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- EMDB-22268: Structure of the Lactococcus lactis Csm Apo- CRISPR-Cas Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22268
タイトルStructure of the Lactococcus lactis Csm Apo- CRISPR-Cas Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas Apo Complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csm3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cas10
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csm4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csm5
    • RNA: Crispr RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B ...: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm5
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Rai J / Sridhara S / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM099604 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical characterization of in vivo assembled Lactococcus lactis CRISPR-Csm complex.
著者: Sagar Sridhara / Jay Rai / Charlisa Whyms / Hemant Goswami / Huan He / Walter Woodside / Michael P Terns / Hong Li /
要旨: The small RNA-mediated immunity in bacteria depends on foreign RNA-activated and self RNA-inhibited enzymatic activities. The multi-subunit Type III-A CRISPR-Cas effector complex (Csm) exemplifies ...The small RNA-mediated immunity in bacteria depends on foreign RNA-activated and self RNA-inhibited enzymatic activities. The multi-subunit Type III-A CRISPR-Cas effector complex (Csm) exemplifies this principle and is in addition regulated by cellular metabolites such as divalent metals and ATP. Recognition of the foreign or cognate target RNA (CTR) triggers its single-stranded deoxyribonuclease (DNase) and cyclic oligoadenylate (cOA) synthesis activities. The same activities remain dormant in the presence of the self or non-cognate target RNA (NTR) that differs from CTR only in its 3'-protospacer flanking sequence (3'-PFS). Here we employ electron cryomicroscopy (cryoEM), functional assays, and comparative cross-linking to study in vivo assembled mesophilic Lactococcus lactis Csm (LlCsm) at the three functional states: apo, the CTR- and the NTR-bound. Unlike previously studied Csm complexes, we observed binding of 3'-PFS to Csm in absence of bound ATP and analyzed the structures of the four RNA cleavage sites. Interestingly, comparative crosslinking results indicate a tightening of the Csm3-Csm4 interface as a result of CTR but not NTR binding, reflecting a possible role of protein dynamics change during activation.
履歴
登録2020年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2022年4月13日-
現状2022年4月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xn5
  • 表面レベル: 3.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22268.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22268.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 3.3 / ムービー #1: 3.3
最小 - 最大-18.582966 - 35.44428
平均 (標準偏差)0.012803006 (±1.1473838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0741.0741.074
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z274.944274.944274.944
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-18.58335.4440.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas Apo Complex

全体名称: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas Apo Complex
要素
  • 複合体: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas Apo Complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csm3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cas10
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csm4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csm5
    • RNA: Crispr RNA

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超分子 #1: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas Apo Complex

超分子名称: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas Apo Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: CRISPR-associated protein Csm3

分子名称: CRISPR-associated protein Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 23.82516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKLVIEGTIV LKTGMHIGGS SDFSAIGAVA SPVVRDTLTR LPLIPGSSLK GKMRYLLAKE LNNGILLNEP NNDQDEILRL FGSSEKDKI RRARLKFNDI KLSNLAELET FNVSSTEVKF ENTINRKTAV ANPRQIERVI AGSKFDFEIF YNLDDIKEVE K DFENIKQG ...文字列:
MKLVIEGTIV LKTGMHIGGS SDFSAIGAVA SPVVRDTLTR LPLIPGSSLK GKMRYLLAKE LNNGILLNEP NNDQDEILRL FGSSEKDKI RRARLKFNDI KLSNLAELET FNVSSTEVKF ENTINRKTAV ANPRQIERVI AGSKFDFEIF YNLDDIKEVE K DFENIKQG FDLLEFDYLG GHGTRGSGRI AFENLSVITA VGNFEKINTL NEILGA

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分子 #2: CRISPR-associated protein Cas10

分子名称: CRISPR-associated protein Cas10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 87.132586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDKINLVCGS LLHNIGKIIY RGTSERAKHS KLGGDFIKSF EQFRNTELTD CIRYHHAQEI TSVKSNKEKN SLFYITYIAD NISSGMDRR KDLEEGAEGF NWDKKVALGS VFNVLNEKEK GRQNYSYPFV ARTRIKEEPL NFPTATQNQY TTSYYDGLIT D MKTILQRL ...文字列:
MDKINLVCGS LLHNIGKIIY RGTSERAKHS KLGGDFIKSF EQFRNTELTD CIRYHHAQEI TSVKSNKEKN SLFYITYIAD NISSGMDRR KDLEEGAEGF NWDKKVALGS VFNVLNEKEK GRQNYSYPFV ARTRIKEEPL NFPTATQNQY TTSYYDGLIT D MKTILQRL KPDKEHINSL LQMMESLWSY VPSSTDKNQL VDISLYDHSR TTAAIASAIY DYFQAENITD YQKELFDYNA TE FYDKNAF LMMNFDMSGV QNFIYNISGS KALKSLRARS FYLDMLLEYI SDNLLEKLEL SRANILYVGG GHAYLLLANT NKT KAILSD FEHDLKTWFL DKFKIDLYVA MAYTEVSAND LMNHNGHYRD IYRRLSQKTS AKKANRYTAE EILNLNHQGT ENAR ECREC KRSDLLIEED DICEICDSLQ KVSRDLTREN IFVIANEGVL DMPFGKKMSA LSYSQADKLK KSNAEVQIYA KNISE IGQN LMTRIDMGDY TYRSDFHEML EEVEVGINRL GVLRADVDNL GQAFINGIPD DYLSISRTAT FSRAMSRFFK NYLNQL LAE KSYKINVIYA GGDDLFMIGA WQDILDFSIV LKQKFADFTQ NKLSISAGIG MFREKYPVAR MASLTGDLED AAKDYKP DE RAVQATKNAV TLFDATNVFS WDTLENDIFV KLDAITKNFE KLDETGKAFI YRLIDLLRGV NENQQINIAR LAYTLSRM E EKIGKTFAQE LYNWANADRK TLIMALEIYI LKTRE

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分子 #3: CRISPR-associated protein Csm4

分子名称: CRISPR-associated protein Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 33.844148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKIIKLYFES PVHFGEKRLS ESKITFSADT LFSALMIEAV GLGKEDEFYQ LASNNLVKFS DAFPFIDQYY YIPKPMFNLK LEKEDENPS KAFKKLLYVP IDSLEDYLSG GLDAYFERES FNLGKLALSE KVQQHDFKDS EPYNVGTFTF KENTGLYVLI E QTHPLLEE ...文字列:
MKIIKLYFES PVHFGEKRLS ESKITFSADT LFSALMIEAV GLGKEDEFYQ LASNNLVKFS DAFPFIDQYY YIPKPMFNLK LEKEDENPS KAFKKLLYVP IDSLEDYLSG GLDAYFERES FNLGKLALSE KVQQHDFKDS EPYNVGTFTF KENTGLYVLI E QTHPLLEE LLENLQYSGI GGKRNSGYGK FKFEILEDSD IEDLFSAKGN RKILLSGALP KDAELEQALK NASYLLERRG GF VQSDTYA TNLVKKQDLY VFKSGSTFEN SFDGDIYQVG KKGNHPVYKY AKSFFLEVS

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分子 #4: CRISPR-associated protein Csm5

分子名称: CRISPR-associated protein Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 40.492617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKTYRVTLT ALGPIFIGGG EKLKKYEYIF DKQKKVAHMI DHTKFTKYLL EKNLLDDFTS RVNSHFDLYD YLVNKKGIVF MPLVKYSVP VAQFRTEVKN RFGKPISSPP MNDLNTFVKD AFGRPYIPGS SLKGALRTAI LNDLKEDTKE NEVFAHLQVS D SETIDLEN ...文字列:
MKKTYRVTLT ALGPIFIGGG EKLKKYEYIF DKQKKVAHMI DHTKFTKYLL EKNLLDDFTS RVNSHFDLYD YLVNKKGIVF MPLVKYSVP VAQFRTEVKN RFGKPISSPP MNDLNTFVKD AFGRPYIPGS SLKGALRTAI LNDLKEDTKE NEVFAHLQVS D SETIDLEN LKVYQKVDYS KTAKPLPLYR ECLKPNTEIT FTVSFDDEYL TLKKIQNALH KTYQHYYIKW LKGGKVGETL IK GVYDSHA DELKKNTFAL DQPSQNQGEI IYIGGGAGFV SKTLHYKSKN RDQARNDSFD ILKQLFRTTY SKMRSVPDNV PVA LKLAVE TKTFNGRVTG KHYLEMGKAR IKLEEL

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分子 #5: Crispr RNA

分子名称: Crispr RNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 10.193116 KDa
配列文字列:
ACGAGAACAU ACGUUCUUUG AACCAAGCUU CA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.14 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 436641

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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