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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Human Kv3.1 in Complex with Modulator AUT1 | |||||||||
![]() | Sharpened map used for model refinement | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() response to nerve growth factor / globus pallidus development / response to light intensity / response to potassium ion / response to auditory stimulus / response to fibroblast growth factor / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Voltage gated Potassium channels ...response to nerve growth factor / globus pallidus development / response to light intensity / response to potassium ion / response to auditory stimulus / response to fibroblast growth factor / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Voltage gated Potassium channels / delayed rectifier potassium channel activity / optic nerve development / neuronal cell body membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chi G / Mckinley G / Marsden B / Pike ACW / Ye M / Brooke LM / Bakshi S / Pilati N / Marasco A / Gunthorpe M ...Chi G / Mckinley G / Marsden B / Pike ACW / Ye M / Brooke LM / Bakshi S / Pilati N / Marasco A / Gunthorpe M / Alvaro G / Large C / Lakshminaraya B / Williams E / Sauer DB | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The binding and mechanism of a positive allosteric modulator of Kv3 channels. 著者: Qiansheng Liang / Gamma Chi / Leonardo Cirqueira / Lianteng Zhi / Agostino Marasco / Nadia Pilati / Martin J Gunthorpe / Giuseppe Alvaro / Charles H Large / David B Sauer / Werner Treptow / ...著者: Qiansheng Liang / Gamma Chi / Leonardo Cirqueira / Lianteng Zhi / Agostino Marasco / Nadia Pilati / Martin J Gunthorpe / Giuseppe Alvaro / Charles H Large / David B Sauer / Werner Treptow / Manuel Covarrubias / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Small-molecule modulators of diverse voltage-gated K (Kv) channels may help treat a wide range of neurological disorders. However, developing effective modulators requires understanding of their ...Small-molecule modulators of diverse voltage-gated K (Kv) channels may help treat a wide range of neurological disorders. However, developing effective modulators requires understanding of their mechanism of action. We apply an orthogonal approach to elucidate the mechanism of action of an imidazolidinedione derivative (AUT5), a highly selective positive allosteric modulator of Kv3.1 and Kv3.2 channels. AUT5 modulation involves positive cooperativity and preferential stabilization of the open state. The cryo-EM structure of the Kv3.1/AUT5 complex at a resolution of 2.5 Å reveals four equivalent AUT5 binding sites at the extracellular inter-subunit interface between the voltage-sensing and pore domains of the channel's tetrameric assembly. Furthermore, we show that the unique extracellular turret regions of Kv3.1 and Kv3.2 essentially govern the selective positive modulation by AUT5. High-resolution apo and bound structures of Kv3.1 demonstrate how AUT5 binding promotes turret rearrangements and interactions with the voltage-sensing domain to favor the open conformation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 147.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 61.7 MB 115.7 MB 115.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qucMC ![]() 8qudC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map used for model refinement | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.831 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_18659_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18659_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18659_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Homotetramer of Human Kv3.1a with modulator AUT1
全体 | 名称: Homotetramer of Human Kv3.1a with modulator AUT1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Homotetramer of Human Kv3.1a with modulator AUT1
超分子 | 名称: Homotetramer of Human Kv3.1a with modulator AUT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
-分子 #1: Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1
分子 | 名称: Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 58.850078 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGQGDESERI VINVGGTRHQ THRSTLRTLP GTRLAWLAEP DAHSHFDYDP RADEFFFDRH PGVFAHILNY YRTGKLHCPA DVCGPLYEE ELAFWGIDET DVEPCCWMTY RQHRDAEEAL DSFGGAPLDN SADDADADGP GDSGDGEDEL EMTKRLALSD S PDGRPGGF ...文字列: MGQGDESERI VINVGGTRHQ THRSTLRTLP GTRLAWLAEP DAHSHFDYDP RADEFFFDRH PGVFAHILNY YRTGKLHCPA DVCGPLYEE ELAFWGIDET DVEPCCWMTY RQHRDAEEAL DSFGGAPLDN SADDADADGP GDSGDGEDEL EMTKRLALSD S PDGRPGGF WRRWQPRIWA LFEDPYSSRY ARYVAFASLF FILVSITTFC LETHERFNPI VNKTEIENVR NGTQVRYYRE AE TEAFLTY IEGVCVVWFT FEFLMRVIFC PNKVEFIKNS LNIIDFVAIL PFYLEVGLSG LSSKAAKDVL GFLRVVRFVR ILR IFKLTR HFVGLRVLGH TLRASTNEFL LLIIFLALGV LIFATMIYYA ERIGAQPNDP SASEHTHFKN IPIGFWWAVV TMTT LGYGD MYPQTWSGML VGALCALAGV LTIAMPVPVI VNNFGMYYSL AMAKQKLPKK KKKHIPRPPQ LGSPNYCKSV VNSPH HSTQ SDTCPLAQEE ILEINRAGRK PLRGMSIAEN LYFQ UniProtKB: Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 |
-分子 #2: (5R)-5-ethyl-3-[6-(3-methoxy-4-methyl-phenoxy)pyridin-3-yl]imidaz...
分子 | 名称: (5R)-5-ethyl-3-[6-(3-methoxy-4-methyl-phenoxy)pyridin-3-yl]imidazolidine-2,4-dione タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: WY9 |
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分子量 | 理論値: 341.361 Da |
-分子 #3: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PCF |
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分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PCF: |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-Y01: |
-分子 #6: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 40 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 14344 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |