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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human tRNA guanine transglycosylase (TGT) bound to tRNAAsp | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sievers K / Neumann P / Susac L / Trowitzsch S / Tampe R / Ficner R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional insights into tRNA recognition by human tRNA guanine transglycosylase. 著者: Katharina Sievers / Piotr Neumann / Lukas Sušac / Stefano Da Vela / Melissa Graewert / Simon Trowitzsch / Dmitri Svergun / Robert Tampé / Ralf Ficner / ![]() 要旨: Eukaryotic tRNA guanine transglycosylase (TGT) is an RNA-modifying enzyme which catalyzes the base exchange of the genetically encoded guanine 34 of tRNAs for queuine, a hypermodified 7-deazaguanine ...Eukaryotic tRNA guanine transglycosylase (TGT) is an RNA-modifying enzyme which catalyzes the base exchange of the genetically encoded guanine 34 of tRNAs for queuine, a hypermodified 7-deazaguanine derivative. Eukaryotic TGT is a heterodimer comprised of a catalytic and a non-catalytic subunit. While binding of the tRNA anticodon loop to the active site is structurally well understood, the contribution of the non-catalytic subunit to tRNA binding remained enigmatic, as no complex structure with a complete tRNA was available. Here, we report a cryo-EM structure of eukaryotic TGT in complex with a complete tRNA, revealing the crucial role of the non-catalytic subunit in tRNA binding. We decipher the functional significance of these additional tRNA-binding sites, analyze solution state conformation, flexibility, and disorder of apo TGT, and examine conformational transitions upon tRNA binding. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 35.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 100.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 71.8 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 66.8 MB 66.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8omrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.78 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16976_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16976_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp
全体 | 名称: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp
超分子 | 名称: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
分子 | 名称: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Zn ion and 9DG are ligands / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 44.25177 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPMAGAATQA SLESAPRIMR LVAECSRSRA RAGELWLPHG TVATPVFMPV GTQATMKGIT TEQLDALGCR ICLGNTYHLG LRPGPELIQ KANGLHGFMN WPHNLLTDSG GFQMVSLVSL SEVTEEGVRF RSPYDGNETL LSPEKSVQIQ NALGSDIIMQ L DDVVSSTV ...文字列: GPMAGAATQA SLESAPRIMR LVAECSRSRA RAGELWLPHG TVATPVFMPV GTQATMKGIT TEQLDALGCR ICLGNTYHLG LRPGPELIQ KANGLHGFMN WPHNLLTDSG GFQMVSLVSL SEVTEEGVRF RSPYDGNETL LSPEKSVQIQ NALGSDIIMQ L DDVVSSTV TGPRVEEAMY RSIRWLDRCI AAHQRPDKQN LFAIIQGGLD ADLRATCLEE MTKRDVPGFA IGGLSGGESK SQ FWRMVAL STSRLPKDKP RYLMGVGYAT DLVVCVALGC DMFDCVFPTR TARFGSALVP TGNLQLRKKV FEKDFGPIDP ECT CPTCQK HSRAFLHALL HSDNTAALHH LTVHNIAYQL QLMSAVRTSI VEKRFPDFVR DFMGAMYGDP TLCPTWATDA LASV GITLG UniProtKB: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 |
-分子 #2: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
分子 | 名称: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Zn is an ion / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.77568 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKLSLTKVVN GCRLGKIKNL GKTGDHTMDI PGCLLYTKTG SAPHLTHHTL HNIHGVPAMA QLTLSSLAEH HEVLTEYKEG VGKFIGMPE SLLYCSLHDP VSPCPAGYVT NKSVSVWSVA GRVEMTVSKF MAIQKALQPD WFQCLSDGEV SCKEATSIKR V RKSVDRSL ...文字列: MKLSLTKVVN GCRLGKIKNL GKTGDHTMDI PGCLLYTKTG SAPHLTHHTL HNIHGVPAMA QLTLSSLAEH HEVLTEYKEG VGKFIGMPE SLLYCSLHDP VSPCPAGYVT NKSVSVWSVA GRVEMTVSKF MAIQKALQPD WFQCLSDGEV SCKEATSIKR V RKSVDRSL LFLDNCLRLQ EESEVLQKSV IIGVIEGGDV MEERLRSARE TAKRPVGGFL LDGFQGNPTT LEARLRLLSS VT AELPEDK PRLISGVSRP DEVLECIERG VDLFESFFPY QVTERGCALT FSFDYQPNPE ETLLQQNGTQ EEIKCMDQIK KIE TTGCNQ EITSFEINLK EKKYQEDFNP LVRGCSCYCC KNHTRAYIHH LLVTNELLAG VLLMMHNFEH YFGFFHYIRE ALKS DKLAQ LKELIHRQAS UniProtKB: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 |
-分子 #3: tRNAAsp
分子 | 名称: tRNAAsp / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.148312 KDa |
配列 | 文字列: AGGUCGUUAG UAUAGUGGUG AGUAUCCCCG CCUGUCACGC GGGAGACCGG GGUUCGAUUC CCCGACGGCC UGCCA |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: 9-DEAZAGUANINE
分子 | 名称: 9-DEAZAGUANINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 9DG |
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分子量 | 理論値: 150.138 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-9DG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 44.46 sec. / 平均電子線量: 62.1 e/Å2 |