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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1762 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the E. coli translating ribosome in complex with SRP and its receptor | |||||||||
マップデータ | E. coli translating ribosome in complex with SRP and its receptor | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome / Co-translational Targeting / Signal Recognition Particle / FtsY | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle binding / signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / ribonucleoprotein complex / GTPase activity ...endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle binding / signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Estrozi LF / Boehringer D / Shan S-O / Ban N / Schaffitzel C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011 タイトル: Cryo-EM structure of the E. coli translating ribosome in complex with SRP and its receptor. 著者: Leandro F Estrozi / Daniel Boehringer / Shu-Ou Shan / Nenad Ban / Christiane Schaffitzel / 要旨: We report the 'early' conformation of the Escherichia coli signal recognition particle (SRP) and its receptor FtsY bound to the translating ribosome, as determined by cryo-EM. FtsY binds to the ...We report the 'early' conformation of the Escherichia coli signal recognition particle (SRP) and its receptor FtsY bound to the translating ribosome, as determined by cryo-EM. FtsY binds to the tetraloop of the SRP RNA, whereas the NG domains of the SRP protein and FtsY interact weakly in this conformation. Our results suggest that optimal positioning of the SRP RNA tetraloop and the Ffh NG domain leads to FtsY recruitment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1762.map.gz | 2.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1762-v30.xml emd-1762.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1762.png | 185.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1762 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1762 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1762_validation.pdf.gz | 237.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1762_full_validation.pdf.gz | 236.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1762_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1762 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1762 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli translating ribosome in complex with SRP and its receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex
全体 | 名称: Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex
超分子 | 名称: Ribosome-nascent chain-SRP-FtsY complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One SRP-FtsY complex bound to 70S ribosome / Number unique components: 3 |
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分子量 | 理論値: 2.65 MDa |
-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-分子 #1: Signal Recognition Particle Protein
分子 | 名称: Signal Recognition Particle Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 145 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | UniProtKB: Signal recognition particle protein |
-分子 #2: Cell division protein FtsY
分子 | 名称: Cell division protein FtsY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 145 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | UniProtKB: Signal recognition particle receptor FtsY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.32 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Hepes-KOH, 100 mM KOAc, 8 mM Mg(OAc)2 |
グリッド | 詳細: Carbon-coated lacey formvar grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Plunger |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28822 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: CNS |
精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-2xkv: |