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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22961 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM of the mature and infective Mayaro virus | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Mayaro virus (マヤロウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ribeiro Filho H / Coimbra LD / Cassago A / Rocha RFP / Padilha AC / Trivella DBB / Schatz M / Oliveira PSL / Portugal RV / Marques RE / van Heel M | ||||||||||||
資金援助 | ブラジル, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus at 4.4 Å resolution reveals features of arthritogenic alphaviruses. 著者: Helder V Ribeiro-Filho / Lais D Coimbra / Alexandre Cassago / Rebeca P F Rocha / João Victor da Silva Guerra / Rafael de Felicio / Carolina Moretto Carnieli / Luiza Leme / Antonio Cláudio ...著者: Helder V Ribeiro-Filho / Lais D Coimbra / Alexandre Cassago / Rebeca P F Rocha / João Victor da Silva Guerra / Rafael de Felicio / Carolina Moretto Carnieli / Luiza Leme / Antonio Cláudio Padilha / Adriana F Paes Leme / Daniela B B Trivella / Rodrigo Villares Portugal / Paulo Sérgio Lopes-de-Oliveira / Rafael Elias Marques / 要旨: Mayaro virus (MAYV) is an emerging arbovirus of the Americas that may cause a debilitating arthritogenic disease. The biology of MAYV is not fully understood and largely inferred from related ...Mayaro virus (MAYV) is an emerging arbovirus of the Americas that may cause a debilitating arthritogenic disease. The biology of MAYV is not fully understood and largely inferred from related arthritogenic alphaviruses. Here, we present the structure of MAYV at 4.4 Å resolution, obtained from a preparation of mature, infective virions. MAYV presents typical alphavirus features and organization. Interactions between viral proteins that lead to particle formation are described together with a hydrophobic pocket formed between E1 and E2 spike proteins and conformational epitopes specific of MAYV. We also describe MAYV glycosylation residues in E1 and E2 that may affect MXRA8 host receptor binding, and a molecular "handshake" between MAYV spikes formed by N262 glycosylation in adjacent E2 proteins. The structure of MAYV is suggestive of structural and functional complexity among alphaviruses, which may be targeted for specificity or antiviral activity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22961.map.gz | 581.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22961-v30.xml emd-22961.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22961.png | 309.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22961 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22961 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22961.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM of the mature and infective Mayaro virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1074 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mayaro virus
全体 | 名称: Mayaro virus (マヤロウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Mayaro virus
超分子 | 名称: Mayaro virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 59301 / 生物種: Mayaro virus / Sci species strain: IQT4235 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.0 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs corrrector used to minimise the spherical aberration |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 9100 / 平均露光時間: 4.26 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 79000 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019) / ソフトウェア - 詳細: Full data set CTF correction 詳細: Per particle CTF correction based on IMAGIC movie spectra of all images simultaneously (Full data set CTF correction). |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Angular Reconstitution random startup |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019) 詳細: Angular reconstitution used originally in random startup mode, later in refinement mode using anchor sets |
最終 3次元分類 | クラス数: 30 / 平均メンバー数/クラス: 1 / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019) 詳細: Angular reconstitution in refinement mode using anchor sets and local alignments |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 1/2 BIT CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 2019) / ソフトウェア - 詳細: with software extensions 詳細: Random assignment of 3D membership to multiple 3D reconstructions during refinements, based on angular reconstitution. 使用した粒子像数: 40179 |