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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17112 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of apo form of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc | |||||||||||||||
マップデータ | Local resolution filtered masked map after pixel size calibration | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | intramembrane proteolysis / protease (プロテアーゼ) / di-aspartyl protease / Alzheimer's disease (アルツハイマー病) / complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / amyloid precursor protein biosynthetic process / positive regulation of coagulation / protein catabolic process at postsynapse / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process ...Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / amyloid precursor protein biosynthetic process / positive regulation of coagulation / protein catabolic process at postsynapse / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Noncanonical activation of NOTCH3 / positive regulation of endopeptidase activity / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing / choline transport / central nervous system myelination / synaptic vesicle targeting / membrane protein intracellular domain proteolysis / negative regulation of axonogenesis / regulation of resting membrane potential / T cell activation involved in immune response / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / skin morphogenesis / growth factor receptor binding / neural retina development / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of synaptic vesicle cycle / L-glutamate import across plasma membrane / myeloid dendritic cell differentiation / Regulated proteolysis of p75NTR / regulation of phosphorylation / brain morphogenesis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / locomotion / glutamate receptor signaling pathway / nuclear outer membrane / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / amyloid precursor protein metabolic process / astrocyte activation involved in immune response / aggresome / regulation of long-term synaptic potentiation / embryonic limb morphogenesis / skeletal system morphogenesis / cell fate specification / regulation of postsynapse organization / 繊毛 / myeloid cell homeostasis / azurophil granule membrane / regulation of neuron projection development / dopamine receptor signaling pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / Golgi cisterna membrane / adult behavior / positive regulation of amyloid fibril formation / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of dendritic spine development / mitochondrial transport / positive regulation of catalytic activity / blood vessel development / heart looping / protein glycosylation / amyloid precursor protein catabolic process / cerebral cortex cell migration / amyloid-beta formation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / autophagosome assembly / membrane protein ectodomain proteolysis / endopeptidase activator activity / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / 小胞体 / neuron development / hematopoietic progenitor cell differentiation / somitogenesis / T cell proliferation / 小胞体 / Nuclear signaling by ERBB4 / 小胞 / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / Notchシグナリング / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to calcium ion / neuron projection maintenance / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Degradation of the extracellular matrix / NRIF signals cell death from the nucleus / positive regulation of glycolytic process / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / cerebellum development / post-embryonic development / thymus development / dendritic shaft / negative regulation of protein phosphorylation / epithelial cell proliferation / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / PDZ domain binding / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / synapse organization / neuron migration 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Odorcic I / Chavez Gutierrez L / Efremov RG | |||||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Complex of human APH-1B isoform of gamma-secretase with Amyloid-beta in lipid environment suggests substrate shifting as the mechanism of sequential cleavage 著者: Odorcic I | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17112.map.gz | 80.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17112-v30.xml emd-17112.xml | 26.2 KB 26.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17112_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17112.png | 88.1 KB | ||
マスクデータ | emd_17112_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17112.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_17112_additional_1.map.gz emd_17112_half_map_1.map.gz emd_17112_half_map_2.map.gz | 116.7 MB 98.3 MB 98.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17112 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oqyMC 8oqzC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered masked map after pixel size calibration | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.776 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17112_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map after pixel size calibration
ファイル | emd_17112_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map after pixel size calibration | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map (2)
ファイル | emd_17112_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map (2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map (1)
ファイル | emd_17112_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map (1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Gamma secretase
全体 | 名称: Gamma secretaseΓ-セクレターゼ |
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要素 |
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-超分子 #1: Gamma secretase
超分子 | 名称: Gamma secretase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 172 KDa |
-分子 #1: Nicastrin
分子 | 名称: Nicastrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 79.371586 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MATAGGGSGA DPGSRGLLRL LSFCVLLAGL CRGNSVERKI YIPLNKTAPC VRLLNATHQI GCQSSISGDT GVIHVVEKEE DLQWVLTDG PNPPYMVLLE SKHFTRDLME KLKGRTSRIA GLAVSLTKPS PASGFSPSVQ CPNDGFGVYS NSYGPEFAHC R EIQWNSLG ...文字列: MATAGGGSGA DPGSRGLLRL LSFCVLLAGL CRGNSVERKI YIPLNKTAPC VRLLNATHQI GCQSSISGDT GVIHVVEKEE DLQWVLTDG PNPPYMVLLE SKHFTRDLME KLKGRTSRIA GLAVSLTKPS PASGFSPSVQ CPNDGFGVYS NSYGPEFAHC R EIQWNSLG NGLAYEDFSF PIFLLEDENE TKVIKQCYQD HNLSQNGSAP TFPLCAMQLF SHMHAVISTA TCMRRSSIQS TF SINPEIV CDPLSDYNVW SMLKPINTTG TLKPDDRVVV AATRLDSRSF FWNVAPGAES AVASFVTQLA AAEALQKAPD VTT LPRNVM FVFFQGETFD YIGSSRMVYD MEKGKFPVQL ENVDSFVELG QVALRTSLEL WMHTDPVSQK NESVRNQVED LLAT LEKSG AGVPAVILRR PNQSQPLPPS SLQRFLRARN ISGVVLADHS GAFHNKYYQS IYDTAENINV SYPEWLSPEE DLNFV TDTA KALADVATVL GRALYELAGG TNFSDTVQAD PQTVTRLLYG FLIKANNSWF QSILRQDLRS YLGDGPLQHY IAVSSP TNT TYVVQYALAN LTGTVVNLTR EQCQDPSKVP SENKDLYEYS WVQGPLHSNE TDRLPRCVRS TARLARALSP AFELSQW SS TEYSTWTESR WKDIRARIFL IASKELELIT LTVGFGILIF SLIVTYCINA KADVLFIAPR EPGAVSYGTL EVLFQ UniProtKB: Nicastrin |
-分子 #2: Presenilin-1 CTF12
分子 | 名称: Presenilin-1 CTF12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 52.713535 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MTELPAPLSY FQNAQMSEDN HLSNTVRSQN DNRERQEHND RRSLGHPEPL SNGRPQGNSR QVVEQDEEED EELTLKYGAK HVIMLFVPV TLCMVVVVAT IKSVSFYTRK DGQLIYTPFT EDTETVGQRA LHSILNAAIM ISVIVVMTIL LVVLYKYRCY K VIHAWLII ...文字列: MTELPAPLSY FQNAQMSEDN HLSNTVRSQN DNRERQEHND RRSLGHPEPL SNGRPQGNSR QVVEQDEEED EELTLKYGAK HVIMLFVPV TLCMVVVVAT IKSVSFYTRK DGQLIYTPFT EDTETVGQRA LHSILNAAIM ISVIVVMTIL LVVLYKYRCY K VIHAWLII SSLLLLFFFS FIYLGEVFKT YNVAVDYITV ALLIWNFGVV GMISIHWKGP LRLQQAYLIM ISALMALVFI KY LPEWTAW LILAVISVYD LVAVLCPKGP LRMLVETAQE RNETLFPALI YSSTMVWLVN MAEGDPEAQR RVSKNSKYNA EST ERESQD TVAENDDGGF SEEWEAQRDS HLGPHRSTPE SRAAVQELSS SILAGEDPEE RGVKLGLGDF IFYSVLVGKA SATA SGDWN TTIACFVAIL IGLCLTLLLL AIFKKALPAL PISITFGLVF YFATDYLVQP FMDQLAFHQF YI UniProtKB: プレセニリン1 |
-分子 #3: Gamma-secretase subunit APH-1B
分子 | 名称: Gamma-secretase subunit APH-1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.480844 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MTAAVFFGCA FIAFGPALAL YVFTIATEPL RIIFLIAGAF FWLVSLLISS LVWFMARVII DNKDGPTQKY LLIFGAFVSV YIQEMFRFA YYKLLKKASE GLKSINPGET APSMRLLAYV SGLGFGIMSG VFSFVNTLSD SLGPGTVGIH GDSPQFFLYS A FMTLVIIL ...文字列: MTAAVFFGCA FIAFGPALAL YVFTIATEPL RIIFLIAGAF FWLVSLLISS LVWFMARVII DNKDGPTQKY LLIFGAFVSV YIQEMFRFA YYKLLKKASE GLKSINPGET APSMRLLAYV SGLGFGIMSG VFSFVNTLSD SLGPGTVGIH GDSPQFFLYS A FMTLVIIL LHVFWGIVFF DGCEKKKWGI LLIVLLTHLL VSAQTFISSY YGINLASAFI ILVLMGTWAF LAAGGSCRSL KL CLLCQDK NFLLYNQRSR UniProtKB: Gamma-secretase subunit APH-1B |
-分子 #4: Gamma-secretase subunit PEN-2
分子 | 名称: Gamma-secretase subunit PEN-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.038029 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MNLERVSNEE KLNLCRKYYL GGFAFLPFLW LVNIFWFFRE AFLVPAYTEQ SQIKGYVWRS AVGFLFWVIV LTSWITIFQI YRPRWGALG DYLSFTIPLG TP UniProtKB: Gamma-secretase subunit PEN-2 |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #8: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: PC1 |
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分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.04 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.55 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 60000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10733 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |