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- EMDB-21850: F. tularensis RNAPs70-iglA DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21850
タイトルF. tularensis RNAPs70-iglA DNA complex
マップデータF. tularensis RNAPs70-iglA sharpened map
試料
  • 複合体: Francisella RNAPs70-iglA complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • DNA: DNA NT-strand
    • DNA: DNA T-strand
    • RNA: RNAリボ核酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRNA polymerase complex (RNAポリメラーゼ) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 ...DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア) / Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Travis BA / Brennan RG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Virulence Activation of Francisella tularensis.
著者: Brady A Travis / Kathryn M Ramsey / Samantha M Prezioso / Thomas Tallo / Jamie M Wandzilak / Allen Hsu / Mario Borgnia / Alberto Bartesaghi / Simon L Dove / Richard G Brennan / Maria A Schumacher /
要旨: The bacterium Francisella tularensis (Ft) is one of the most infectious agents known. Ft virulence is controlled by a unique combination of transcription regulators: the MglA-SspA heterodimer, PigR, ...The bacterium Francisella tularensis (Ft) is one of the most infectious agents known. Ft virulence is controlled by a unique combination of transcription regulators: the MglA-SspA heterodimer, PigR, and the stress signal, ppGpp. MglA-SspA assembles with the σ-associated RNAP holoenzyme (RNAPσ), forming a virulence-specialized polymerase. These factors activate Francisella pathogenicity island (FPI) gene expression, which is required for virulence, but the mechanism is unknown. Here we report FtRNAPσ-promoter-DNA, FtRNAPσ-(MglA-SspA)-promoter DNA, and FtRNAPσ-(MglA-SspA)-ppGpp-PigR-promoter DNA cryo-EM structures. Structural and genetic analyses show MglA-SspA facilitates σ binding to DNA to regulate virulence and virulence-enhancing genes. Our Escherichia coli RNAPσhomodimeric EcSspA structure suggests this is a general SspA-transcription regulation mechanism. Strikingly, our FtRNAPσ-(MglA-SspA)-ppGpp-PigR-DNA structure reveals ppGpp binding to MglA-SspA tethers PigR to promoters. PigR in turn recruits FtRNAP αCTDs to DNA UP elements. Thus, these studies unveil a unique mechanism for Ft pathogenesis involving a virulence-specialized RNAP that employs two (MglA-SspA)-based strategies to activate virulence genes.
履歴
登録2020年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wmp
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21850.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈F. tularensis RNAPs70-iglA sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.1106589 - 0.19803844
平均 (標準偏差)0.000011170372 (±0.0048588035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 376.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z376.640376.640376.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-0.1110.1980.000

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添付データ

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追加マップ: F. tularensis RNAPs70-iglA unsharpened map

ファイルemd_21850_additional_1.map
注釈F. tularensis RNAPs70-iglA unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Francisella RNAPs70-iglA complex

全体名称: Francisella RNAPs70-iglA complex
要素
  • 複合体: Francisella RNAPs70-iglA complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • DNA: DNA NT-strand
    • DNA: DNA T-strand
    • RNA: RNAリボ核酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Francisella RNAPs70-iglA complex

超分子名称: Francisella RNAPs70-iglA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 35.393387 KDa
配列文字列: MSNNNSKLEF VPNIQLKEDL GAFSYKVQLS PVEKGMAHIL GNSIRRVLLS SLSGASIIKV NIANVLHEYS TLEDVKEDVV EIVSNLKKV AIKLDTGIDR LDLELSVNKS GVVSAGDFKT TQGVEIINKD QPIATLTNQR AFSLTATVSV GRNVGILSAI P TELERVGD ...文字列:
MSNNNSKLEF VPNIQLKEDL GAFSYKVQLS PVEKGMAHIL GNSIRRVLLS SLSGASIIKV NIANVLHEYS TLEDVKEDVV EIVSNLKKV AIKLDTGIDR LDLELSVNKS GVVSAGDFKT TQGVEIINKD QPIATLTNQR AFSLTATVSV GRNVGILSAI P TELERVGD IAVDADFNPI KRVAFEVFDN GDSETLEVFV KTNGTIEPLA AVTKALEYFC EQISVFVSLR VPSNGKTGDV LI DSNIDPI LLKPIDDLEL TVRSSNCLRA ENIKYLGDLV QYSESQLMKI PNLGKKSLNE IKQILIDNNL SLGVQIDNFR ELV EGK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 35.113031 KDa
配列文字列: MALENLLHPT NIKIDEYAKN ATKFSFEALE RGVGYTLGFA LKQTMLYSIA GACVTSIKIN DGKVTSLEDV IPCDETVADI ILNVKSLSV TLAEDVETGT ITFELSGSEE EIFSEEAKLS EGLAITEEVF ICSYNGGKKL KIEAKVEKGV GFRPAQDNFK D GEFLLDAT ...文字列:
MALENLLHPT NIKIDEYAKN ATKFSFEALE RGVGYTLGFA LKQTMLYSIA GACVTSIKIN DGKVTSLEDV IPCDETVADI ILNVKSLSV TLAEDVETGT ITFELSGSEE EIFSEEAKLS EGLAITEEVF ICSYNGGKKL KIEAKVEKGV GFRPAQDNFK D GEFLLDAT FSPVVFCDFE IKDARVGRRT DLDKLELNIK TNGNVNCEEA LRLAATKIQN QLRNIVDIEE INKGIFVEDP KD INPILLK HVEELNLTAR SSNCLKAVNI RLIGELVQKT ENELLKAPNF GKKSLTEIKD KLSELGLSLG TLIENWPQDL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 151.536141 KDa
配列文字列: MSYSYAEKKR IRKEFGVLPH ILDVPYLLSI QTESYKKFLT VDAAKGRLHS GLEIVLKQSF PVESKNGQYE LHYVDYQIGE PTFDETECQ VRGATYDAPL NVKLRLVVYN KDALPNEKIV EDIREEYVYM GDIPLMTTNG TFIINGTERV VVSQLHRSPG A FFSKDDSE ...文字列:
MSYSYAEKKR IRKEFGVLPH ILDVPYLLSI QTESYKKFLT VDAAKGRLHS GLEIVLKQSF PVESKNGQYE LHYVDYQIGE PTFDETECQ VRGATYDAPL NVKLRLVVYN KDALPNEKIV EDIREEYVYM GDIPLMTTNG TFIINGTERV VVSQLHRSPG A FFSKDDSE EGAFSARIIP YRGSWLDFEF DSKGIIWARI DRKRKFCATV ILKALGYTQE QILENFSESK TITFNSKGFA LR LDNLSNM KGELLKFDIV DAQDNVIVKK NKKLTSRDVK KIKDAGVDSV AIDFDLVSTL RVAKDIVNEA TGEVIAYAND DVT ESLLKS CVEVGMLELE VIDFITTERG RYISDTLKYD LTRNTDEALV EIYKVLRPGD PPAAASVKAL FEGLFFIESR YSLS DIGRM KLNARLGSDK VSKDIYTLEN SDIVGVIEEL INIRDGKGKV DDIDHLGNRR VRSVGEMVEN QFRIGLYRVE KGIRE SMSL VHKDKLMPKD IVNSKPITAA IKEFFTSGAL SQFMDQDNPL SEVTHKRRIS ALGPGGLSRD RAGFEVRDVH ATHYGR LCP IETPEGPNIG LINSLASYAR VNDYGFLEAP YRKVVDGKVT DEIEYLSAID EDNYVIAQAS TKLDENNHFV EDIIQCR SG GEAIFTESSR VQYMDVSAKQ MVSAAAALIP FLEHDDANRV LMGANMQRQA VPTLKSEKPL VGTGMEKIVA RDSGNCII A RNVGEVAEVD SNRIVIKVDT EKSQTSNLVD IYSLTKFKRS NKNTCINQRP IVNVGDKVEA GDILADGFAT DFGELSLGH NLMVAFMPWN GYNFEDSILL SERIVKDDKY TSIHIEEFTC VARDTKLGPE EITADIPNVS ESSLAKLDES GIVHIGANVE AGDILVAKI TPKAEQQLTP EERLLRAIFN EKASNVVDSS LRMPSGTSGT VINVQVFEND KGGKSKRALK IEKELIDKAR K DFDEEFAV IESVVKSSIE QEVVGAKIQK AKGLKKGAIL TKEFLATLPL SKWLEISFED EKLEEKVQNA REYYEEAKIA ID AKFEAKK KSITQSNELS PGVLKTVKVF VAIKKRIQPG DKMAGRHGNK GVVSRVLPVE DMPYMEDGTP VDVCLNPLGI PSR MNIGQI LEAHLGLASY GLGKKIEKTL EKTRKAAELR KTLEEVYNSV GDKKVNLEAL NDEEILTLCD NLKGGVPIAT PVFD GAKEE DIKSLLKIGG FATNGQMKLF DGRTGKPFDR HVTVGYMYML KLDHLVDDKM HARSTGSYSL VTQQPLGGKA QFGGQ RFGE MEVWALQAYG AAYTLREMLT VKSDDIAGRS KMYKNIVDGK LTMNVDVPES FNVLRNEVRA LGIDMDFDYS SEEE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 178.4455 KDa
配列文字列: MNNGILHQNY NSKKFDIIKI SLASPEVIRS WSHGEVKKPE TINYRTFKPE RDGLFCAKIF GPIKDYECLC GKYKRLKHRG VVCERCGVE VEQAKVRRER MGHIDLVCPV VHIWYLKSLP SRIGLFLDMP LKNVEKVLYF ESYIVTDPGM TPLEKKQLLT D EEYAEALE ...文字列:
MNNGILHQNY NSKKFDIIKI SLASPEVIRS WSHGEVKKPE TINYRTFKPE RDGLFCAKIF GPIKDYECLC GKYKRLKHRG VVCERCGVE VEQAKVRRER MGHIDLVCPV VHIWYLKSLP SRIGLFLDMP LKNVEKVLYF ESYIVTDPGM TPLEKKQLLT D EEYAEALE NYGYEFEASM GAEAIRDLLA DTDIESEIEL LQAECEESKS TAKKEKAIKR LRLLETFQAS GNKPEWMVMT VL PVLPPDL RPLVPIEGGR FATSDLNDLY RRVINRNNRL KKLLDLNAPD IIVRNEKRML QEAVDALLDN GRRGRAVTGS NKR PLKSLA DMIKGKQGRF RQNLLGKRVD YSGRSVITVG PSLRLHECGL PKKMALELFK PFVYSKLRLG GHATTIKQAK RMVE LEEAV VWDILETVIN EHPVLLNRAP TLHRLGIQAF EPRLIEGKAI QLHPLVCAAF NADFDGDQMA VHVPLTVESQ LEARV LMMS TNNILSPASG QPIITPTQDI VLGLYYITRE KEGARGEGKL FSSYEDVSRA YNSGTIDIHA KIKLRIDRQV FDTKGN TYN EKGVVNTTVG RALLLNILPE GLSFSLLNKV LVKKEISKII NQAFRVLGGK ATVVLADKLM YAGFKYSTLS GVSVGVD DM TIPDNKEAKI EEAEKEIKQI TEQYQSSLIT ENERYNNIIN IWSKTSDEVG ASMMDAISKD TVSINGEKKE IESFNSVY M MAKSGARGSY NQMRQLAGMR GLMAKPDGTM IETAITANFR EGLSVLQYFT STHGARKGLA DTALKTANAG YLTRRLVDV AQDLVVIEED CGTDDGLMFS AIVEDGEVKV PLVERALGRT LAADVVTEKG VVLLEAGTLL DENLVELLDD NGIDMIKVRS PITCKTRRG LCAKCYGRDL ARERQVNVGE SVGVIAAQSI GEPGTQLTMR TFHTGGAASL GITVSDIKVK TAGKIKFKNI R TVTNKEGQ EIVISRAGEI IVSDTMGRVR EQHKIPMGAV VPLASGKAVE IGDVIATWDP HAQPLITDVA GKVVLEDVID GI TSKHTYD DLTGQQTIEI TSISQRTTSK NLKPVVKIVD EKGAELKSIP LAVGAVLNVA DDSILEVGDI VAKIPLEGSK NKD ITGGLP RVAELFEARR PKDAAILSPC DGMVRLGNRD TKEKQRIEII DKNGHIVEEI LLPKSRHLVV FDGEQVSRGD VLAD GPTDP HDLLKYKGLE EFADYILIEA QSVYRMQGVV INDKHIETIV RQMLRKAVIL DEGDSKFVKD ESIELVRILE ENDKL RKQG KKEVEYELVL MGITRSSLST ESFLSAASFQ ETTRVLTEAS INSQIDNLRG LKENVLIGRL IPAGTGLAVR KESAKI EKM REELGVEDNM VFTDLSSFNP EEISFDSIQS QKEDKDINED IEESLRNALE SLDFAAASME KRRWKKNFIA VSAANRF KK ISSSGALDYD IPTTASENLY FQGELKTAAL AQHDEAVDNK FNKEQQNAFY EILHLPNLNE EQRNAFIQSL KDDPSQSA N LLAEAKKLND AQAPKVDNKF NKEQQNAFYE ILHLPNLNEE QRNAFIQSLK DDPSQSANLL AEAKKLNGAQ APKVDANSA GKST

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 8.184333 KDa
配列文字列:
MARVTVEDCL DKVETRFDLV VLASMRANKI LKNGYSESME NEKKEKATVV ALREIAESEI TSEQILRNEI EG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #6: DNA NT-strand

分子名称: DNA NT-strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 3.945589 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DC)(DC)

+
分子 #7: DNA T-strand

分子名称: DNA T-strand / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 7.303687 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)

+
分子 #8: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 3.30406 KDa
配列文字列:
AGGAGAGGUA

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
詳細: RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA map low-pass filtered to 60 angstroms.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 137682
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6wmp:
F. tularensis RNAPs70-iglA DNA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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