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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20958 | ||||||||||||
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タイトル | Anthrax toxin protective antigen channels bound to edema factor | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | translocase (輸送酵素) / anthrax toxin / protective antigen / edema factor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of apoptotic process in another organism / calmodulin dependent kinase signaling pathway / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / アデニル酸シクラーゼ / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / small molecule binding / Uptake and function of anthrax toxins ...positive regulation of apoptotic process in another organism / calmodulin dependent kinase signaling pathway / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / アデニル酸シクラーゼ / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / small molecule binding / Uptake and function of anthrax toxins / catalytic complex / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metallopeptidase activity / toxin activity / calmodulin binding / host cell plasma membrane / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hardenbrook NJ / Liu S | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Atomic structures of anthrax toxin protective antigen channels bound to partially unfolded lethal and edema factors. 著者: Nathan J Hardenbrook / Shiheng Liu / Kang Zhou / Koyel Ghosal / Z Hong Zhou / Bryan A Krantz / 要旨: Following assembly, the anthrax protective antigen (PA) forms an oligomeric translocon that unfolds and translocates either its lethal factor (LF) or edema factor (EF) into the host cell. Here, we ...Following assembly, the anthrax protective antigen (PA) forms an oligomeric translocon that unfolds and translocates either its lethal factor (LF) or edema factor (EF) into the host cell. Here, we report the cryo-EM structures of heptameric PA channels with partially unfolded LF and EF at 4.6 and 3.1-Å resolution, respectively. The first α helix and β strand of LF and EF unfold and dock into a deep amphipathic cleft, called the α clamp, which resides at the interface of two PA monomers. The α-clamp-helix interactions exhibit structural plasticity when comparing the structures of lethal and edema toxins. EF undergoes a largescale conformational rearrangement when forming the complex with the channel. A critical loop in the PA binding interface is displaced for about 4 Å, leading to the weakening of the binding interface prior to translocation. These structures provide key insights into the molecular mechanisms of translocation-coupled protein unfolding and translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20958.map.gz | 96.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20958-v30.xml emd-20958.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20958.png | 52.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20958.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20958 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20958 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Anthrax toxin protective antigen channels bound to edema factor
全体 | 名称: Anthrax toxin protective antigen channels bound to edema factor |
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要素 |
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-超分子 #1: Anthrax toxin protective antigen channels bound to edema factor
超分子 | 名称: Anthrax toxin protective antigen channels bound to edema factor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 613 kDa/nm |
-分子 #1: Protective antigen
分子 | 名称: Protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 82.768828 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: EVKQENRLLN ESESSSQGLL GYYFSDLNFQ APMVVTSSTT GDLSIPSSEL ENIPSENQYF QSAIWSGFIK VKKSDEYTFA TSADNHVTM WVDDQEVINK ASNSNKIRLE KGRLYQIKIQ YQRENPTEKG LDFKLYWTDS QNKKEVISSD NLQLPELKQK S SNSRKKRS ...文字列: EVKQENRLLN ESESSSQGLL GYYFSDLNFQ APMVVTSSTT GDLSIPSSEL ENIPSENQYF QSAIWSGFIK VKKSDEYTFA TSADNHVTM WVDDQEVINK ASNSNKIRLE KGRLYQIKIQ YQRENPTEKG LDFKLYWTDS QNKKEVISSD NLQLPELKQK S SNSRKKRS TSAGPTVPDR DNDGIPDSLE VEGYTVDVKN KRTFLSPWIS NIHEKKGLTK YKSSPEKWST ASDPYSDFEK VT GRIDKNV SPEARHPLVA AYPIVHVDME NIILSKNEDQ STQNTDSQTR TISKNTSTSR THTSEVHGNA EVHASFFDIG GSV SAGFSN SNSSTVAIDH SLSLAGERTW AETMGLNTAD TARLNANIRY VNTGTAPIYN VLPTTSLVLG KNQTLATIKA KENQ LSQIL APNNYYPSKN LAPIALNAQD DFSSTPITMN YNQFLELEKT KQLRLDTDQV YGNIATYNFE NGRVRVDTGS NWSEV LPQI QETTARIIFN GKDLNLVERR IAAVNPSDPL ETTKPDMTLK EALKIAFGFN EPNGNLQYQG KDITEFDFNF DQQTSQ NIK NQLAELNATN IYTVLDKIKL NAKMNILIRD KRFHYDRNNI AVGADESVVK EAHREVINSS TEGLLLNIDK DIRKILS GY IVEIEDTEGL KEVINDRYDM LNISSLRQDG KTFIDFKKYN DKLPLYISNP NYKVNVYAVT KENTIINPSE NGDTSTNG I KKILIFSKKG YEIG UniProtKB: Protective antigen |
-分子 #2: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
分子 | 名称: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: アデニル酸シクラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 88.955578 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNEHYTESDI KRNHKTEKNK TEKEKFKDSI NNLVKTEFTN ETLDKIQQTQ DLLKKIPKDV LEIYSELGGE IYFTDIDLVE HKELQDLSE EEKNSMNSRG EKVPFASRFV FEKKRETPKL IINIKDYAIN SEQSKEVYYE IGKGISLDII SKDKSLDPEF L NLIKSLSD ...文字列: MNEHYTESDI KRNHKTEKNK TEKEKFKDSI NNLVKTEFTN ETLDKIQQTQ DLLKKIPKDV LEIYSELGGE IYFTDIDLVE HKELQDLSE EEKNSMNSRG EKVPFASRFV FEKKRETPKL IINIKDYAIN SEQSKEVYYE IGKGISLDII SKDKSLDPEF L NLIKSLSD DSDSSDLLFS QKFKEKLELN NKSIDINFIK ENLTEFQHAF SLAFSYYFAP DHRTVLELYA PDMFEYMNKL EK GGFEKIS ESLKKEGVEK DRIDVLKGEK ALKASGLVPE HADAFKKIAR ELNTYILFRP VNKLATNLIK SGVATKGLNV HGK SSDWGP VAGYIPFDQD LSKKHGQQLA VEKGNLENKK SITEHEGEIG KIPLKLDHLR IEELKENGII LKGKKEIDNG KKYY LLESN NQVYEFRISD ENNEVQYKTK EGKITVLGEK FNWRNIEVMA KNVEGVLKPL TADYDLFALA PSLTEIKKQI PQKEW DKVV NTPNSLEKQK GVTNLLIKYG IERKPDSTKG TLSNWQKQML DRLNEAVKYT GYTGGDVVNH GTEQDNEEFP EKDNEI FII NPEGEFILTK NWEMTGRFIE KNITGKDYLY YFNRSYNKIA PGNKAYIEWT DPITKAKINT IPTSAEFIKN LSSIRRS SN VGVYKDSGDK DEFAKKESVK KIAGYLSDYY NSANHIFSQE KKRKISIFRG IQAYNEIENV LKSKQIAPEY KNYFQYLK E RITNQVQLLL THQKSNIEFK LLYKQLNFTE NETDNFEVFQ KIIDEK UniProtKB: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 62.9 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 73784 |