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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17254 | |||||||||
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タイトル | CRYO-EM CONSENSUS MAP OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 SKO | |||||||||
マップデータ | 80S_CONSENSUS_MAP | |||||||||
試料 |
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キーワード | CRYO-EM (低温電子顕微鏡法) / TRYPANOSOMA BRUCEI (ブルーストリパノソーマ) / RIBOSOME (リボソーム) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / 90S preribosome ...organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / 90S preribosome / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 転写後修飾 / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA / ribosome assembly / small-subunit processome / protein kinase C binding / regulation of cytokinesis / regulation of cell growth / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / リボソーム生合成 / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / regulation of cell population proliferation / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / apoptotic process / 核小体 / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | RAJAN KS / YONATH A | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: A single pseudouridine on rRNA regulates ribosome structure and function in the mammalian parasite Trypanosoma brucei. 著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz ...著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz / Andre Rivalta / Ella Zimmerman / Ron Unger / Toshiaki Isobe / Ada Yonath / Shulamit Michaeli / 要旨: Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification ...Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification on rRNA in the two life stages of the parasite using four different genome-wide approaches. CRISPR-Cas9 knock-outs of all four snoRNAs guiding Ψ on helix 69 (H69) of the large rRNA subunit were lethal. A single knock-out of a snoRNA guiding Ψ530 on H69 altered the composition of the 80S monosome. These changes specifically affected the translation of only a subset of proteins. This study correlates a single site Ψ modification with changes in ribosomal protein stoichiometry, supported by a high-resolution cryo-EM structure. We propose that alteration in rRNA modifications could generate ribosomes preferentially translating state-beneficial proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17254.map.gz | 334.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17254-v30.xml emd-17254.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17254.png | 68.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17254.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_17254_additional_1.map.gz emd_17254_half_map_1.map.gz emd_17254_half_map_2.map.gz | 334.7 MB 337.4 MB 337.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17254 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17254 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oveMC 8ovaC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 80S_CONSENSUS_MAP | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: INVERTED 80S CONSENSUS MAP
ファイル | emd_17254_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | INVERTED_80S_CONSENSUS_MAP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HALF MAP1 FOR 80S CONSENSUS MAP
ファイル | emd_17254_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | HALF_MAP1_FOR_80S_CONSENSUS_MAP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HALF MAP2 FOR 80S CONSENSUS MAP
ファイル | emd_17254_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | HALF_MAP2_FOR_80S_CONSENSUS_MAP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 SKO
全体 | 名称: TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 SKO |
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要素 |
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-超分子 #1: TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 SKO
超分子 | 名称: TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 SKO タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.16 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 552813 |