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- EMDB-18558: Bacillus subtilis MutS2-collided disome complex (stalled 70S) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18558
タイトルBacillus subtilis MutS2-collided disome complex (stalled 70S)
マップデータFocus refined map filtered at FSC resolution
試料
  • 複合体: MutS2-disome complex from B. subtilis, focus refined, stalled 70S
    • タンパク質・ペプチド: x 48種
    • RNA: x 5種
キーワードMuts2 / collision (衝突) / disome / splitting / quality control (品質管理) / RIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNAミスマッチ修復 / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / transferase activity / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit ...mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNAミスマッチ修復 / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / transferase activity / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MutS2 and Smr-associated SH3 domain / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / Endonuclease MutS2 / Smr domain superfamily / Smr domain / Small MutS-related domain / Smr domain / Smr domain profile. / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal ...MutS2 and Smr-associated SH3 domain / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / Endonuclease MutS2 / Smr domain superfamily / Smr domain / Small MutS-related domain / Smr domain / Smr domain profile. / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL17 ...Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Endonuclease MutS2 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL29
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Park E / Mackens-Kiani T / Berhane R / Esser H / Erdenebat C / Burroughs AM / Berninghausen O / Aravind L / Beckmann R / Green R / Buskirk AR
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)TRR174 ドイツ
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: B. subtilis MutS2 splits stalled ribosomes into subunits without mRNA cleavage.
著者: Esther N Park / Timur Mackens-Kiani / Rebekah Berhane / Hanna Esser / Chimeg Erdenebat / A Maxwell Burroughs / Otto Berninghausen / L Aravind / Roland Beckmann / Rachel Green / Allen R Buskirk /
要旨: Stalled ribosomes are rescued by pathways that recycle the ribosome and target the nascent polypeptide for degradation. In E. coli, these pathways are triggered by ribosome collisions through the ...Stalled ribosomes are rescued by pathways that recycle the ribosome and target the nascent polypeptide for degradation. In E. coli, these pathways are triggered by ribosome collisions through the recruitment of SmrB, a nuclease that cleaves the mRNA. In B. subtilis, the related protein MutS2 was recently implicated in ribosome rescue. Here we show that MutS2 is recruited to collisions by its SMR and KOW domains, and we reveal the interaction of these domains with collided ribosomes by cryo-EM. Using a combination of in vivo and in vitro approaches, we show that MutS2 uses its ABC ATPase activity to split ribosomes, targeting the nascent peptide for degradation through the ribosome quality control pathway. However, unlike SmrB, which cleaves mRNA in E. coli, we see no evidence that MutS2 mediates mRNA cleavage or promotes ribosome rescue by tmRNA. These findings clarify the biochemical and cellular roles of MutS2 in ribosome rescue in B. subtilis and raise questions about how these pathways function differently in diverse bacteria.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: An evolutionarily conserved strategy for ribosome binding and inhibition by beta-coronavirus non-structural protein 1
著者: Maurina SF / O'Sullivan JP / Sharma G / Rodriguez DCP / MacFadden A / Cendali F / Henen MA / Kieft JS / Glasgow A / Steckelberg A
履歴
登録2023年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18558.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focus refined map filtered at FSC resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.377
最小 - 最大-0.7371306 - 1.9228493
平均 (標準偏差)0.014376461 (±0.10599903)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 522.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18558_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18558_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MutS2-disome complex from B. subtilis, focus refined, stalled 70S

全体名称: MutS2-disome complex from B. subtilis, focus refined, stalled 70S
要素
  • 複合体: MutS2-disome complex from B. subtilis, focus refined, stalled 70S
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • RNA: 16S rRNA (1533-MER)
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • RNA: tRNA (77-MER)
    • RNA: mRNA (33-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Endonuclease MutS2
    • RNA: 5S rRNA (112-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL28
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • RNA: 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA

+
超分子 #1: MutS2-disome complex from B. subtilis, focus refined, stalled 70S

超分子名称: MutS2-disome complex from B. subtilis, focus refined, stalled 70S
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6, #51, #53, #7-#50, #52
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 6.745073 KDa
配列文字列:
MAVPFRRTSK MKKRLRRTHF KLNVPGMTEC PSCGEMKLSH RVCKACGSYN GKDINVKSN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #2: Large ribosomal subunit protein bL33

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 5.786696 KDa
配列文字列:
MRVNITLACT ECGERNYISK KNKRNNPDRV EFKKYCPRDK KSTLHRET

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #3: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 5.271332 KDa
配列文字列:
MKRTFQPNNR KRSKVHGFRS RMSSKNGRLV LARRRRKGRK VLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein bL35

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 7.597128 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGS AKRFKKTGSG KLKRSHAYTS HLFANKSQKQ KRKLRKSSVV SAGDFKRIKQ MLANIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIRRK GKVMVICENP KHKQKQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #6: Large ribosomal subunit protein bL31

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 7.216244 KDa
配列文字列:
MKAGIHPNFK KATVKCACGN EFETGSVKEE VRVEICSECH PFYTGRQKFA SADGRVDRFN KKYG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 28.009297 KDa
配列文字列: MSVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKRY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV EEAYNFTKNL AAEGGKILFV GTKKQAQDSV KEEAQRSGM YYVNQRWLGG TLTNFETIQK RIKRLKDIEK MQENGTFDVL PKKEVVQLKK ELERLEKFLG GIKDMKDLPD A LFIIDPRK ...文字列:
MSVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKRY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV EEAYNFTKNL AAEGGKILFV GTKKQAQDSV KEEAQRSGM YYVNQRWLGG TLTNFETIQK RIKRLKDIEK MQENGTFDVL PKKEVVQLKK ELERLEKFLG GIKDMKDLPD A LFIIDPRK ERIAVAEARK LNIPIIGIVD TNCDPDEIDV VIPANDDAIR AVKLLTSKMA DAILEAKQGE EEAEVAEETA PE TETTTA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 24.351889 KDa
配列文字列: MGQKVNPVGL RIGVIRDWES KWYAGKDYAD FLHEDLKIRE YISKRLSDAS VSKVEIERAA NRVNITIHTA KPGMVIGKGG SEVEALRKA LNSLTGKRVH INILEIKRAD LDAQLVADNI ARQLENRVSF RRAQKQQIQR TMRAGAQGVK TMVSGRLGGA D IARSEYYS ...文字列:
MGQKVNPVGL RIGVIRDWES KWYAGKDYAD FLHEDLKIRE YISKRLSDAS VSKVEIERAA NRVNITIHTA KPGMVIGKGG SEVEALRKA LNSLTGKRVH INILEIKRAD LDAQLVADNI ARQLENRVSF RRAQKQQIQR TMRAGAQGVK TMVSGRLGGA D IARSEYYS EGTVPLHTLR ADIDYATSEA DTTYGKLGVK VWIYRGEVLP TKKKTEEGGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 22.874271 KDa
配列文字列: MARYTGPSWK LSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGPHGPGQ RKKLSEYGLQ LQEKQKLRHM YGVNERQFRT LFDKAGKLAG KHGENFMIL LDSRLDNVVY KLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGSRVDIP SYLVKPGQTI GVREKSRNLS IIKESVEVNN F VPEYLTFD ...文字列:
MARYTGPSWK LSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGPHGPGQ RKKLSEYGLQ LQEKQKLRHM YGVNERQFRT LFDKAGKLAG KHGENFMIL LDSRLDNVVY KLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGSRVDIP SYLVKPGQTI GVREKSRNLS IIKESVEVNN F VPEYLTFD AEKLEGTFTR LPERSELAPE INEALIVEFY SR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 17.650625 KDa
配列文字列:
MRRIDPSKLE LEERLVTVNR VAKVVKGGRR FRFAALVVVG DKNGHVGFGT GKAQEVPEAI RKAVEDAKKN LIEVPMVGTT IPHEIIGRF GAGNILLKPA SEGTGVIAGG PVRAVLELAG VADILSKSLG SNTPINMIRA TLQGLSELKR AEDVAKLRGK S VEELLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 11.140548 KDa
配列文字列:
MRKYEVMYII RPNIDEESKK AVIERFNNVL TSNGAEITGT KDWGKRRLAY EINDFRDGFY QIVNVQSDAA AVQEFDRLAK ISDDIIRHI VVKEEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 17.915879 KDa
配列文字列:
MPRKGPVAKR DVLPDPIYNS KLVSRLINKM MIDGKKGKSQ TILYKSFDII KERTGNDAME VFEQALKNIM PVLEVKARRV GGANYQVPV EVRPERRTTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEER LANEILDAAN NTGAAVKKRE DTHKMAEANK AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 14.901427 KDa
配列文字列:
MVMTDPIADM LTRIRNANMV RHEKLEIPAS KLKREIAEIL KREGFIRDVE FVEDSKQGII RVFLKYGQNN ERVITGLKRI SKPGLRVYA KSNEVPRVLN GLGIAIISTS QGVLTDKEAR AKQAGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 14.335504 KDa
配列文字列:
MAQVQYYGTG RRKSSVARVR LVPGEGRIVV NNREISEHIP SAALIEDIKQ PLTLTETAGT YDVLVNVHGG GLSGQAGAIR HGIARALLE ADPEYRTTLK RAGLLTRDAR MKERKKYGLK GARRAPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 11.687661 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRILDQ SAEKIVETAK RSGASVSGPI PLPTEKSVYT ILRAVHKYKD SREQFEMRTH KRLIDIVNPT PQTVDALMR LDLPSGVDIE IKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 13.993051 KDa
配列文字列:
MAAARKQNTR KRRVKKNIES GIAHIRSTFN NTIVTITDTH GNAISWSSAG ALGFRGSRKS TPFAAQMAAE TAAKGSIEHG LKTLEVTVK GPGSGREAAI RALQAAGLEV TAIRDVTPVP HNGCRPPKRR RV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 15.248736 KDa
配列文字列:
MPTINQLIRK GRVSKVENSK SPALNKGYNS FKKEHTNVSS PQKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYARVRL TNGIEVTAYI PGIGHNLQE HSVVLIRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTAG VENRAQGRSK YGTKKPKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 13.818085 KDa
配列文字列:
MARIAGVDIP RDKRVVISLT YIFGIGRTTA QQVLKEAGVS EDTRVRDLTE EELGKIRDII DKLKVEGDLR REVSLNIKRL IEIGSYRGI RHRRGLPVRG QNSKNNARTR KGPRRTVANK KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 7.263803 KDa
配列文字列:
MAKKSMIAKQ QRTPKFKVQE YTRCERCGRP HSVIRKFKLC RICFRELAYK GQIPGVKKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 10.597224 KDa
配列文字列:
MAITQERKNQ LINEFKTHES DTGSPEVQIA ILTDSINNLN EHLRTHKKDH HSRRGLLKMV GKRRNLLTYL RNKDVTRYRE LINKLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 10.153833 KDa
配列文字列:
MAVKIRLKRM GAKKSPFYRI VVADSRSPRD GRFIETVGTY NPVAKPAEVK IDEELALKWL QTGAKPSDTV RNLFSSQGIM EKFHNAKQG K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 10.220979 KDa
配列文字列:
MSERNQRKVY QGRVVSDKMD KTITVVVETY KKHTLYGKRV KYSKKFKAHD ENNQAKIGDI VKIMETRPLS ATKRFRLVEV VEEAVII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #23: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 8.990613 KDa
配列文字列:
MAGGRRGGRA KRRKVCYFTS NGITHIDYKD VDLLKKFVSE RGKILPRRVT GTNAKYQRKL TAAIKRARQM ALLPYVSGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 10.607309 KDa
配列文字列:
MARSLKKGPF VDGHLMTKIE KLNETDKKQV VKTWSRRSTI FPQFIGHTIA VYDGRKHVPV FISEDMVGHK LGEFAPTRTY KGHASDDKK TRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #25: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 9.622217 KDa
配列文字列:
MPNIKSAIKR TKTNNERRVH NATIKSAMRT AIKQVEASVA NNEADKAKTA LTEAAKRIDK AVKTGLVHKN TAARYKSRLA KKVNGLSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #28: Endonuclease MutS2

分子名称: Endonuclease MutS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 87.530852 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQQKVLSALE FHKVKEQVIG HAASSLGKEM LLELKPSASI DEIKKQLDEV DEASDIIRLR GQAPFGGLVD IRGALRRAEI GSVLSPSEF TEISGLLYAV KQMKHFITQM AEDGVDIPLI HQHAEQLITL SDLERDINSC IDDHGEVLDH ASETLRGIRT Q LRTLESRV ...文字列:
MQQKVLSALE FHKVKEQVIG HAASSLGKEM LLELKPSASI DEIKKQLDEV DEASDIIRLR GQAPFGGLVD IRGALRRAEI GSVLSPSEF TEISGLLYAV KQMKHFITQM AEDGVDIPLI HQHAEQLITL SDLERDINSC IDDHGEVLDH ASETLRGIRT Q LRTLESRV RDRLESMLRS SSASKMLSDT IVTIRNDRFV IPVKQEYRSS YGGIVHDTSS SGATLFIEPQ AIVDMNNSLQ QA KVKEKQE IERILRVLTE KTAEYTEELF LDLQVLQTLD FIFAKARYAK AVKATKPIMN DTGFIRLKKA RHPLLPPDQV VAN DIELGR DFSTIVITGP NTGGKTVTLK TLGLLTLMAQ SGLHIPADEG SEAAVFEHVF ADIGDEQSIE QSLSTFSSHM VNIV GILEQ VNENSLVLFD ELGAGTDPQE GAALAMSILD DVHRTNARVL ATTHYPELKA YGYNREGVMN ASVEFDIETL SPTYK LLIG VPGRSNAFEI SKRLGLPDHI IGQAKSEMTA EHNEVDTMIA SLEQSKKRAE EELSETESIR KEAEKLHKEL QQQIIE LNS KKDKMLEEAE QQAAEKVKAA MKEAEDIIHE LRTIKEEHKS FKDHELINAK KRLEGAMPAF EKSKKPEKPK AQKRDFK PG DEVKVLTFGQ KGTLLEKTGG NEWNVQIGIL KMKVKEKDLE FIKSAPEQKK EKIITAVKGK DYHVSLELDL RGERYENA L SRVEKYLDDA VLAGYPRVSI IHGKGTGALR KGVQDLLKNH RSVKSSRFGE AGEGGSGVTV VELK

UniProtKB: Endonuclease MutS2

+
分子 #30: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 30.07475 KDa
配列文字列: AIKKYKPTSN GRRGMTTSDF AEITTDKPEK SLLAPLHKKG GRNNQGKLTV RHQGGGHKRQ YRVIDFKRDK DGIPGRVATV EYDPNRSAN IALINYADGE KRYILAPKGI QVGTEIMSGP EADIKVGNAL PLINIPVGTV VHNIELKPGK GGQLVRSAGT S AQVLGKEG ...文字列:
AIKKYKPTSN GRRGMTTSDF AEITTDKPEK SLLAPLHKKG GRNNQGKLTV RHQGGGHKRQ YRVIDFKRDK DGIPGRVATV EYDPNRSAN IALINYADGE KRYILAPKGI QVGTEIMSGP EADIKVGNAL PLINIPVGTV VHNIELKPGK GGQLVRSAGT S AQVLGKEG KYVLVRLNSG EVRMILSACR ASIGQVGNEQ HELINIGKAG RSRWKGIRPT VRGSVMNPND HPHGGGEGRA PI GRKSPMS PWGKPTLGFK TRKKKNKSDK FIVRRRKN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 22.462973 KDa
配列文字列: TKGILGRKIG MTQVFAENGD LIPVTVIEAA PNVVLQKKTA ENDGYEAIQL GFDDKREKLS NKPEKGHVAK AETAPKRFVK ELRGVEMDA YEVGQEVKVE IFSAGEIVDV TGVSKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVD PNRVFKGKLL P GRMGGEQI ...文字列:
TKGILGRKIG MTQVFAENGD LIPVTVIEAA PNVVLQKKTA ENDGYEAIQL GFDDKREKLS NKPEKGHVAK AETAPKRFVK ELRGVEMDA YEVGQEVKVE IFSAGEIVDV TGVSKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVD PNRVFKGKLL P GRMGGEQI TVQNLEIVKV DAERNLLLIK GNVPGAKKSL ITVKSAVKS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 22.222676 KDa
配列文字列: PKVALYNQNG STAGDIELNA SVFGIEPNES VVFDAILMQR ASLRQGTHKV KNRSEVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAI KSVLSSKVID NNIIVLEDLT LDTAKTKEMA AILKGLSVEK KALIVTADAN E AVALSARN ...文字列:
PKVALYNQNG STAGDIELNA SVFGIEPNES VVFDAILMQR ASLRQGTHKV KNRSEVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAI KSVLSSKVID NNIIVLEDLT LDTAKTKEMA AILKGLSVEK KALIVTADAN E AVALSARN IPGVTVVEAN GINVLDVVNH EKLLITKAAV EKVEEVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #33: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 20.046371 KDa
配列文字列:
NRLKEKYNKE IAPALMTKFN YDSVMQVPKI EKIVINMGVG DAVQNAKAID SAVEELTFIA GQKPVVTRAK KSIAGFRLRE GMPIGAKVT LRGERMYDFL DKLISVSLPR VRDFRGVSKK SFDGRGNYTL GIKEQLIFPE IDYDKVTKVR GMDIVIVTTA N TDEEAREL LTQVGMPFQK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #34: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 19.124855 KDa
配列文字列:
SRVGKKLLEI PSDVTVTLND NNTVAVKGPK GELTRTFHPD MEIKVEDNVL TVARPSDQKE HRALHGTTRS LLGNMVEGVS KGFERGLEL VGVGYRASKS GNKLVLNVGY SHPVEIVPEE GIEIEVPSQT KVVVKGTDKE RVGAIAANIR AVRSPEPYKG K GIRYEGEV VRRKEGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #35: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 16.01761 KDa
配列文字列:
TPMANASTIE RKWLVVDAAG KTLGRLSSEV AAILRGKHKP TYTPHVDTGD HVIIINAEKI ELTGKKLTDK IYYRHTQHPG GLKSRTALE MRTNYPEKML ELAIKGMLPK GSLGRQMFKK LNVYRGSEHP HEAQKPEVYE LRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 13.175288 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RSDGSYISFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 15.410694 KDa
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKTRNRVG RGIGSGNGKT AGKGHKGQNA RSGGGVRPGF EGGQMPLFQR LPKRGFTNIN RKEYAVVNLD KLNGFAEGT EVTPELLLET GVISKLNAGV KILGNGKLEK KLTVKANKFS ASAKEAVEAA GGTAEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #38: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 15.619512 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR REHRGKMRGR AKGGTEVHFG EFGIQALEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP SKPYTAKPLE VRMGSGKGA PEGWVAVVKP GKVLFEISGV SEEVAREALR LASHKLPIKT KFVKREEIG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #39: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 13.643609 KDa
配列文字列:
SYRKLGRTSA QRKAMLRDLT TDLIINERIE TTETRAKELR SVVEKMITLG KRGDLHARRQ AAAYIRNEVA NEENNQDALQ KLFSDIATR YEERQGGYTR IMKLGPRRGD GAPMAIIELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 12.993829 KDa
配列文字列:
MITKTSKNAA RLKRHARVRA KLSGTAERPR LNVFRSNKHI YAQIIDDVNG VTLASASTLD KDLNVESTGD TSAATKVGEL VAKRAAEKG ISDVVFDRGG YLYHGRVKAL ADAAREAGLK F

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 13.416853 KDa
配列文字列:
MQKLIEDITK EQLRTDLPAF RPGDTLRVHV KVVEGNRERI QIFEGVVIKR RGGGISETFT VRKISYGVGV ERTFPVHTPK IAKIEVVRY GKVRRAKLYY LRELRGKAAR IKEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #42: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 13.408813 KDa
配列文字列:
PRVKGGTVTR KRRKKVLKLA KGYFGSKHTL YKVANQQVMK SGNYAFRDRR QKKRDFRKLW ITRINAAARM NGLSYSRLMH GLKLSGIEV NRKMLADLAV NDLTAFNQLA DAAKAQLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #43: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 11.164886 KDa
配列文字列:
YAIIKTGGKQ IKVEEGQTVY IEKLAAEAGE TVTFEDVLFV GGDNVKVGNP TVEGATVTAK VEKQGRAKKI TVFRYKPKKN VHKKQGHRQ PYTKVTIEKI NA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #44: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 12.035066 KDa
配列文字列:
QAKAVARTVR IAPRKARLVM DLIRGKQVGE AVSILNLTPR AASPIIEKVL KSAIANAEHN YEMDANNLVI SQAFVDEGPT LKRFRPRAM GRASQINKRT SHITIVVSEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #45: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 10.778622 KDa
配列文字列:
MKDPRDVLKR PVITERSADL MTEKKYTFEV DVRANKTEVK DAVESIFGVK VDKVNIMNYK GKSKRVGRYT GMTSRRRKAI VKLTADSKE IEIF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #46: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 10.921854 KDa
配列文字列:
MHVKKGDKVM VISGKDKGKQ GTILAAFPKK DRVLVEGVNM VKKHSKPTQA NPQGGISNQE APIHVSNVMP LDPKTGEVTR VGYKVEDGK KVRVAKKSGQ VL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #47: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 8.956143 KDa
配列文字列:
SKKGVGSTKN GRDSEAKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGTVKFERF GRDRKKVSVY PV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #48: Large ribosomal subunit protein bL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 6.367546 KDa
配列文字列:
RKCVITGKKT TAGNNRSHAM NASKRTWGAN LQKVRILVNG KPKKVYVSAR ALKSGKVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #49: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 7.598849 KDa
配列文字列:
MKANEIRDLT TAEIEQKVKS LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTVIRER EIAAN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #50: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 6.519599 KDa
配列文字列:
AKLEITLKRS VIGRPEDQRV TVRTLGLKKT NQTVVHEDNA AIRGMINKVS HLVSVKEQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #51: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 16.382967 KDa
配列文字列:
MKVIFLQDVK GKGKKGEVKN VADGYAHNFL IKKGLAVEAN ASNISALNGQ KQKEKKEAIA ELEQAKSLKE TLEKLTVELS AKSGEGGRL FGSVTSKQIT EQLQKDHNIK VDKRKLELPD GIRALGYTNV PVKLHPEVQA VLKVHVKEEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #26: tRNA (77-MER)

分子名称: tRNA (77-MER) / タイプ: rna / ID: 26 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 24.815682 KDa
配列文字列:
GGUCCGGUAG UUCAGUUGGU UAGAAUGCCU GCCUGUCACG CAGGAGGUCG CGGGUUCGAG UCCCGUCCGG ACCGCCA

GENBANK: GENBANK: CP031784.1

+
分子 #27: mRNA (33-MER)

分子名称: mRNA (33-MER) / タイプ: rna / ID: 27 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 10.591393 KDa
配列文字列:
AGACCAAUGC CAUGUACGUC GCACUCGGAA GAC

+
分子 #29: 5S rRNA (112-MER)

分子名称: 5S rRNA (112-MER) / タイプ: rna / ID: 29 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 36.15752 KDa
配列文字列:
UGGUGGCGAU AGCGAAGAGG UCACACCCGU UCCCAUACCG AACACGGAAG UUAAGCUCUU CAGCGCCGAU GGUAGUCGGG GGUUUCCCC CUGUGAGAGU AGGACGCCGC CAA

GENBANK: GENBANK: CP035165.1

+
分子 #52: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 52 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 949.646312 KDa
配列文字列: GGUUAAGUUA GAAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAU GAAGGACGGG ACGAACACCG AUAUGCUUCG GGGAGCUGU AAGCAAGCUU UGAUCCGGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC ACCACUCGUA AUGGAGUGGU AUCCAUAUCU G AAUUCAUA ...文字列:
GGUUAAGUUA GAAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAU GAAGGACGGG ACGAACACCG AUAUGCUUCG GGGAGCUGU AAGCAAGCUU UGAUCCGGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC ACCACUCGUA AUGGAGUGGU AUCCAUAUCU G AAUUCAUA GGAUAUGAGA AGGCAGACCC GGGGAACUGA AACAUCUAAG UACCCGGAGG AAGAGAAAGC AAAUGCGAUU CC CUGAGUA GCGGCGAGCG AAACGGGAUC AGCCCAAACC AAGAGGCUUG CCUCUUGGGG UUGUAGGACA CUCUGUACGG AGU UACAAA GGAACGAGGU AGAUGAAGAG GUCUGGAAAG GCCCGCCAUA GGAGGUAACA GCCCUGUAGU CAAAACUUCG UUCU CUCCU GAGUGGAUCC UGAGUACGGC GGAACACGUG AAAUUCCGUC GGAAUCCGGG AGGACCAUCU CCCAAGGCUA AAUAC UCCC UAGUGACCGA UAGUGAACCA GUACCGUGAG GGAAAGGUGA AAAGCACCCC GGAAGGGGAG UGAAAGAGAU CCUGAA ACC GUGUGCCUAC AAGUAGUCAG AGCCCGUUAA CGGGUGAUGG CGUGCCUUUU GUAGAAUGAA CCGGCGAGUU ACGAUCU CG UGCAAGGUUA AGCAGAAGAU GCGGAGCCGC AGCGAAAGCG AGUCUGAAUA GGGCGCAUGA GUACGUGGUC GUAGACCC G AAACCAGGUG AUCUACCCAU GUCCAGGGUG AAGUUCAGGU AACACUGAAU GGAGGCCCGA ACCCACGCAC GUUGAAAAG UGCGGGGAUG AGGUGUGGGU AGGGGUGAAA UGCCAAUCGA ACCUGGAGAU AGCUGGUUCU CUCCGAAAUA GCUUUAGGGC UAGCCUCAA GGUAAGAGUC UUGGAGGUAG AGCACUGAUU GGACUAGGGG CCCCUACCGG GUUACCGAAU UCAGUCAAAC U CCGAAUGC CAAUGACUUA UCCUUGGGAG UCAGACUGCG AGUGAUAAGA UCCGUAGUCG AAAGGGAAAC AGCCCAGACC GC CAGCUAA GGUCCCAAAG UAUACGUUAA GUGGAAAAGG AUGUGGAGUU GCUUAGACAA CCAGGAUGUU GGCUUAGAAG CAG CCACCA UUUAAAGAGU GCGUAAUAGC UCACUGGUCG AGUGACUCUG CGCCGAAAAU GUACCGGGGC UAAACGUAUC ACCG AAGCU GCGGACUGUU CUUCGAACAG UGGUAGGAGA GCGUUCUAAG GGCUGUGAAG CCAGACCGGA AGGACUGGUG GAGCG CUUA GAAGUGAGAA UGCCGGUAUG AGUAGCGAAA GAGGGGUGAG AAUCCCCUCC ACCGAAUGCC UAAGGUUUCC UGAGGA AGG CUCGUCCGCU CAGGGUUAGU CGGGACCUAA GCCGAGGCCG AAAGGCGUAG GCGAUGGACA ACAGGUUGAU AUUCCUG UA CCACCUCCUC ACCAUUUGAG CAAUGGGGGG ACGCAGGAGG AUAGGGUAAG CGCGGUAUUG GAUAUCCGCG UCCAAGCA G UUAGGCUGGG AAAUAGGCAA AUCCGUUUCC CAUAAGGCUG AGCUGUGAUG GCGAGCGAAA UAUAGUAGCG AAGUUCCUG AUUCCACACU GCCAAGAAAA GCCUCUAGCG AGGUGAGAGG UGCCCGUACC GCAAACCGAC ACAGGUAGGC GAGGAGAGAA UCCUAAGGU GAUCGAGAGA ACUCUCGUUA AGGAACUCGG CAAAAUGACC CCGUAACUUC GGGAGAAGGG GUGCUCUGUU A GGGUGCAA GCCCGAGAGA GCCGCAGUGA AUAGGCCCAG GCGACUGUUU AGCAAAAACA CAGGUCUCUG CGAAGCCGUA AG GCGAAGU AUAGGGGCUG ACGCCUGCCC GGUGCUGGAA GGUUAAGAGG AGCGCUUAGC GUAAGCGAAG GUGCGAAUUG AAG CCCCAG UAAACGGCGG CCGUAACUAU AACGGUCCUA AGGUAGCGAA AUUCCUUGUC GGGUAAGUUC CGACCCGCAC GAAA GGCGC AACGAUCUGG GCACUGUCUC AACGAGAGAC UCGGUGAAAU UAUAGUACCU GUGAAGAUGC AGGUUACCCG CGACA GGAC GGAAAGACCC CGUGGAGCUU UACUGCAGCC UGAUAUUGAA UGUUGGUACA GCUUGUACAG GAUAGGUAGG AGCCUU GGA AACCGGAGCG CCAGCUUCGG UGGAGGCAUC GGUGGGAUAC UACCCUGGCU GUAUUGACCU UCUAACCCGC CGCCCUU AU CGGGCGGGGA GACAGUGUCA GGUGGGCAGU UUGACUGGGG CGGUCGCCUC CUAAAAGGUA ACGGAGGCGC CCAAAGGU U CCCUCAGAAU GGUUGGAAAU CAUUCGCAGA GUGUAAAGGC ACAAGGGAGC UUGACUGCGA GACCUACAAG UCGAGCAGG GACGAAAGUC GGGCUUAGUG AUCCGGUGGU UCCGCAUGGA AGGGCCAUCG CUCAACGGAU AAAAGCUACC CCGGGGAUAA CAGGCUUAU CUCCCCCAAG AGUCCACAUC GACGGGGAGG UUUGGCACCU CGAUGUCGGC UCAUCGCAUC CUGGGGCUGU A GUCGGUCC CAAGGGUUGG GCUGUUCGCC CAUUAAAGCG GUACGCGAGC UGGGUUCAGA ACGUCGUGAG ACAGUUCGGU CC CUAUCCG UCGCGGGCGC AGGAAAUUUG AGAGGAGCUG UCCUUAGUAC GAGAGGACCG GGAUGGACGC ACCGCUGGUG UAC CAGUUG UUCUGCCAAG GGCAUCGCUG GGUAGCUAUG UGCGGACGGG AUAAGUGCUG AAAGCAUCUA AGCAUGAAGC CCCC CUCAA GAUGAGAUUU CCCAUUCCGC AAGGAAGUAA GAUCCCUGAA AGAUGAUCAG GUUGAUAGGU CUGAGGUGGA AGUGU GGCG ACACAUGGAG CUGACAGAUA CUAAUCGAUC GAGGACUUAA CCAU

GENBANK: GENBANK: AP024621.1

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分子 #53: 16S rRNA (1533-MER)

分子名称: 16S rRNA (1533-MER) / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 496.854188 KDa
配列文字列: GGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA GCGGACAGAU GGGAGCUUGC UCCCUGAUG UUAGCGGCGG ACGGGUGAGU AACACGUGGG UAACCUGCCU GUAAGACUGG GAUAACUCCG GGAAACCGGG G CUAAUACC ...文字列:
GGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA GCGGACAGAU GGGAGCUUGC UCCCUGAUG UUAGCGGCGG ACGGGUGAGU AACACGUGGG UAACCUGCCU GUAAGACUGG GAUAACUCCG GGAAACCGGG G CUAAUACC GGAUGGUUGU UUGAACCGCA UGGUUCAAAC AUAAAAGGUG GCUUCGGCUA CCACUUACAG AUGGACCCGC GG CGCAUUA GCUAGUUGGU GAGGUAACGG CUCACCAAGG CGACGAUGCG UAGCCGACCU GAGAGGGUGA UCGGCCACAC UGG GACUGA GACACGGCCC AGACUCCUAC GGGAGGCAGC AGUAGGGAAU CUUCCGCAAU GGACGAAAGU CUGACGGAGC AACG CCGCG UGAGUGAUGA AGGUUUUCGG AUCGUAAAGC UCUGUUGUUA GGGAAGAACA AGUGCCGUUC GAAUAGGGCG GUACC UUGA CGGUACCUAA CCAGAAAGCC ACGGCUAACU ACGUGCCAGC AGCCGCGGUA AUACGUAGGU GGCAAGCGUU GUCCGG AAU UAUUGGGCGU AAAGGGCUCG CAGGCGGUUU CUUAAGUCUG AUGUGAAAGC CCCCGGCUCA ACCGGGGAGG GUCAUUG GA AACUGGGGAA CUUGAGUGCA GAAGAGGAGA GUGGAAUUCC ACGUGUAGCG GUGAAAUGCG UAGAGAUGUG GAGGAACA C CAGUGGCGAA GGCGACUCUC UGGUCUGUAA CUGACGCUGA GGAGCGAAAG CGUGGGGAGC GAACAGGAUU AGAUACCCU GGUAGUCCAC GCCGUAAACG AUGAGUGCUA AGUGUUAGGG GGUUUCCGCC CCUUAGUGCU GCAGCUAACG CAUUAAGCAC UCCGCCUGG GGAGUACGGU CGCAAGACUG AAACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGUGGA GCAUGUGGUU U AAUUCGAA GCAACGCGAA GAACCUUACC AGGUCUUGAC AUCCUCUGAC AAUCCUAGAG AUAGGACGUC CCCUUCGGGG GC AGAGUGA CAGGUGGUGC AUGGUUGUCG UCAGCUCGUG UCGUGAGAUG UUGGGUUAAG UCCCGCAACG AGCGCAACCC UUG AUCUUA GUUGCCAGCA UUCAGUUGGG CACUCUAAGG UGACUGCCGG UGACAAACCG GAGGAAGGUG GGGAUGACGU CAAA UCAUC AUGCCCCUUA UGACCUGGGC UACACACGUG CUACAAUGGA CAGAACAAAG GGCAGCGAAA CCGCGAGGUU AAGCC AAUC CCACAAAUCU GUUCUCAGUU CGGAUCGCAG UCUGCAACUC GACUGCGUGA AGCUGGAAUC GCUAGUAAUC GCGGAU CAG CAUGCCGCGG UGAAUACGUU CCCGGGCCUU GUACACACCG CCCGUCACAC CACGAGAGUU UGUAACACCC GAAGUCG GU GAGGUAACCU UUUAGGAGCC AGCCGCCGAA GGUGGGACAG AUGAUUGGGG UGAAGUCGUA ACAAGGUAGC CGUAUCGG A AGGUGCGGCU GG

GENBANK: GENBANK: CP058242.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 43.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11740
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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