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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2599 | |||||||||
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タイトル | Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES | |||||||||
![]() | Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES in canonical state | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fernandez IS / Bai XC / Scheres SHW / Ramakrishnan V | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Initiation of translation by cricket paralysis virus IRES requires its translocation in the ribosome. 著者: Israel S Fernández / Xiao-Chen Bai / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan / ![]() 要旨: The cricket paralysis virus internal ribosome entry site (CrPV-IRES) is a folded structure in a viral mRNA that allows initiation of translation in the absence of any host initiation factors. By ...The cricket paralysis virus internal ribosome entry site (CrPV-IRES) is a folded structure in a viral mRNA that allows initiation of translation in the absence of any host initiation factors. By using recent advances in single-particle electron cryomicroscopy, we have solved the structure of CrPV-IRES bound to the ribosome of the yeast Kluyveromyces lactis in both the canonical and rotated states at overall resolutions of 3.7 and 3.8 Å, respectively. In both states, the pseudoknot PKI of the CrPV-IRES mimics a tRNA/mRNA interaction in the decoding center of the A site of the 40S ribosomal subunit. The structure and accompanying factor-binding data show that CrPV-IRES binding mimics a pretranslocation rather than initiation state of the ribosome. Translocation of the IRES by elongation factor 2 (eEF2) is required to bring the first codon of the mRNA into the A site and to allow the start of translation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 389.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 125 MB 125 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES in canonical state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: 40S IntRat WM.map
ファイル | 40S_IntRat_WM.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: 80S IRES IntRat FINAL.map
ファイル | 80S_IRES_IntRat_FINAL.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
全体 | 名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES |
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要素 |
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-超分子 #1000: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
超分子 | 名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: 1 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 3.2 MDa / 理論値: 3.2 MDa / 手法: Sedimentation |
-超分子 #1: Kluyveromyces lactis 80S ribosome
超分子 | 名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Kluyveromyces lactis 80S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 3.2 MDa / 理論値: 3.2 MDa |
-分子 #1: IRES
分子 | 名称: IRES / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 詳細: 10mM MES-KOH, 10mM NH4 acetate, 40mM K-acetate, 8 mM Mg-acetated, 2mM DTT |
グリッド | 詳細: 400 mesh R 2/2 Quantifoil grids |
凍結 | 凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I Timed resolved state: Vitrified 30 msec after spraying with effector 手法: 2.5 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2013年7月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1900 / 平均電子線量: 40 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 18132 |
詳細 | RELION movement correction processing used |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, refmac |
詳細 | Coordinates refined with Refmac and checked with COOT |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC |
得られたモデル | ![]() PDB-4v91: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, refmac |
詳細 | Coordinates refined with Refmac and checked with COOT |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC |
得られたモデル | ![]() PDB-4v91: |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5c Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L / Chain - #12 - Chain ID: M / Chain - #13 - Chain ID: N / Chain - #14 - Chain ID: O / Chain - #15 - Chain ID: P / Chain - #16 - Chain ID: Q / Chain - #17 - Chain ID: R / Chain - #18 - Chain ID: S / Chain - #19 - Chain ID: T / Chain - #20 - Chain ID: U / Chain - #21 - Chain ID: V / Chain - #22 - Chain ID: W / Chain - #23 - Chain ID: X / Chain - #24 - Chain ID: Y / Chain - #25 - Chain ID: Z / Chain - #26 - Chain ID: a / Chain - #27 - Chain ID: b / Chain - #28 - Chain ID: c / Chain - #29 - Chain ID: d / Chain - #30 - Chain ID: e / Chain - #31 - Chain ID: f / Chain - #32 - Chain ID: g |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, refmac |
詳細 | Coordinates refined with Refmac and checked with COOT |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC |
得られたモデル | ![]() PDB-4v91: |
-原子モデル構築 4
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5e Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L / Chain - #12 - Chain ID: M / Chain - #13 - Chain ID: N / Chain - #14 - Chain ID: O / Chain - #15 - Chain ID: P / Chain - #16 - Chain ID: Q / Chain - #17 - Chain ID: R / Chain - #18 - Chain ID: S / Chain - #19 - Chain ID: T / Chain - #20 - Chain ID: U / Chain - #21 - Chain ID: V / Chain - #22 - Chain ID: W / Chain - #23 - Chain ID: X / Chain - #24 - Chain ID: Y / Chain - #25 - Chain ID: Z / Chain - #26 - Chain ID: a / Chain - #27 - Chain ID: b / Chain - #28 - Chain ID: c / Chain - #29 - Chain ID: d / Chain - #30 - Chain ID: e / Chain - #31 - Chain ID: f / Chain - #32 - Chain ID: g / Chain - #33 - Chain ID: h / Chain - #34 - Chain ID: i / Chain - #35 - Chain ID: j / Chain - #36 - Chain ID: k / Chain - #37 - Chain ID: l / Chain - #38 - Chain ID: m / Chain - #39 - Chain ID: n / Chain - #40 - Chain ID: o / Chain - #41 - Chain ID: p |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, refmac |
詳細 | Coordinates refined with Refmac and checked with COOT |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC |
得られたモデル | ![]() PDB-4v91: |
-原子モデル構築 5
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5d Chain - #0 - Chain ID: 1 / Chain - #1 - Chain ID: 3 / Chain - #2 - Chain ID: 4 |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, refmac |
詳細 | Coordinates refined with Refmac and checked with COOT |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC |
得られたモデル | ![]() PDB-4v91: |