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Surface glycoprotein

分子名称: Surface glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 22.297182 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NITNLCPFDE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN LAPFFTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGNIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN KLDSKVSGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVAGFNCY F PLRSYSFR ...文字列:
NITNLCPFDE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN LAPFFTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGNIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN KLDSKVSGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVAGFNCY F PLRSYSFR PTYGVGHQPY RVVVLSFELL HAPATVCG

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分子 #2: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1

分子名称: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.8699 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTLS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARG WAYWELLPDY YYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTLS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARG WAYWELLPDY YYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDK

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分子 #3: Light chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1

分子名称: Light chain of SARS-CoV-2 antibody A19-46.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.760273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QTVVTQEPSF SVSPGGTVTL TCGLSSGSVS TAYFPSWYQQ TPGQAPRTLI YGTNTRSSGV PDRFSGSILG NKAALTITGA QADDESDYY CVLYMGRGIV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QTVVTQEPSF SVSPGGTVTL TCGLSSGSVS TAYFPSWYQQ TPGQAPRTLI YGTNTRSSGV PDRFSGSILG NKAALTITGA QADDESDYY CVLYMGRGIV VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #4: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1

分子名称: Heavy chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.285312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFT SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSGGSCFDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFT SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSGGSCFDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK

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分子 #5: Light chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1

分子名称: Light chain of SARS-CoV-2 antibody B1-182.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.536008 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGFP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGFP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 100 mM HEPES, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2-3.5 seconds before plugging..
詳細Complex at 0.5 mg/mL concentration in the buffer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 46244
詳細: SARS-CoV-2 receptor-binding domain in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7tcc

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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