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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25744 | |||||||||
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タイトル | Heptameric Human Twinkle Helicase Clinical Variant W315L | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Helicase (ヘリカーゼ) / walker A / walker B / DNA binding (デオキシリボ核酸) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA 5'-3' helicase / mitochondrial DNA replication / mitochondrial transcription / protein hexamerization / DNA unwinding involved in DNA replication / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / isomerase activity / DNA helicase activity / cellular response to glucose stimulus ...DNA 5'-3' helicase / mitochondrial DNA replication / mitochondrial transcription / protein hexamerization / DNA unwinding involved in DNA replication / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / isomerase activity / DNA helicase activity / cellular response to glucose stimulus / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / protease binding / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Riccio AA / Bouvette J | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structural insight and characterization of human Twinkle helicase in mitochondrial disease. 著者: Amanda A Riccio / Jonathan Bouvette / Lalith Perera / Matthew J Longley / Juno M Krahn / Jason G Williams / Robert Dutcher / Mario J Borgnia / William C Copeland / 要旨: Twinkle is the mammalian helicase vital for replication and integrity of mitochondrial DNA. Over 90 Twinkle helicase disease variants have been linked to progressive external ophthalmoplegia and ...Twinkle is the mammalian helicase vital for replication and integrity of mitochondrial DNA. Over 90 Twinkle helicase disease variants have been linked to progressive external ophthalmoplegia and ataxia neuropathies among other mitochondrial diseases. Despite the biological and clinical importance, Twinkle represents the only remaining component of the human minimal mitochondrial replisome that has yet to be structurally characterized. Here, we present 3-dimensional structures of human Twinkle W315L. Employing cryo-electron microscopy (cryo-EM), we characterize the oligomeric assemblies of human full-length Twinkle W315L, define its multimeric interface, and map clinical variants associated with Twinkle in inherited mitochondrial disease. Cryo-EM, crosslinking-mass spectrometry, and molecular dynamics simulations provide insight into the dynamic movement and molecular consequences of the W315L clinical variant. Collectively, this ensemble of structures outlines a framework for studying Twinkle function in mitochondrial DNA replication and associated disease states. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25744.map.gz | 218.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25744-v30.xml emd-25744.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25744_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25744.png | 180.8 KB | ||
マスクデータ | emd_25744_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25744.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_25744_half_map_1.map.gz emd_25744_half_map_2.map.gz | 226.1 MB 226.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25744 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25744 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25744_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25744_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25744_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L
全体 | 名称: Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L |
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要素 |
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-超分子 #1: Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L
超分子 | 名称: Heptameric Human Twinkle Clinical Variant W315L / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 504 KDa |
-分子 #1: Twinkle mtDNA helicase
分子 | 名称: Twinkle mtDNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 78.469422 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MWVLLRSGYP LRILLPLRGE WMGRRGLPRN LAPGPPRRRY RKETLQALDM PVLPVTATEI RQYLRGHGIP FQDGHSCLRA LSPFAESSQ LKGQTGVTTS FSLFIDKTTG HFLCMTSLAE GSWEDFQASV EGRGDGAREG FLLSKAPEFE DSEEVRRIWN R AIPLWELP ...文字列: MWVLLRSGYP LRILLPLRGE WMGRRGLPRN LAPGPPRRRY RKETLQALDM PVLPVTATEI RQYLRGHGIP FQDGHSCLRA LSPFAESSQ LKGQTGVTTS FSLFIDKTTG HFLCMTSLAE GSWEDFQASV EGRGDGAREG FLLSKAPEFE DSEEVRRIWN R AIPLWELP DQEEVQLADT MFGLTKVTDD TLKRFSVRYL RPARSLVFPW FSPGGSGLRG LKLLEAKCQG DGVSYEETTI PR PSAYHNL FGLPLISRRD AEVVLTSREL DSLALNQSTG LPTLTLPRGT TCLPPALLPY LEQFRRIVFW LGDDLRSLEA AKL FARKLN PKRCFLVRPG DQQPRPLEAL NGGFNLSRIL RTALPAWHKS IVSFRQLREE VLGELSNVEQ AAGLRWSRFP DLNR ILKGH RKGELTVFTG PTGSGKTTFI SEYALDLCSQ GVNTLWGSFE ISNVRLARVM LTQFAEGRLE DQLDKYDHWA DRFED LPLY FMTFHGQQSI RTVIDTMQHA VYVYDICHVI IDNLQFMMGH EQLSTDRIAA QDYIIGVFRK FATDNNCHVT LVIHPR KED DDKELQTASI FGSAKASQEA DNVLILQDRK LVTGPGKRYL QVSKNRFDGD VGVFPLEFNK NSLTFSIPPK NKARLKK IK DDTGPVAKKP SSGKKGATTQ NSEICSGQAP TPDQPDTSKR SKAAALEHHH HHH UniProtKB: Twinkle mtDNA helicase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |