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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1654 | |||||||||
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タイトル | Rubisco RbcL8-RbcX2-8 complex | |||||||||
マップデータ | This is a negative stain 3D reconstruction of a Rubisco assembly intermediate comprising eight copies of the large subunit RbcL and eight copies of the assembly chaperone RbcX2. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Photosynthesis / protein folding / Rubisco / Rubisco assembly / chaperones | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / photosynthesis / protein folding chaperone / monooxygenase activity ...ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / photosynthesis / protein folding chaperone / monooxygenase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechococcus elongatus (バクテリア) / Anabaena sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu C / Young AL / Starling-Windhof A / Bracher A / Saschenbrecker S / Rao BV / Berninghausen O / Mielke T / Hartl FU / Beckmann R / Hayer-Hartl M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2010 タイトル: Coupled chaperone action in folding and assembly of hexadecameric Rubisco. 著者: Cuimin Liu / Anna L Young / Amanda Starling-Windhof / Andreas Bracher / Sandra Saschenbrecker / Bharathi Vasudeva Rao / Karnam Vasudeva Rao / Otto Berninghausen / Thorsten Mielke / F Ulrich ...著者: Cuimin Liu / Anna L Young / Amanda Starling-Windhof / Andreas Bracher / Sandra Saschenbrecker / Bharathi Vasudeva Rao / Karnam Vasudeva Rao / Otto Berninghausen / Thorsten Mielke / F Ulrich Hartl / Roland Beckmann / Manajit Hayer-Hartl / 要旨: Form I Rubisco (ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase), a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, catalyses the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis. The ...Form I Rubisco (ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase), a complex of eight large (RbcL) and eight small (RbcS) subunits, catalyses the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis. The limited catalytic efficiency of Rubisco has sparked extensive efforts to re-engineer the enzyme with the goal of enhancing agricultural productivity. To facilitate such efforts we analysed the formation of cyanobacterial form I Rubisco by in vitro reconstitution and cryo-electron microscopy. We show that RbcL subunit folding by the GroEL/GroES chaperonin is tightly coupled with assembly mediated by the chaperone RbcX(2). RbcL monomers remain partially unstable and retain high affinity for GroEL until captured by RbcX(2). As revealed by the structure of a RbcL(8)-(RbcX(2))(8) assembly intermediate, RbcX(2) acts as a molecular staple in stabilizing the RbcL subunits as dimers and facilitates RbcL(8) core assembly. Finally, addition of RbcS results in RbcX(2) release and holoenzyme formation. Specific assembly chaperones may be required more generally in the formation of complex oligomeric structures when folding is closely coupled to assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1654.map.gz | 995.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1654-v30.xml emd-1654.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1654.gif emd_1654.jpg | 75.1 KB 64 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1654 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1654 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1654_validation.pdf.gz | 216.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1654_full_validation.pdf.gz | 215.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1654_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1654 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1654 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1654.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a negative stain 3D reconstruction of a Rubisco assembly intermediate comprising eight copies of the large subunit RbcL and eight copies of the assembly chaperone RbcX2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.308 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RbcL8-X8 Rubisco assembly intermediate containing 8 copies of the...
全体 | 名称: RbcL8-X8 Rubisco assembly intermediate containing 8 copies of the large Rubisco subunit RbcL and eight copies of the dimeric assembly chaperone RbcX2. |
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要素 |
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-超分子 #1000: RbcL8-X8 Rubisco assembly intermediate containing 8 copies of the...
超分子 | 名称: RbcL8-X8 Rubisco assembly intermediate containing 8 copies of the large Rubisco subunit RbcL and eight copies of the dimeric assembly chaperone RbcX2. タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one RbcL-octamer binds to on RbcX2 octamer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 660 KDa |
-分子 #1: RbcL
分子 | 名称: RbcL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Rubisco large subunit / コピー数: 8 / 集合状態: Octamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア) / 株: PCC 6301 |
分子量 | 理論値: 52.5 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pet11a |
-分子 #2: RbcX
分子 | 名称: RbcX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: RbcX / コピー数: 16 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Anabaena sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 30.4 KDa |
組換発現 | 生物種: Eschericia coli BL21(DE3) / 組換プラスミド: pet28b |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.7 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.7 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Uranyl acetate |
グリッド | 詳細: Quantifoil grids (3/3) with 2 nm carbon on top |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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温度 | 平均: 293 K |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.308 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 90000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 90000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Single tilt tomography holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1 / 使用した粒子像数: 2809 |
最終 角度割当 | 詳細: EMAN1 |