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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cytochrome c maturation complex CcmABCD, E154Q, ATP-bound | |||||||||||||||
![]() | sharpened map | |||||||||||||||
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![]() | Cytochrome c maturation / ![]() | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome c biosynthetic process / heme import across plasma membrane / ABC-type heme transporter / ABC-type heme transporter activity / heme transmembrane transporter activity / cytochrome complex assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Ilcu L / Zhang L / Einsle O | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the Heme-translocating CcmABCD/E complex required for Cytochrome c maturation. 著者: Lorena Ilcu / Lukas Denkhaus / Anton Brausemann / Lin Zhang / Oliver Einsle / ![]() 要旨: Mono- and multiheme cytochromes c are post-translationally matured by the covalent attachment of heme. For this, Escherichia coli employs the most complex type of maturation machineries, the Ccm- ...Mono- and multiheme cytochromes c are post-translationally matured by the covalent attachment of heme. For this, Escherichia coli employs the most complex type of maturation machineries, the Ccm-system (for cytochrome c maturation). It consists of two membrane protein complexes, one of which shuttles heme across the membrane to a mobile chaperone that then delivers the cofactor to the second complex, an apoprotein:heme lyase, for covalent attachment. Here we report cryo-electron microscopic structures of the heme translocation complex CcmABCD from E. coli, alone and bound to the heme chaperone CcmE. CcmABCD forms a heterooctameric complex centered around the ABC transporter CcmAB that does not by itself transport heme. Our data suggest that the complex flops a heme group from the inner to the outer leaflet at its CcmBC interfaces, driven by ATP hydrolysis at CcmA. A conserved heme-handling motif (WxWD) at the periplasmic side of CcmC rotates the heme by 90° for covalent attachment to the heme chaperone CcmE that we find interacting exclusively with the CcmB subunit. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 48.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 124.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 47.1 MB 48.8 MB 48.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.878 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_16599_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_16599_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_16599_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of cytochrome c maturation sysmtem I, Ccm(AB)2CD
全体 | 名称: Complex of cytochrome c maturation sysmtem I, Ccm(AB)2CD |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of cytochrome c maturation sysmtem I, Ccm(AB)2CD
超分子 | 名称: Complex of cytochrome c maturation sysmtem I, Ccm(AB)2CD タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA
分子 | 名称: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type heme transporter |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.410729 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASWSHPQFE KMGMLEAREL LCERDERTLF SGLSFTLNAG EWVQITGSNG AGKTTLLRLL TGLSRPDAGE VLWQGQPLHQ VRDSYHQNL LWIGHQPGIK TRLTALENLH FYHRDGDTAQ CLEALAQAGL AGFEDIPVNQ LSAGQQRRVA LARLWLTRAT L WILDQPFT ...文字列: MASWSHPQFE KMGMLEAREL LCERDERTLF SGLSFTLNAG EWVQITGSNG AGKTTLLRLL TGLSRPDAGE VLWQGQPLHQ VRDSYHQNL LWIGHQPGIK TRLTALENLH FYHRDGDTAQ CLEALAQAGL AGFEDIPVNQ LSAGQQRRVA LARLWLTRAT L WILDQPFT AIDVNGVDRL TQRMAQHTEQ GGIVILTTHQ PLNVAESKIR RISLTQTRAA UniProtKB: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA |
-分子 #2: Heme exporter protein B
分子 | 名称: Heme exporter protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.632676 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MMFWRIFRLE LRVAFRHSAE IANPLWFFLI VITLFPLSIG PEPQLLARIA PGIIWVAALL SSLLALERLF RDDLQDGSLE QLMLLPLPL PAVVLAKVMA HWMVTGLPLL ILSPLVAMLL GMDVYGWQVM ALTLLLGTPT LGFLGAPGVA LTVGLKRGGV L LSILVLPL ...文字列: MMFWRIFRLE LRVAFRHSAE IANPLWFFLI VITLFPLSIG PEPQLLARIA PGIIWVAALL SSLLALERLF RDDLQDGSLE QLMLLPLPL PAVVLAKVMA HWMVTGLPLL ILSPLVAMLL GMDVYGWQVM ALTLLLGTPT LGFLGAPGVA LTVGLKRGGV L LSILVLPL TIPLLIFATA AMDAASMHLP VDGYLAILGA LLAGTATLSP FATAAALRIS IQ UniProtKB: Heme exporter protein B |
-分子 #3: Heme exporter protein C
分子 | 名称: Heme exporter protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.911264 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MWKTLHQLAI PPRLYQICGW FIPWLAIASV VVLTVGWIWG FGFAPADYQQ GNSYRIIYLH VPAAIWSMGI YASMAVAAFI GLVWQMKMA NLAVAAMAPI GAVFTFIALV TGSAWGKPMW GTWWVWDARL TSELVLLFLY VGVIALWHAF DDRRLAGRAA G ILVLIGVV ...文字列: MWKTLHQLAI PPRLYQICGW FIPWLAIASV VVLTVGWIWG FGFAPADYQQ GNSYRIIYLH VPAAIWSMGI YASMAVAAFI GLVWQMKMA NLAVAAMAPI GAVFTFIALV TGSAWGKPMW GTWWVWDARL TSELVLLFLY VGVIALWHAF DDRRLAGRAA G ILVLIGVV NLPIIHYSVE WWNTLHQGST RMQQSIDPAM RSPLRWSIFG FLLLSATLTL MRMRNLILLM EKRRPWVSEL IL KRGRK UniProtKB: Heme exporter protein C |
-分子 #4: Heme exporter protein D
分子 | 名称: Heme exporter protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.753103 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTPAFASWNE FFAMGGYAFF VWLAVVMTVI PLVVLVVHSV MQHRAILRGV AQQRAREARL RAAQQQEAA UniProtKB: Heme exporter protein D |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 355914 |