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- EMDB-21685: Structure of human GABA(B) receptor in an inactive state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21685
タイトルStructure of human GABA(B) receptor in an inactive state
マップデータFinal composite map combining local reconstructions for the extracellular and transmembrane domains. Map was re-sampled in Chimera with pixel spacing 1.1 angstrom.
試料
  • 複合体: Heterodimer human GABA(B) receptor composed of GABA(B1b) and GABA(B2) subunits.
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-octadec-9-enoyl]oxy}propyl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: [(2R)-3-[(Z)-icos-11-enoyl]oxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxypropyl] 2-(trimethylazaniumyl)ethyl phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of synaptic transmission / axolemma / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / ミトコンドリア / response to nicotine / Schaffer collateral - CA1 synapse / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / シナプス小胞 / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / 樹状突起スパイン / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Park J / Fu Z / Frangaj A / Liu J / Mosyak L / Shen T / Slavkovich VN / Ray KM / Taura J / Cao B ...Park J / Fu Z / Frangaj A / Liu J / Mosyak L / Shen T / Slavkovich VN / Ray KM / Taura J / Cao B / Geng Y / Zuo H / Kou Y / Grassucci R / Chen S / Liu Z / Lin X / Williams JP / Rice WJ / Eng ET / Huang RK / Soni RK / Kloss B / Yu Z / Javitch JA / Hendrickson WA / Slesinger PA / Quick M / Graziano J / Yu H / Fiehn O / Clarke OB / Frank J / Fan QR
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM088454 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U2CES030158 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125801 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR01GM107462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM116799 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103310 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of human GABA receptor in an inactive state.
著者: Jinseo Park / Ziao Fu / Aurel Frangaj / Jonathan Liu / Lidia Mosyak / Tong Shen / Vesna N Slavkovich / Kimberly M Ray / Jaume Taura / Baohua Cao / Yong Geng / Hao Zuo / Yongjun Kou / Robert ...著者: Jinseo Park / Ziao Fu / Aurel Frangaj / Jonathan Liu / Lidia Mosyak / Tong Shen / Vesna N Slavkovich / Kimberly M Ray / Jaume Taura / Baohua Cao / Yong Geng / Hao Zuo / Yongjun Kou / Robert Grassucci / Shaoxia Chen / Zheng Liu / Xin Lin / Justin P Williams / William J Rice / Edward T Eng / Rick K Huang / Rajesh K Soni / Brian Kloss / Zhiheng Yu / Jonathan A Javitch / Wayne A Hendrickson / Paul A Slesinger / Matthias Quick / Joseph Graziano / Hongtao Yu / Oliver Fiehn / Oliver B Clarke / Joachim Frank / Qing R Fan /
要旨: The human GABA receptor-a member of the class C family of G-protein-coupled receptors (GPCRs)-mediates inhibitory neurotransmission and has been implicated in epilepsy, pain and addiction. A unique ...The human GABA receptor-a member of the class C family of G-protein-coupled receptors (GPCRs)-mediates inhibitory neurotransmission and has been implicated in epilepsy, pain and addiction. A unique GPCR that is known to require heterodimerization for function, the GABA receptor has two subunits, GABA and GABA, that are structurally homologous but perform distinct and complementary functions. GABA recognizes orthosteric ligands, while GABA couples with G proteins. Each subunit is characterized by an extracellular Venus flytrap (VFT) module, a descending peptide linker, a seven-helix transmembrane domain and a cytoplasmic tail. Although the VFT heterodimer structure has been resolved, the structure of the full-length receptor and its transmembrane signalling mechanism remain unknown. Here we present a near full-length structure of the GABA receptor, captured in an inactive state by cryo-electron microscopy. Our structure reveals several ligands that preassociate with the receptor, including two large endogenous phospholipids that are embedded within the transmembrane domains to maintain receptor integrity and modulate receptor function. We also identify a previously unknown heterodimer interface between transmembrane helices 3 and 5 of both subunits, which serves as a signature of the inactive conformation. A unique 'intersubunit latch' within this transmembrane interface maintains the inactive state, and its disruption leads to constitutive receptor activity.
履歴
登録2020年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2020年8月26日-
現状2020年8月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wiv
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21685.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final composite map combining local reconstructions for the extracellular and transmembrane domains. Map was re-sampled in Chimera with pixel spacing 1.1 angstrom.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-0.29351062 - 5.1695056
平均 (標準偏差)0.017307602 (±0.080392115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z281.600281.600281.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2945.1700.017

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添付データ

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追加マップ: Local reconstruction for the extracellular domain. Map was...

ファイルemd_21685_additional_1.map
注釈Local reconstruction for the extracellular domain. Map was re-sampled in Chimera with pixel spacing 1.1 angstrom.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local reconstruction for the transmembrane domain. Map was...

ファイルemd_21685_additional_2.map
注釈Local reconstruction for the transmembrane domain. Map was re-sampled in Chimera with pixel spacing 1.1 angstrom.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Global map without local refinement. Map was re-sampled...

ファイルemd_21685_additional_3.map
注釈Global map without local refinement. Map was re-sampled in Chimera with pixel spacing 1.1 angstrom.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heterodimer human GABA(B) receptor composed of GABA(B1b) and GABA...

全体名称: Heterodimer human GABA(B) receptor composed of GABA(B1b) and GABA(B2) subunits.
要素
  • 複合体: Heterodimer human GABA(B) receptor composed of GABA(B1b) and GABA(B2) subunits.
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-octadec-9-enoyl]oxy}propyl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: [(2R)-3-[(Z)-icos-11-enoyl]oxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxypropyl] 2-(trimethylazaniumyl)ethyl phosphate

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超分子 #1: Heterodimer human GABA(B) receptor composed of GABA(B1b) and GABA...

超分子名称: Heterodimer human GABA(B) receptor composed of GABA(B1b) and GABA(B2) subunits.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293 GnTI- / 組換プラスミド: modified bacMam
分子量実験値: 193 KDa

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分子 #1: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.585867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGPGAPFARV GWPLPLLVVM AAGVAPVWAS HSPHLPRPHS RVPPHPSSER RAVYIGALFP MSGGWPGGQA CQPAVEMALE DVNSRRDIL PDYELKLIHH DSKCDPGQAT KYLYELLYND PIKIILMPGC SSVSTLVAEA ARMWNLIVLS YGSSSPALSN R QRFPTFFR ...文字列:
MGPGAPFARV GWPLPLLVVM AAGVAPVWAS HSPHLPRPHS RVPPHPSSER RAVYIGALFP MSGGWPGGQA CQPAVEMALE DVNSRRDIL PDYELKLIHH DSKCDPGQAT KYLYELLYND PIKIILMPGC SSVSTLVAEA ARMWNLIVLS YGSSSPALSN R QRFPTFFR THPSATLHNP TRVKLFEKWG WKKIATIQQT TEVFTSTLDD LEERVKEAGI EITFRQSFFS DPAVPVKNLK RQ DARIIVG LFYETEARKV FCEVYKERLF GKKYVWFLIG WYADNWFKIY DPSINCTVDE MTEAVEGHIT TEIVMLNPAN TRS ISNMTS QEFVEKLTKR LKRHPEETGG FQEAPLAYDA IWALALALNK TSGGGGRSGV RLEDFNYNNQ TITDQIYRAM NSSS FEGVS GHVVFDASGS RMAWTLIEQL QGGSYKKIGY YDSTKDDLSW SKTDKWIGGS PPADQTLVIK TFRFLSQKLF ISVSV LSSL GIVLAVVCLS FNIYNSHVRY IQNSQPNLNN LTAVGCSLAL AAVFPLGLDG YHIGRNQFPF VCQARLWLLG LGFSLG YGS MFTKIWWVHT VFTKKEEKKE WRKTLEPWKL YATVGLLVGM DVLTLAIWQI VDPLHRTIET FAKEEPKEDI DVSILPQ LE HCSSRKMNTW LGIFYGYKGL LLLLGIFLAY ETKSVSTEKI NDHRAVGMAI YNVAVLCLIT APVTMILSSQ QDAAFAFA S LAIVFSSYIT LVVLFVPKMR RLITRGEWQS EAQDTMKTGS STNNNEEEKS RLLEKENREL EKIIAEKEER VSELRHQLQ SRDYKDDDDK

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分子 #2: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2

分子名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.278781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASPRSSGQP GPPPPPPPPP ARLLLLLLLP LLLPLAPGAW GWARGAPRPP PSSPPLSIMG LMPLTKEVAK GSIGRGVLPA VELAIEQIR NESLLRPYFL DLRLYDTECD NAKGLKAFYD AIKYGPNHLM VFGGVCPSVT SIIAESLQGW NLVQLSFAAT T PVLADKKK ...文字列:
MASPRSSGQP GPPPPPPPPP ARLLLLLLLP LLLPLAPGAW GWARGAPRPP PSSPPLSIMG LMPLTKEVAK GSIGRGVLPA VELAIEQIR NESLLRPYFL DLRLYDTECD NAKGLKAFYD AIKYGPNHLM VFGGVCPSVT SIIAESLQGW NLVQLSFAAT T PVLADKKK YPYFFRTVPS DNAVNPAILK LLKHYQWKRV GTLTQDVQRF SEVRNDLTGV LYGEDIEISD TESFSNDPCT SV KKLKGND VRIILGQFDQ NMAAKVFCCA YEENMYGSKY QWIIPGWYEP SWWEQVHTEA NSSRCLRKNL LAAMEGYIGV DFE PLSSKQ IKTISGKTPQ QYEREYNNKR SGVGPSKFHG YAYDGIWVIA KTLQRAMETL HASSRHQRIQ DFNYTDHTLG RIIL NAMNE TNFFGVTGQV VFRNGERMGT IKFTQFQDSR EVKVGEYNAV ADTLEIINDT IRFQGSEPPK DKTIILEQLR KISLP LYSI LSALTILGMI MASAFLFFNI KNRNQKLIKM SSPYMNNLII LGGMLSYASI FLFGLDGSFV SEKTFETLCT VRTWIL TVG YTTAFGAMFA KTWRVHAIFK NVKMKKKIIK DQKLLVIVGG MLLIDLCILI CWQAVDPLRR TVEKYSMEPD PAGRDIS IR PLLEHCENTH MTIWLGIVYA YKGLLMLFGC FLAWETRNVS IPALNDSKYI GMSVYNVGIM CIIGAAVSFL TRDQPNVQ F CIVALVIIFC STITLCLVFV PKLITLRTNP DAATQNRRFQ FTQNQKKEDS KTSTSVTSVN QASTSRLEGL QSENHRLRM KITELDKDLE EVTMQLQDTD YKDDDDK

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-oct...

分子名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-octadec-9-enoyl]oxy}propyl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: U3G
分子量理論値: 766.039 Da
Chemical component information

ChemComp-U3G:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-{[(9Z)-octadec-9-enoyl]oxy}propyl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

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分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 10 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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分子 #7: [(2R)-3-[(Z)-icos-11-enoyl]oxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxypropyl] ...

分子名称: [(2R)-3-[(Z)-icos-11-enoyl]oxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxypropyl] 2-(trimethylazaniumyl)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: U3D
分子量理論値: 814.167 Da
Chemical component information

ChemComp-U3D:
[(2R)-3-[(Z)-icos-11-enoyl]oxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxypropyl] 2-(trimethylazaniumyl)ethyl phosphate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.002 %C47H88O22Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
0.0004 %C31H50O4Cholesteryl Hemisuccinate

詳細: Solutions were made fresh from concentrated and filtered to avoid microbial contamination.
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最高: 100.0 K
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3435 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 85.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1048241
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio (cryoSPARC 2)
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
詳細: Non-uniform refinement and local refinement in cryoSPARC 2
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 233737

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4mqe

chain_id: A, residue_range: 48-459

4mqe

chain_id: B, residue_range: 53-466
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6wiv:
Structure of human GABA(B) receptor in an inactive state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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