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- EMDB-1886: The 6A cryo-EM reconstruction of Barmah Forest virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1886
タイトルThe 6A cryo-EM reconstruction of Barmah Forest virus
マップデータA 3D reconstruction map of Barmah Forest virus
試料
  • 試料: Barmah Forest virus
  • ウイルス: Barmah Forest virus (ウイルス)
キーワードAlphavirus / icosahedral (二十面体)
機能・相同性
機能・相同性情報


トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane ...トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Barmah Forest virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Kostyuchenko VA / Jakana J / Liu X / Haddow AD / Aung M / Weaver SC / Chiu W / Lok SM
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2011
タイトル: The structure of barmah forest virus as revealed by cryo-electron microscopy at a 6-angstrom resolution has detailed transmembrane protein architecture and interactions.
著者: Victor A Kostyuchenko / Joanita Jakana / Xiangan Liu / Andrew D Haddow / Myint Aung / Scott C Weaver / Wah Chiu / Shee-Mei Lok /
要旨: Barmah Forest virus (BFV) is a mosquito-borne alphavirus that infects humans. A 6-Å-resolution cryo-electron microscopy three-dimensional structure of BFV exhibits a typical alphavirus organization, ...Barmah Forest virus (BFV) is a mosquito-borne alphavirus that infects humans. A 6-Å-resolution cryo-electron microscopy three-dimensional structure of BFV exhibits a typical alphavirus organization, with RNA-containing nucleocapsid surrounded by a bilipid membrane anchored with the surface proteins E1 and E2. The map allows details of the transmembrane regions of E1 and E2 to be seen. The C-terminal end of the E2 transmembrane helix binds to the capsid protein. Following the E2 transmembrane helix, a short α-helical endodomain lies on the inner surface of the lipid envelope. The E2 endodomain interacts with E1 transmembrane helix from a neighboring E1-E2 trimeric spike, thereby acting as a spacer and a linker between spikes. In agreement with previous mutagenesis studies, the endodomain plays an important role in recruiting other E1-E2 spikes to the budding site during virus assembly. The E2 endodomain may thus serve as a target for antiviral drug design.
履歴
登録2011年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年8月12日-
マップ公開2012年1月27日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2yew
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2yew
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1886.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1886.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 711.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A 3D reconstruction map of Barmah Forest virus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.42 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 5.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-20.788326260000002 - 29.373136519999999
平均 (標準偏差)0.0 (±2.50054336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-288-288-288
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 817.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.421.421.42
M x/y/z576576576
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z817.920817.920817.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-288-288-288
NC/NR/NS576576576
D min/max/mean-20.78829.3730.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Barmah Forest virus

全体名称: Barmah Forest virus (ウイルス)
要素
  • 試料: Barmah Forest virus
  • ウイルス: Barmah Forest virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Barmah Forest virus

超分子名称: Barmah Forest virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Whole virion / Number unique components: 1

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超分子 #1: Barmah Forest virus

超分子名称: Barmah Forest virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: BFV / NCBI-ID: 11020 / 生物種: Barmah Forest virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: BFV
宿主生物種: Culex annulirostris (カ) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: E1 E2 / 直径: 350 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 0.05M Tris-HCl, pH 7.4, 0.1M NaCl, 0.001M EDTA
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Not stained
グリッド詳細: Quantifoil grid with thin carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER
温度平均: 100 K
日付2010年1月5日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 実像数: 760 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, MPSA / 使用した粒子像数: 5169
詳細The particles were selected with ETHAN software, then screened manually

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1svp


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. Initial placement was done manually followed by refinement using Fit in map feature in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-2yew:
Modeling Barmah Forest virus structural proteins

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2xfb


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. Initial placement was done manually followed by refinement using Fit in map feature in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-2yew:
Modeling Barmah Forest virus structural proteins

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2ala


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. Initial placement was done manually followed by refinement using Fit in map feature in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-2yew:
Modeling Barmah Forest virus structural proteins

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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