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- EMDB-19492: Trypanosoma brucei 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19492
タイトルTrypanosoma brucei 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase
マップデータvolume map sharp
試料
  • 複合体: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase, putative
    • タンパク質・ペプチド: methylcrotonoyl-CoA carboxylaseメチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ
  • リガンド: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
キーワードcarboxylase (カルボキシル化) / trypanosoma brucei (ブルーストリパノソーマ) / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / TRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


メチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ / methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / L-leucine catabolic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / biotin binding / 繊毛 / ミトコンドリア / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / アセチルCoAカルボキシラーゼ / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain ...Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / アセチルCoAカルボキシラーゼ / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
メチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ / 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Ruiz FM / Plaza-Pegueroles A / Fernandez-Tornero C
資金援助 スペイン, 1件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: The cryo-EM structure of trypanosome 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase provides mechanistic and dynamic insights into its enzymatic function.
著者: Adrián Plaza-Pegueroles / Inna Aphasizheva / Ruslan Aphasizhev / Carlos Fernández-Tornero / Federico M Ruiz /
要旨: 3-Methylcrotonyl-CoA carboxylase (MCC) catalyzes the two-step, biotin-dependent production of 3-methylglutaconyl-CoA, an essential intermediate in leucine catabolism. Given the critical metabolic ...3-Methylcrotonyl-CoA carboxylase (MCC) catalyzes the two-step, biotin-dependent production of 3-methylglutaconyl-CoA, an essential intermediate in leucine catabolism. Given the critical metabolic role of MCC, deficiencies in this enzyme lead to organic aciduria, while its overexpression is linked to tumor development. MCC is a dodecameric enzyme composed of six copies of each α- and β-subunit. We present the cryo-EM structure of the endogenous MCC holoenzyme from Trypanosoma brucei in a non-filamentous state at 2.4 Å resolution. Biotin is covalently bound to the biotin carboxyl carrier protein domain of α-subunits and positioned in a non-canonical pocket near the active site of neighboring β-subunit dimers. Moreover, flexibility of key residues at α-subunit interfaces and loops enables pivoting of α-subunit trimers to partly reduce the distance between α- and β-subunit active sites, required for MCC catalysis. Our results provide a structural framework to understand the enzymatic mechanism of eukaryotic MCCs and to assist drug discovery against trypanosome infections.
履歴
登録2024年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19492.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19492.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈volume map sharp
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8238 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.0060425 - 1.9122305
平均 (標準偏差)0.00046380475 (±0.042672075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 444.85202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19492_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19492_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19492_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase

全体名称: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase
要素
  • 複合体: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase, putative
    • タンパク質・ペプチド: methylcrotonoyl-CoA carboxylaseメチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ
  • リガンド: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

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超分子 #1: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase

超分子名称: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

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分子 #1: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase, putative

分子名称: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 73.987648 KDa
配列文字列: MLRYNVFYHG DFKKVLVANR GEIACRVFRT CREMNIRTVA VCCEGEPNAK HVLEADEAFV LGPPPASTSY LRGDRIICAA KKLQADAVH PGYGFLSENA EFASAVLAAG LKFVGPPPAA MLSMGSKSES KRIMEAAGVP IVPGYYGEDQ NPDRLLHEAK T IGFPVLIK ...文字列:
MLRYNVFYHG DFKKVLVANR GEIACRVFRT CREMNIRTVA VCCEGEPNAK HVLEADEAFV LGPPPASTSY LRGDRIICAA KKLQADAVH PGYGFLSENA EFASAVLAAG LKFVGPPPAA MLSMGSKSES KRIMEAAGVP IVPGYYGEDQ NPDRLLHEAK T IGFPVLIK AVSGGGGKGM KIVMEETEFH LMLESAKREA INFFKDDRVI LERYVMHPRH IECQIFFDSF GNGVFFFERD CS VQRRHQK VIEEAPAPGL SVDMRRRIGD VALTAARAVG YVGAGTVEFI FDTEKDEFFF MEMNTRLQVE HPVTEQVCQV RGR PLDLVR LQLQTAMGLP LGFRQEDISM SGASVEARIY AESPRNGFLP VGGRLRYLKE PPQGNRGTVK VRLDTGFRAG DDVL VHYDP MIAKLVVWGD NRATALEGLR TALASYHIVG VETNIDFLQC CLSNPGFVEG GVTTRFIEDN SVNLLQPREI PNNVL ALAA VSYLCSQRGT STLFWPNRQI SQGVCFTVGG NPVVVRVTVS TKMCFTCDFD SSSVTVYVES TTNMPDSSTF IRVTVD GET RFGFTSFVTD SEVAVALPQG FYTLALQPLA TDFGSTSAQA NGSASVLSPM PGKVTKLLVA DGTLVQQGQA ILILEAM KM EHVVKASCDG EVKFCVHADG IVGGSTLLAH IASAAV

UniProtKB: 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase, putative

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分子 #2: methylcrotonoyl-CoA carboxylase

分子名称: methylcrotonoyl-CoA carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: メチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 66.613969 KDa
配列文字列: MKSFCRLGKV CGCSVSVVFS HRVFALGPRR DYSTSEVPLG SSQVPKGDPR KEQKGGNMSE VYLFHPAQYE SAPATTRPNV LHYPAESTN PEFKANTERM KALTAELRRR VQVIVDGDSE ADKRARDRHI SRGKLLVHQR IEKLVDPMSP FLELSQLAGG D LYPGEACH ...文字列:
MKSFCRLGKV CGCSVSVVFS HRVFALGPRR DYSTSEVPLG SSQVPKGDPR KEQKGGNMSE VYLFHPAQYE SAPATTRPNV LHYPAESTN PEFKANTERM KALTAELRRR VQVIVDGDSE ADKRARDRHI SRGKLLVHQR IEKLVDPMSP FLELSQLAGG D LYPGEACH RGGILTGIGV VHGMRVMIVA NDATVKGGTY YPITVKKHLR AQRIAEENRL PCIYLVDSGG ANLGMQGDVF PD EQHFGRI FFNQANMSAK GIAQIATVMG SCTAGGAYVP AMSDESIIVK GNGTIFLGGP PLVFAATGEE VTPEELGGAD VHC RASGVT DYFATDDLHA LYLTRRIVAN LNRNDCERPC RGREFTPPLY DPSEIGGFIP DMGADVVKGF DVRAVIARLV DGSE FDEFK KLYGDTLVCG FARFEGMLVG IVANNGILYS ESALKGAHFV ELCSHRNIPL LFLQNITGFM VGKTYEEGGI AKNGA KLVT AVSTTHVPKI TIIIGGSYGA GNYGMCGRAF GPRFLFMWPN ARISVMGGNQ AATVLALTNS KLRENEVQDF KAKVRS KYE YEGSCYYSTA RLWDDGVIAP EDTRAVVVQA LLSTLSAPCG ETKFGVFRM

UniProtKB: メチルクロトニルCoAカルボキシラーゼ

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分子 #3: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

分子名称: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: BTI
分子量理論値: 228.311 Da
Chemical component information

ChemComp-BTI:
5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.07 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mM(NH4)2SO4ammonium sulfate
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
5.0 % v/vC3H8O3glycerolグリセリン
2.0 mMHOCH2CH2SH2-Mercaptoethanol2-メルカプトエタノール
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 38.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 490000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 126391
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(Chain: A, AlphaFold, in silico model, B, AlphaFold, in silico model)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8rth:
Trypanosoma brucei 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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