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- EMDB-24271: State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-M... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24271
タイトルState E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-MTD locally refined map
マップデータState E2 Spb1-MTD locally refined map
試料
  • 複合体: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 2種
キーワードribosome biogenesis (リボソーム生合成) / DEAD-box ATPases / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / nucleolus (核小体) / RIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / Noc1p-Noc2p complex / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / tRNA methylation ...25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / Noc1p-Noc2p complex / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / rRNA base methylation / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ATPase activator activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / transcription corepressor activity / protein transport / histone binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ATPase binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / mRNA binding / 核小体 / GTP binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 ...Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / : / Domain of unknown function DUF2423 / YBL028C ribosome biogenesis factor, N-terminal domain / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Guanine nucleotide-binding protein-like 3, N-terminal domain / GNL3L/Grn1 putative GTPase / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL3 / 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase / UPF0642 protein YBL028C / Nucleolar complex protein 2 / Nuclear GTP-binding protein NUG1 / 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Eukaryotic translation initiation factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Cruz VE / Sekulski K / Peddada N / Erzberger JP
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135617-01 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
Robert A. Welch FoundationI-1897 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Sequence-specific remodeling of a topologically complex RNP substrate by Spb4.
著者: Victor Emmanuel Cruz / Kamil Sekulski / Nagesh Peddada / Carolin Sailer / Sahana Balasubramanian / Christine S Weirich / Florian Stengel / Jan P Erzberger /
要旨: DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular ...DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular roles, most notably in driving large-scale RNA remodeling steps during the assembly of ribonucleoproteins (RNPs). We describe cryo-EM structures of 60S ribosomal biogenesis intermediates that reveal how context-specific RNA unwinding by the DEAD-box ATPase Spb4 results in extensive, sequence-specific remodeling of rRNA secondary structure. Multiple cis and trans interactions stabilize Spb4 in a post-catalytic, high-energy intermediate that drives the organization of the three-way junction at the base of rRNA domain IV. This mechanism explains how limited strand separation by DEAD-box ATPases is leveraged to provide non-equilibrium directionality and ensure efficient and accurate RNP assembly.
履歴
登録2021年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24271.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State E2 Spb1-MTD locally refined map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.048888553 - 0.10175384
平均 (標準偏差)0.000036645804 (±0.0018181521)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 453.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: State E2 Spb1-MTD locally refined half map 2

ファイルemd_24271_half_map_1.map
注釈State E2 Spb1-MTD locally refined half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: State E2 Spb1-MTD locally refined half map 1

ファイルemd_24271_half_map_2.map
注釈State E2 Spb1-MTD locally refined half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.

全体名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
要素
  • 複合体: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
    • RNA: 25S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal RNA-processing protein 17
    • タンパク質・ペプチド: Nucleolar complex protein 2
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein RLP24リボソーム生合成
    • タンパク質・ペプチド: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosome biogenesis factor Nog1
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L31-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosome ribosomal protein L19A
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: UPF0642 protein YBL028C
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear GTP-binding protein NUG1
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 6
    • タンパク質・ペプチド: 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINES-アデノシル-L-ホモシステイン
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.

超分子名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
分子量理論値: 3.3 MDa

+
分子 #1: 25S rRNA

分子名称: 25S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 121.655477 KDa
配列文字列: AUAGGGUGAA GCCAGAGGAA ACUCUGGUGG AGGCUCGAAA AUGGAAUUAG ACUGAAGGUC GGCGCCCUGG AGUUAUCUUU UCUUGUUUA UCCCGCUUCG GCCCCAAGGU GAACAGCCUC UAAUGUAGAU AAGGGAAGUC GGGGGAAUCU GACUGUUAAC G AGAUUCCC ...文字列:
AUAGGGUGAA GCCAGAGGAA ACUCUGGUGG AGGCUCGAAA AUGGAAUUAG ACUGAAGGUC GGCGCCCUGG AGUUAUCUUU UCUUGUUUA UCCCGCUUCG GCCCCAAGGU GAACAGCCUC UAAUGUAGAU AAGGGAAGUC GGGGGAAUCU GACUGUUAAC G AGAUUCCC ACUGUCCCUA UCUACUCGGG GAACUGGCUU GUCGGCUCUU CCUAUCAUAC CAUUCGGUAA GCGUUGGAU (OMU)(OMG)(PSU)UCACCCA CUAAUAGGGA ACGUG(A2M)GCUG AAUUGAACUU AGGAACAGUU CAUUCGGAUA AUUG GUUUU UGCGGCUGUC UGAUCAGGCA UUGCCGCGAA GCUACCAUCC GAAUCUAUAU AUUGUAAGCU GAGAUUAAGC CU

+
分子 #2: Ribosomal RNA-processing protein 17

分子名称: Ribosomal RNA-processing protein 17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 13.077044 KDa
配列文字列:
NRQILTRGKQ SKKFGTDEVT FDKDSRLDYL TGFHKRKLQR QKKAQEFIKE QERLRKIEER QKIRQERKEV MEEQLKTFKE SLNLKFRYL TKNERRINQR KANDNK

+
分子 #3: Nucleolar complex protein 2

分子名称: Nucleolar complex protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 4.74966 KDa
配列文字列:
KVSKSTKKFQ SKHLKHTLDQ RRKEKIQKKR IQGRRGNKT

UniProtKB: Nucleolar complex protein 2

+
分子 #4: 60S ribosomal protein L23-A

分子名称: 60S ribosomal protein L23-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 14.218625 KDa
配列文字列:
NGAQGTKFRI SLGLPVGAIM NCADNSGARN LYIIAVKGSG SRLNRLPAAS LGDMVMATVK KGKPELRKKV MPAIVVRQAK SWRRRDGVF LYFEDNAGVI ANPKGEMKGS AITGPVGKEC ADLWPRVASN SGVVV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14A

+
分子 #5: Ribosome biogenesis protein RLP24

分子名称: Ribosome biogenesis protein RLP24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 7.786305 KDa
配列文字列:
MRIYQCHFCS SPCYPGHGIM FVRNDAKEFR FCRSKCHKAF KQRRNPRKLK WTKAFRKAAG KELAV

UniProtKB: Ribosome biogenesis protein RLP24

+
分子 #6: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase

分子名称: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 45.405633 KDa
配列文字列: MGKTQKKNSK GRLDRYYYLA KEKGYRARSS FKIIQINEKY GHFLEKSKVV IDLCAAPGSW CQVASKLCPV NSLIIGVDIV PMKPMPNVI TFQSDITTED CRSKLRGYMK TWKADTVLHD GAPNVGLGWV QDAFTQSQLT LQALKLAVEN LVVNGTFVTK I FRSKDYNK ...文字列:
MGKTQKKNSK GRLDRYYYLA KEKGYRARSS FKIIQINEKY GHFLEKSKVV IDLCAAPGSW CQVASKLCPV NSLIIGVDIV PMKPMPNVI TFQSDITTED CRSKLRGYMK TWKADTVLHD GAPNVGLGWV QDAFTQSQLT LQALKLAVEN LVVNGTFVTK I FRSKDYNK LIWVFQQLFE KVEATKPPAS RNVSAEIFVV CKGFKAPKRL DPRLLDPKEV FEELPDGQQN MESKIYNPEK KV RKRQGYE EGDNLLYHET SILDFVRTED PISMLGEMNK FTIDENDHEW KILKKLKQTT DEFRSCIEDL KVLGKKDFKM ILR WRKIAR EILGIEVKDD AKTEIEVVPL TEEEQIEKDL QGLQEKQRLN VKRERRRKNE MKQKELQRMQ MNM

UniProtKB: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase

+
分子 #7: 60S ribosome biogenesis factor Nog1

分子名称: 60S ribosome biogenesis factor Nog1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 8.783554 KDa
配列文字列:
IVLNRTQRKT PTVIRPGFKI TRIRAFYMRK VKYTGEGMPE ILDGKNVYIR NRQKTMIAEA RNRKSLKNKA IMPR

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L31-A

分子名称: 60S ribosomal protein L31-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 7.025393 KDa
配列文字列:
TINLHKRLHG VSFKKRAPRA VKEIKKFAKL HMGTDDVRLA PELNQAIWKR GVKGVEYRLR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL31A

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L22-A

分子名称: 60S ribosomal protein L22-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 2.350864 KDa
配列文字列:
KYLKYLTKKY LKKNQLRD

+
分子 #10: 60S ribosome ribosomal protein L19A

分子名称: 60S ribosome ribosomal protein L19A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 7.490019 KDa
配列文字列:
KAVTVHSKRL PSQVVWIRRL RVLRRLLAKY RIDKHLYHVL YKESKGNAFK HKRALVEHII QA

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L30

分子名称: 60S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 4.390093 KDa
配列文字列:
LGYIIIAANT PVLRKSVYYF QGGNNELGTA VGKLFRVGVV S

+
分子 #12: 60S ribosomal protein L3

分子名称: 60S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 42.452184 KDa
配列文字列: GHLGFLPRKR AASIRARVKA FPKDDRSKPV ALTSFLGYKA GMTTIVRDLD RPGSKFHKRE VVEAVTVVDT PPVVVVGVVG YVETPRGLR SLTTVWAEHL SDEVKRRFYK NWYKSKKKAF TKYSAKYAQD GAGIERELAR IKKYASVVRV LVHTQIRKTP L AQKKAHLA ...文字列:
GHLGFLPRKR AASIRARVKA FPKDDRSKPV ALTSFLGYKA GMTTIVRDLD RPGSKFHKRE VVEAVTVVDT PPVVVVGVVG YVETPRGLR SLTTVWAEHL SDEVKRRFYK NWYKSKKKAF TKYSAKYAQD GAGIERELAR IKKYASVVRV LVHTQIRKTP L AQKKAHLA EIQLNGGSIS EKVDWAREHF EKTVAVDSVF EQNEMIDAIA VTKGHGFEGV THRWGTKKLP RKTHRGLRKV AC IGAWHPA HVMWSVARAG QRGYHSRTSI NHKIYRVGKG DDEANGATSF DRTKKTITPM GGFVHYGEIK NDFIMVKGCI PGN RKRIVT LRKSLYTNTS RKALEEVSLK WIDTASKFGK GRFQTPAEKH AFMGTLKKDL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #13: UPF0642 protein YBL028C

分子名称: UPF0642 protein YBL028C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 646.78 Da
配列文字列:
AKSLRA

UniProtKB: UPF0642 protein YBL028C

+
分子 #14: Nuclear GTP-binding protein NUG1

分子名称: Nuclear GTP-binding protein NUG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 977.232 Da
配列文字列:
MRVRKRQ

UniProtKB: Nuclear GTP-binding protein NUG1

+
分子 #15: Eukaryotic translation initiation factor 6

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 26.476605 KDa
配列文字列: MATRTQFENS NEIGVFSKLT NTYCLVAVGG SENFYSAFEA ELGDAIPIVH TTIAGTRIIG RMTAGNRRGL LVPTQTTDQE LQHLRNSLP DSVKIQRVEE RLSALGNVIC CNDYVALVHP DIDRETEELI SDVLGVEVFR QTISGNILVG SYCSLSNQGG L VHPQTSVQ ...文字列:
MATRTQFENS NEIGVFSKLT NTYCLVAVGG SENFYSAFEA ELGDAIPIVH TTIAGTRIIG RMTAGNRRGL LVPTQTTDQE LQHLRNSLP DSVKIQRVEE RLSALGNVIC CNDYVALVHP DIDRETEELI SDVLGVEVFR QTISGNILVG SYCSLSNQGG L VHPQTSVQ DQEELSSLLQ VPLVAGTVNR GSSVVGAGMV VNDYLAVTGL DTTAPELSVI ESIFRLQDAQ PESISGNLRD TL IETYS

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 6

+
分子 #16: 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase

分子名称: 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 3.821383 KDa
配列文字列:
LAQTLVNRGV NLQPIGSWTK VGLQIFDSQV PIGATP

UniProtKB: 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase

+
分子 #17: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

分子名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: SAH
分子量理論値: 384.411 Da
Chemical component information

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン

+
分子 #18: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMCH2[CH2NHC(CH2OH)3]2Bis-Tris-Propane
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMC9H15O6PHClTCEP
0.01 % (w/v)NP-40
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4523 / 平均露光時間: 0.05 sec. / 平均電子線量: 1.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 825096
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3891

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 118000 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 198000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7naf:
State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-MTD local model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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