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- EMDB-23526: Human TRiC/CCT complex with reovirus outer capsid protein sigma-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23526
タイトルHuman TRiC/CCT complex with reovirus outer capsid protein sigma-3
マップデータ
試料
  • 複合体: human TRiC/CCT complex with reovirus outer capsid protein sigma-3
    • 複合体: human TRiC/CCT complex
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: reovirus outer capsid protein sigma-3
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードtric / cct / reovirus capsid / sigma 3 / CHAPERONE (シャペロン)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / zona pellucida receptor complex / scaRNA localization to Cajal body / viral outer capsid / positive regulation of protein localization to Cajal body / tubulin complex assembly / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / chaperonin-containing T-complex ...symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / zona pellucida receptor complex / scaRNA localization to Cajal body / viral outer capsid / positive regulation of protein localization to Cajal body / tubulin complex assembly / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / chaperonin-containing T-complex / Folding of actin by CCT/TriC / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RHOBTB1 GTPase cycle / WD40-repeat domain binding / intermediate filament cytoskeleton / beta-tubulin binding / 中心体マトリックス / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / chaperone-mediated protein complex assembly / RHOBTB2 GTPase cycle / ヘテロクロマチン / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / ウイルスのライフサイクル / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / acrosomal vesicle / cell projection / mRNA 3'-UTR binding / ATP-dependent protein folding chaperone / response to virus / mRNA 5'-UTR binding / 繊毛 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G-protein beta-subunit binding / azurophil granule lumen / unfolded protein binding / メラノソーム / フォールディング / cell body / secretory granule lumen / host cell cytoplasm / ficolin-1-rich granule lumen / 微小管 / protein stabilization / 細胞骨格 / cadherin binding / 中心体 / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ubiquitin protein ligase binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / ゴルジ体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit ...Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein sigma-3 / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit theta / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス) / Reovirus type 3 (strain Dearing) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Knowlton JJ / Gestaut D / Ma B / Taylor G / Seven AB / Leitner A / Wilson GJ / Shanker S / Yates NA / Prasad BVV ...Knowlton JJ / Gestaut D / Ma B / Taylor G / Seven AB / Leitner A / Wilson GJ / Shanker S / Yates NA / Prasad BVV / Aebersold R / Chiu W / Frydman J / Dermody TS
資金援助 米国, European Union, 10件
OrganizationGrant number国
Robert A. Welch FoundationQ1279 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR000445 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P01NS092525 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007347 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM074074 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103124 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR000445 米国
European Research Council (ERC)AdvG 233226European Union
European Research Council (ERC)AdvG 670821European Union
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structural and functional dissection of reovirus capsid folding and assembly by the prefoldin-TRiC/CCT chaperone network.
著者: Jonathan J Knowlton / Daniel Gestaut / Boxue Ma / Gwen Taylor / Alpay Burak Seven / Alexander Leitner / Gregory J Wilson / Sreejesh Shanker / Nathan A Yates / B V Venkataram Prasad / Ruedi ...著者: Jonathan J Knowlton / Daniel Gestaut / Boxue Ma / Gwen Taylor / Alpay Burak Seven / Alexander Leitner / Gregory J Wilson / Sreejesh Shanker / Nathan A Yates / B V Venkataram Prasad / Ruedi Aebersold / Wah Chiu / Judith Frydman / Terence S Dermody /
要旨: Intracellular protein homeostasis is maintained by a network of chaperones that function to fold proteins into their native conformation. The eukaryotic TRiC chaperonin (TCP1-ring complex, also ...Intracellular protein homeostasis is maintained by a network of chaperones that function to fold proteins into their native conformation. The eukaryotic TRiC chaperonin (TCP1-ring complex, also called CCT for cytosolic chaperonin containing TCP1) facilitates folding of a subset of proteins with folding constraints such as complex topologies. To better understand the mechanism of TRiC folding, we investigated the biogenesis of an obligate TRiC substrate, the reovirus σ3 capsid protein. We discovered that the σ3 protein interacts with a network of chaperones, including TRiC and prefoldin. Using a combination of cryoelectron microscopy, cross-linking mass spectrometry, and biochemical approaches, we establish functions for TRiC and prefoldin in folding σ3 and promoting its assembly into higher-order oligomers. These studies illuminate the molecular dynamics of σ3 folding and establish a biological function for TRiC in virus assembly. In addition, our findings provide structural and functional insight into the mechanism by which TRiC and prefoldin participate in the assembly of protein complexes.
履歴
登録2021年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7lup
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23526.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.047958057 - 0.11017059
平均 (標準偏差)0.0008743488 (±0.0063731084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 364.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z364.000364.000364.000
α/β/γ90.00090.00090.000
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NX/NY/NZ139143124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0480.1100.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human TRiC/CCT complex with reovirus outer capsid protein sigma-3

全体名称: human TRiC/CCT complex with reovirus outer capsid protein sigma-3
要素
  • 複合体: human TRiC/CCT complex with reovirus outer capsid protein sigma-3
    • 複合体: human TRiC/CCT complex
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
    • 複合体: reovirus outer capsid protein sigma-3
      • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein sigma-3
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: human TRiC/CCT complex with reovirus outer capsid protein sigma-3

超分子名称: human TRiC/CCT complex with reovirus outer capsid protein sigma-3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
分子量理論値: 41 kDa/nm

+
超分子 #2: human TRiC/CCT complex

超分子名称: human TRiC/CCT complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: reovirus outer capsid protein sigma-3

超分子名称: reovirus outer capsid protein sigma-3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)

+
分子 #1: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.749957 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MASMGTLAFD EYGRPFLIIK DQDRKSRLMG LEALKSHIMA AKAVANTMRT SLGPNGLDKM MVDKDGDVTV TNDGATILSM MDVDHQIAK LMVELSKSQD DEIGDGTTGV VVLAGALLEE AEQLLDRGIH PIRIADGYEQ AARVAIEHLD KISDSVLVDI K DTEPLIQT ...文字列:
MASMGTLAFD EYGRPFLIIK DQDRKSRLMG LEALKSHIMA AKAVANTMRT SLGPNGLDKM MVDKDGDVTV TNDGATILSM MDVDHQIAK LMVELSKSQD DEIGDGTTGV VVLAGALLEE AEQLLDRGIH PIRIADGYEQ AARVAIEHLD KISDSVLVDI K DTEPLIQT AKTTLGSKVV NSCHRQMAEI AVNAVLTVAD MERRDVDFEL IKVEGKVGGR LEDTKLIKGV IVDKDFSHPQ MP KKVEDAK IAILTCPFEP PKPKTKHKLD VTSVEDYKAL QKYEKEKFEE MIQQIKETGA NLAICQWGFD DEANHLLLQN NLP AVRWVG GPEIELIAIA TGGRIVPRFS ELTAEKLGFA GLVQEISFGT TKDKMLVIEQ CKNSRAVTIF IRGGNKMIIE EAKR SLHDA LCVIRNLIRD NRVVYGGGAA EISCALAVSQ EADKCPTLEQ YAMRAFADAL EVIPMALSEN SGMNPIQTMT EVRAR QVKE MNPALGIDCL HKGTNDMKQQ HVIETLIGKK QQISLATQMV RMILKIDDIR KPGESEE

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon

+
分子 #2: T-complex protein 1 subunit beta

分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.567141 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLTSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAS LMVTNDGATI LKNIGVDNPA AKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK KIHPQTIIAG WREATKAARE ALLSSAVDHG SDEVKFRQDL M NIAGTTLS ...文字列:
MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLTSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAS LMVTNDGATI LKNIGVDNPA AKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK KIHPQTIIAG WREATKAARE ALLSSAVDHG SDEVKFRQDL M NIAGTTLS SKLLTHHKDH FTKLAVEAVL RLKGSGNLEA IHIIKKLGGS LADSYLDEGF LLDKKIGVNQ PKRIENAKIL IA NTGMDTD KIKIFGSRVR VDSTAKVAEI EHAEKEKMKE KVERILKHGI NCFINRQLIY NYPEQLFGAA GVMAIEHADF AGV ERLALV TGGEIASTFD HPELVKLGSC KLIEEVMIGE DKLIHFSGVA LGEACTIVLR GATQQILDEA ERSLHDALCV LAQT VKDSR TVYGGGCSEM LMAHAVTQLA NRTPGKEAVA MESYAKALRM LPTIIADNAG YDSADLVAQL RAAHSEGNTT AGLDM REGT IGDMAILGIT ESFQVKRQVL LSAAEAAEVI LRVDNIIKAA PRKRVPDHHP C

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit beta

+
分子 #3: T-complex protein 1 subunit delta

分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.996113 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MPENVAPRSG ATAGAAGGRG KGAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVTI TNDGATILKQ MQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS CTKLLQKGIH PTIISESFQK ALEKGIEILT DMSRPVELSD R ETLLNSAT ...文字列:
MPENVAPRSG ATAGAAGGRG KGAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVTI TNDGATILKQ MQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS CTKLLQKGIH PTIISESFQK ALEKGIEILT DMSRPVELSD R ETLLNSAT TSLNSKVVSQ YSSLLSPMSV NAVMKVIDPA TATSVDLRDI KIVKKLGGTI DDCELVEGLV LTQKVSNSGI TR VEKAKIG LIQFCLSAPK TDMDNQIVVS DYAQMDRVLR EERAYILNLV KQIKKTGCNV LLIQKSILRD ALSDLALHFL NKM KIMVIK DIEREDIEFI CKTIGTKPVA HIDQFTADML GSAELAEEVN LNGSGKLLKI TGCASPGKTV TIVVRGSNKL VIEE AERSI HDALCVIRCL VKKRALIAGG GAPEIELALR LTEYSRTLSG MESYCVRAFA DAMEVIPSTL AENAGLNPIS TVTEL RNRH AQGEKTAGIN VRKGGISNIL EELVVQPLLV SVSALTLATE TVRSILKIDD VVNTR

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit delta

+
分子 #4: T-complex protein 1 subunit gamma

分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.613855 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILREI QVQHPAAKSM IEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP TVVISAYRKA LDDMISTLKK ISIPVDISDS DMMLNIINSS I TTKAISRW ...文字列:
MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILREI QVQHPAAKSM IEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP TVVISAYRKA LDDMISTLKK ISIPVDISDS DMMLNIINSS I TTKAISRW SSLACNIALD AVKMVQFEEN GRKEIDIKKY ARVEKIPGGI IEDSCVLRGV MINKDVTHPR MRRYIKNPRI VL LDSSLEY KKGESQTDIE ITREEDFTRI LQMEEEYIQQ LCEDIIQLKP DVVITEKGIS DLAQHYLMRA NITAIRRVRK TDN NRIARA CGARIVSRPE ELREDDVGTG AGLLEIKKIG DEYFTFITDC KDPKACTILL RGASKEILSE VERNLQDAMQ VCRN VLLDP QLVPGGGASE MAVAHALTEK SKAMTGVEQW PYRAVAQALE VIPRTLIQNC GASTIRLLTS LRAKHTQENC ETWGV NGET GTLVDMKELG IWEPLAVKLQ TYKTAVETAV LLLRIDDIVS GHKKKGDDQS RQGGAPDAGQ E

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit gamma

+
分子 #5: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.443535 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLLD VVHPAAKTLV DIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ IIIRAFRTAT QLAVNKIKEI AVTVKKADKV EQRKLLEKCA M TALSSKLI ...文字列:
MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLLD VVHPAAKTLV DIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ IIIRAFRTAT QLAVNKIKEI AVTVKKADKV EQRKLLEKCA M TALSSKLI SQQKAFFAKM VVDAVMMLDD LLQLKMIGIK KVQGGALEDS QLVAGVAFKK TFSYAGFEMQ PKKYHNPKIA LL NVELELK AEKDNAEIRV HTVEDYQAIV DAEWNILYDK LEKIHHSGAK VVLSKLPIGD VATQYFADRD MFCAGRVPEE DLK RTMMAC GGSIQTSVNA LSADVLGRCQ VFEETQIGGE RYNFFTGCPK AKTCTFILRG GAEQFMEETE RSLHDAIMIV RRAI KNDSV VAGGGAIEME LSKYLRDYSR TIPGKQQLLI GAYAKALEII PRQLCDNAGF DATNILNKLR ARHAQGGTWY GVDIN NEDI ADNFEAFVWE PAMVRINALT AASEAACLIV SVDETIKNPR STVDAPTAAG RGRGRGRPH

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit eta

+
分子 #6: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.691422 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MALHVPKAPG FAQMLKEGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINHL EKLFVTNDAA TILRELEVQH PAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL RIGLSVSEVI EGYEIACRKA HEILPNLVCC SAKNLRDIDE V SSLLRTSI ...文字列:
MALHVPKAPG FAQMLKEGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINHL EKLFVTNDAA TILRELEVQH PAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL RIGLSVSEVI EGYEIACRKA HEILPNLVCC SAKNLRDIDE V SSLLRTSI MSKQYGNEVF LAKLIAQACV SIFPDSGHFN VDNIRVCKIL GSGISSSSVL HGMVFKKETE GDVTSVKDAK IA VYSCPFD GMITETKGTV LIKTAEELMN FSKGEENLMD AQVKAIADTG ANVVVTGGKV ADMALHYANK YNIMLVRLNS KWD LRRLCK TVGATALPRL TPPVLEEMGH CDSVYLSEVG DTQVVVFKHE KEDGAISTIV LRGSTDNLMD DIERAVDDGV NTFK VLTRD KRLVPGGGAT EIELAKQITS YGETCPGLEQ YAIKKFAEAF EAIPRALAEN SGVKANEVIS KLYAVHQEGN KNVGL DIEA EVPAVKDMLE AGILDTYLGK YWAIKLATNA AVTVLRVDQI IMAKPAGGPK PPSGKKDWDD DQND

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit theta

+
分子 #7: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.106086 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQIQ HPTASLIAKV ATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII TEGFEAAKEK ALQFLEEVKV SREMDRETLI DVARTSLRTK V HAELADVL ...文字列:
MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQIQ HPTASLIAKV ATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII TEGFEAAKEK ALQFLEEVKV SREMDRETLI DVARTSLRTK V HAELADVL TEAVVDSILA IKKQDEPIDL FMIEIMEMKH KSETDTSLIR GLVLDHGARH PDMKKRVEDA YILTCNVSLE YE KTEVNSG FFYKSAEERE KLVKAERKFI EDRVKKIIEL KRKVCGDSDK GFVVINQKGI DPFSLDALSK EGIVALRRAK RRN MERLTL ACGGVALNSF DDLSPDCLGH AGLVYEYTLG EEKFTFIEKC NNPRSVTLLI KGPNKHTLTQ IKDAVRDGLR AVKN AIDDG CVVPGAGAVE VAMAEALIKH KPSVKGRAQL GVQAFADALL IIPKVLAQNS GFDLQETLVK IQAEHSESGQ LVGVD LNTG EPMVAAEVGV WDNYCVKKQL LHSCTVIATN ILLVDEIMRA GMSSLKG

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit zeta

+
分子 #8: T-complex protein 1 subunit alpha

分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.418477 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEHP AAKVLCELAD LQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS GYRLACKEAV RYINENLIVN TDELGRDCLI NAAKTSMSSK I IGINGDFF ...文字列:
MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEHP AAKVLCELAD LQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS GYRLACKEAV RYINENLIVN TDELGRDCLI NAAKTSMSSK I IGINGDFF ANMVVDAVLA IKYTDIRGQP RYPVNSVNIL KAHGRSQMES MLISGYALNC VVGSQGMPKR IVNAKIACLD FS LQKTKMK LGVQVVITDP EKLDQIRQRE SDITKERIQK ILATGANVIL TTGGIDDMCL KYFVEAGAMA VRRVLKRDLK RIA KASGAT ILSTLANLEG EETFEAAMLG QAEEVVQERI CDDELILIKN TKARTSASII LRGANDFMCD EMERSLHDAL CVVK RVLES KSVVPGGGAV EAALSIYLEN YATSMGSREQ LAIAEFARSL LVIPNTLAVN AAQDSTDLVA KLRAFHNEAQ VNPER KNLK WIGLDLSNGK PRDNKQAGVF EPTIVKVKSL KFATEAAITI LRIDDLIKLH PESKDDKHGS YEDAVHSGAL ND

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit alpha

+
分子 #9: Outer capsid protein sigma-3

分子名称: Outer capsid protein sigma-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Reovirus type 3 (strain Dearing) (ウイルス) / 株: Dearing
分子量理論値: 41.168121 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MEVCLPNGHQ VVDLINNAFE GRVSIYSAQE GWDKTISAQP DMMVCGGAVV CMHCLGVVGS LQRKLKHLPH HRCNQQIRHQ DYVDVQFAD RVTAHWKRGM LSFVAQMHEM MNDVSPDDLD RVRTEGGSLV ELNWLQVDPN SMFRSIHSSW TDPLQVVDDL D TKLDQYWT ...文字列:
MEVCLPNGHQ VVDLINNAFE GRVSIYSAQE GWDKTISAQP DMMVCGGAVV CMHCLGVVGS LQRKLKHLPH HRCNQQIRHQ DYVDVQFAD RVTAHWKRGM LSFVAQMHEM MNDVSPDDLD RVRTEGGSLV ELNWLQVDPN SMFRSIHSSW TDPLQVVDDL D TKLDQYWT ALNLMIDSSD LIPNFMMRDP SHAFNGVKLG GDARQTQFSR TFDSRSSLEW GVMVYDYSEL EHDPSKGRAY RK ELVTPAR DFGHFGLSHY SRATTPILGK MPAVFSGMLT GNCKMYPFIK GTAKLKTVRK LVEAVNHAWG VEKIRYALGP GGM TGWYNR TMQQAPIVLT PAALTMFPDT IKFGDLNYPV MIGDPMILG

UniProtKB: Outer capsid protein sigma-3

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #11: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 420 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 36.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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