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- EMDB-16476: Cryo EM structure of the vaccinia complete RNA polymerase complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16476
タイトルCryo EM structure of the vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme
マップデータCryo EM map of the complete vaccinia RNA polymerase lacking the capping enzyme
試料
  • 複合体: Vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードRNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / RNAP (RNAポリメラーゼ) / DNA-dependent RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / ATP-dependent chromatin remodeler activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / virion component / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...DNA-templated viral transcription / ATP-dependent chromatin remodeler activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / virion component / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Virion core protein, vaccinia E11L type / Chordopoxvirus E11 protein / Poxvirus early transcription factor, large subunit / Nucleoside triphosphatase I, C-terminal / Poxvirus early transcription factor (VETF), large subunit / Nucleoside triphosphatase I C-terminal / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral ...Virion core protein, vaccinia E11L type / Chordopoxvirus E11 protein / Poxvirus early transcription factor, large subunit / Nucleoside triphosphatase I, C-terminal / Poxvirus early transcription factor (VETF), large subunit / Nucleoside triphosphatase I C-terminal / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 18 kD subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 35 kD subunit / Poxvirus RNA polymerase 22 kDa subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Chordopoxvirus DNA-directed RNA polymerase 7 kDa polypeptide (RPO7) / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase 30kDa subunit / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / Nucleoside triphosphatase I / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / Early transcription factor 82 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / Core protein OPG073 / DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit ...DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / Nucleoside triphosphatase I / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / Early transcription factor 82 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / Core protein OPG073 / DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Grimm G / Bartuli J / Fischer U
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Fi573/23-1 ドイツ
Volkswagen Foundation9B813 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Vaccinia RNA Polymerase Complexes.
著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning ...著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning Urlaub / Bettina Böttcher / Aladar A Szalay / Patrick Cramer / Utz Fischer /
要旨: Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes ...Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes from Vaccinia virus at 2.8 Å resolution. The vRNAP core enzyme resembles eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) but also reveals many virus-specific features, including the transcription factor Rap94. The complete enzyme additionally contains the transcription factor VETF, the mRNA processing factors VTF/CE and NPH-I, the viral core protein E11, and host tRNA. This complex can carry out the entire early transcription cycle. The structures show that Rap94 partially resembles the Pol II initiation factor TFIIB, that the vRNAP subunit Rpo30 resembles the Pol II elongation factor TFIIS, and that NPH-I resembles chromatin remodeling enzymes. Together with the accompanying paper (Hillen et al., 2019), these results provide the basis for unraveling the mechanisms of poxvirus transcription and RNA processing.
履歴
登録2023年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16476.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo EM map of the complete vaccinia RNA polymerase lacking the capping enzyme
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.8152751 - 2.3454652
平均 (標準偏差)0.007679062 (±0.0606546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 382.86002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo EM map of the complete vaccinia RNA...

ファイルemd_16476_half_map_1.map
注釈Cryo EM map of the complete vaccinia RNA polymerase lacking the capping enzyme - half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo EM map of the complete vaccinia RNA...

ファイルemd_16476_half_map_2.map
注釈Cryo EM map of the complete vaccinia RNA polymerase lacking the capping enzyme - half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme

全体名称: Vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme
要素
  • 複合体: Vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Core protein E11
    • タンパク質・ペプチド: Early transcription factor 82 kDa subunit
    • RNA: chr17.trna16-GlnTTG
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoside triphosphatase I
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme

超分子名称: Vaccinia complete RNA polymerase complex lacking the capping enzyme
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 700 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 133.526859 KDa
配列文字列: MKKNTNSEMD QRLGYKFLVP DPKAGVFYRP LHFQYVSYSN FILHRLHEIL TVKRPLLSFK NNTERIMIEI SNVKVTPPDY SPIIASIKG KSYDALATFT VNIFKEVMTK EGISITKISS YEGKDSHLIK IPLLIGYGNK NPLDTAKYLV PNVIGGVFIN K QSVEKVGI ...文字列:
MKKNTNSEMD QRLGYKFLVP DPKAGVFYRP LHFQYVSYSN FILHRLHEIL TVKRPLLSFK NNTERIMIEI SNVKVTPPDY SPIIASIKG KSYDALATFT VNIFKEVMTK EGISITKISS YEGKDSHLIK IPLLIGYGNK NPLDTAKYLV PNVIGGVFIN K QSVEKVGI NLVEKITTWP KFRVVKPNSF TFSFSSVSPP NVLPTRYRHY KISLDISQLE ALNISSTKTF ITVNIVLLSQ YL SRVSLEF IRRSLSYDMP PEVVYLVNAI IDSAKRITES ITDFNIDTYI NDLVEAEHIK QKSQLTINEF KYEMLHNFLP HMN YTPDQL KGFYMISLLR KFLYCIFHTS RYPDRDSMVC HRILTYGKYF ETLAHDELEN YIGNIRNDIM NNHKNRGTYA VNIH VLTTP GLNHAFSSLL SGKFKKSDGS YRTHPHYSWM QNISIPRSVG FYPDQVKISK MFSVRKYHPS QYLYFCSSDV PERGP QVGL VSQLSVLSSI TNILTSEYLD LEKKICEYIR SYYKDDISYF ETGFPITIEN ALVASLNPNM ICDFVTDFRR RKRMGF FGN LEVGITLVRD HMNEIRINIG AGRLVRPFLV VDNGELMMDV CPELESRLDD MTFSDIQKEF PHVIEMVDIE QFTFSNV CE SVQKFRMMSK DERKQYDLCD FPAEFRDGYV ASSLVGINHN SGPRAILGCA QAKQAISCLS SDIRNKIDNG IHLMYPER P IVISKALETS KIAANCFGQH VTIALMSYKG INQEDGIIIK KQFIQRGGLD IVTAKKHQVE IPLENFNNKE RDRSNAYSK LESNGLVRLN AFLESGDAMA RNISSRTLED DFARDNQISF DVSEKYTDMY KSRVERVQVE LTDKVKVRVL TMKERRPILG DKFTTRTSQ KGTVAYVADE TELPYDENGI TPDVIINSTS IFSRKTISML IEVILTAAYS AKPYNNKGEN RPVCFPSSNE T SIDTYMQF AKQCYEHSNP KLSDEELSDK IFCEKILYDP ETDKPYASKV FFGPIYYLRL RHLTQDKATV RCRGKKTKLI RQ ANEGRKR GGGIKFGEME RDCLIAHGAA NTITEVLKDS EEDYQDVYVC ENCGDIAAQI KGINTCLRCS KLNLSPLLTK IDT THVSKV FLTQMNARGV KVKLDFERRP PSFYKPLDKV DLKPSFLV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase 133 kDa polypeptide

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 21.36574 KDa
配列文字列:
MNQYNVKYLA KILCLKTEIA RDPYAVINRN VLLRYTTDIE YNDLVTLITV RHKIDSMKTV FQVFNESSIN YTPVDDDYGE PIIITSYLQ KGHNKFPVNF LYIDVVISDL FPSFVRLDTT ETNIVNSVLQ TGDGKKTLRL PKMLETEIVV KILYRPNIPL K IVRFFRNN MVTGVEIADR SVISVAD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase 22 kDa subunit

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 19.020088 KDa
配列文字列:
MADTDDIIDY ESDDLTEYED DEEEEEDGES LETSDIDPKS SYKIVESAST HIEDAHSNLK HIGNHISALK RRYTRRISLF EIAGIIAES YNLLQRGRLP LVSEFSDETM KQNMLHVIIQ EIEEGSCPIV IEKNGELLSV NDFDKDGLKF HLDYIIKIWK L QKRY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 17.917195 KDa
配列文字列:
MSSFVTNGYL SVTLEPHELT LDIKTNIRNA VYKTYLHREI SGKMAKKIEI REDVELPLGE IVNNSVVINV PCVITYAYYH VGDIVRGTL NIEDESNVTI QCGDLICKLS RDSGTVSFSD SKYCFFRNGN AYDNGSEVTA VLMEAQQGIE SSFVFLANIV D S

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit

+
分子 #5: RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94

分子名称: RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 93.667633 KDa
配列文字列: MDSKETILIE IIPKIKAYLL DANISPKSYD DFISRNKNIF VINLYNVSTI TEEDIRLLYT TIEQNIDADD QTLVAIFSYI GYKFEQAVK EEISTSLSFN DKNTTDEMTY NLYDLFFNTL DMYLRQKKIS ILVNDDVRGD VIVSYKNSDL VSSFNAELEP E IKKIPFNM ...文字列:
MDSKETILIE IIPKIKAYLL DANISPKSYD DFISRNKNIF VINLYNVSTI TEEDIRLLYT TIEQNIDADD QTLVAIFSYI GYKFEQAVK EEISTSLSFN DKNTTDEMTY NLYDLFFNTL DMYLRQKKIS ILVNDDVRGD VIVSYKNSDL VSSFNAELEP E IKKIPFNM KNLLPYLEKN LDQLRFSKKY LDFAYLCRHI GIPISKKKYN VRYVFLYKID GLSIPIIIKD FLDVKYVYLE NT GKIYKNS FSEDHNNSLS DWGKVIIPLL KDRHLYSYIF LSSYHLHSYY TDLIARDEPV FVKRKKLDII EIDEPEAWKR DVR VEFAPC EHQIRLKEAM KVDANYFTKI NNFANEFIYY EDGVAYCRVC GINIPIFNLD AADVIKNTVI VSTFNKTIFL SEPY SYFVH SQRFIFNIIM SFDNIMKSQT WVMKYNINRL ILNFLIDINS RRQEYEKKFS SEIKRGLFFL RLSANLFESQ VSSTE LFYV SKMLNLNYIV ALVIILNSSA DFIVSYMTSK NKTVEESTLK YAISVVIYDF LVKTRICEKG SLDTIVLFTD VYTSIM PEE LDLHFQRITL ELRKLVSIQR SALEPNYDVE SRGEELPLSA LKFFDTSTII VKTMAPVHTC VEQKIVAPTP SVEPTDA SL KNFKELTCDE DIKILIRVHD TNATKLVIFP SHLKIEIERK KLIIPLKSLY ITNTLKYYYS NSYLYVFRFG DPMPFEEE L IDHEHVQYKI NCYNILRYHL LPDSDVFVYF SNSLNREALE YAFYIFLSKY VNVKQWIDEN ITRIKELYMI NFNN

UniProtKB: RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 7.299715 KDa
配列文字列:
MVFQLVCSTC GKDISHERYK LIIRKKSLKD VLVSVKNECC RLKLSTQIEP QRNLTVQPLL DIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit

+
分子 #7: Core protein E11

分子名称: Core protein E11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 14.91409 KDa
配列文字列:
MELVNIFLET DAGRVKFAIK NTDDVCASEL INKFVELLSE YIHIDQSEFY LVVKDKDIFY FKCDRGSISI VNNEFYVFDE PLLFVKDFT NVTGVEFIVT ETMPCRIIPK NNHAVISVVT NHKFYNGLSL

UniProtKB: Core protein OPG073

+
分子 #8: Early transcription factor 82 kDa subunit

分子名称: Early transcription factor 82 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 82.398906 KDa
配列文字列: MRYIVSPQLV LQVGKGQEVE RALYLTPYDY IDEKSPIYYF LRSHLNIQQP EIVKRHILLT LRMTQLKGYL GNLLDIKDDI IIYSHKNNL EYSYVDNTIF NPFVYTQKKT LLKNDSFLYN VYPGACDFLV IWVARACDTS IPEFGSYEDV DNNIIKFETM L MEVFPQLD ...文字列:
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UniProtKB: Early transcription factor 82 kDa subunit

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 146.995703 KDa
配列文字列: MAVISKVTYS LYDQKEINAT DIIISHVKND DDIGTVKDGR LGAMDGALCK TCGKTELECF GHWGKVSIYK THIVKPEFIS EIIRLLNHI CIHCGLLRSR EPYSDDINLK ELSGHALRRL KDKILSKKKS CWNSECMQPY QKITFSKKKV CFVNKLDDIN V PNSLIYQK ...文字列:
MAVISKVTYS LYDQKEINAT DIIISHVKND DDIGTVKDGR LGAMDGALCK TCGKTELECF GHWGKVSIYK THIVKPEFIS EIIRLLNHI CIHCGLLRSR EPYSDDINLK ELSGHALRRL KDKILSKKKS CWNSECMQPY QKITFSKKKV CFVNKLDDIN V PNSLIYQK LISIHEKFWP LLEIHQYPAN LFYTDYFPIP PLIIRPAISF WIDSIPKETN ELTYLLGMIV KNCNLNADEQ VI QKAVIEY DDIKIISNNT TSINLSYITS GKNNMIRSYI VARRKDQTAR SVIGPSTSIT VNEVGMPAYI RNTLTEKIFV NAF TVDKVK QLLASNQVKF YFNKRLNQLT RIRQGKFIKN KIHLLPGDWV EVAVQEYTSI IFGRQPSLHR YNVIASSIRA TEGD TIKIS PGIANSQNAD FDGDEEWMIL EQNPKAVIEQ SILMYPTTLL KHDIHGAPVY GSIQDEIVAA YSLFRIQDLC LDEVL NILG KYGREFDPKG KCKFSGKDIY TYLIGEKINY PGLLKDGEII ANDVDSNFVV AMRHLSLAGL LSDHKSNVEG INFIIK SSY VFKRYLSIYG FGVTFKDLRP NSTFTNKLEA INVEKIELIK EAYAKYLNDV RDGKIVPLSK ALEADYVESM LSNLTNL NI REIEEHMRQT LIDDPDNNLL KMAKAGYKVN PTELMYILGT YGQQRIDGEP AETRVLGRVL PYYLPDSKDP EGRGYILN S LTKGLTGSQY YFSMLVARSQ STDIVCETSR TGTLARKIIK KMEDMVVDGY GQVVIGNTLI KYAANYTKIL GSVCKPVDL IYPDESMTWY LEISALWNKI KQGFVYSQKQ KLAKKTLAPF NFLVFVKPTT EDNAIKVKDL YDMIHNVIDD VREKYFFTVS NIDFMEYIF LTHLNPSRIR ITKETAITIF EKFYEKLNYT LGGGTPIGII SAQVLSEKFT QQALSSFHTT EKSGAVKQKL G FNEFNNLT NLSKNKTEII TLVSDDISKL QSVKINFEFV CLGELNPNIT LRKETDKYVV DIIVNRLYIK RAEITELVVE YM IERFISF SVIVKEWGME TFIEDEDNIR FTVYLNFVEP EELNLSKFMM VLPGAANKGK ISKFKIPISD YTGYDDFNQT KKL NKMTVE LMNLKELGSF DLENVNVYPG VWNTYDIFGI EAAREYLCEA MLNTYGEGFD YLYQPCDLLA SLLCASYEPE SVNK FKFGA ASTLKRATFG DNKALLNAAL HKKSEPINDN SSCHFFSKVP NIGTGYYKYF IDLGLLMRME RKLSDKISSQ KIKEM EETE DF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide

+
分子 #11: Nucleoside triphosphatase I

分子名称: Nucleoside triphosphatase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nucleoside-triphosphate phosphatase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 72.46532 KDa
配列文字列: MSKSHAAYID YALRRTTNMP VEMMGSDVVR LKDYQHFVAR VFLGLDSMHS LLLFHETGVG KTMTTVYILK HLKDIYTNWA IILLVKKAL IEDPWMNTIL RYAPEITKDC IFINYDDQNF RNKFFTNIKT INSKSRICVI IDECHNFISK SLIKEDGKIR P TRSVYNFL ...文字列:
MSKSHAAYID YALRRTTNMP VEMMGSDVVR LKDYQHFVAR VFLGLDSMHS LLLFHETGVG KTMTTVYILK HLKDIYTNWA IILLVKKAL IEDPWMNTIL RYAPEITKDC IFINYDDQNF RNKFFTNIKT INSKSRICVI IDECHNFISK SLIKEDGKIR P TRSVYNFL SKTIALKNHK MICLSATPIV NSVQEFTMLV NLLRPGSLQH QSLFENKRLV DEKELVSKLG GLCSYIVNNE FS IFDDVEG SASFAKKTVL MRYVNMSKKQ EEIYQKAKLA EIKTGISSFR ILRRMATTFT FDSFPERQNR DPGEYAQEIA TLY NDFKNS LRDREFSKSA LDTFKKGELL KGDASAADIS LFTELKEKSV KFIDVCLGIL ASHGKCLVFE PFVNQSGIEI LLLY FKVFG ISNIEFSSRT KDTRIKAVAE FNQESNTNGE CIKTCVFSSS GGEGISFFSI NDIFILDMTW NEASLRQIVG RAIRL NSHV LTPPERRYVN VHFIMARLSN GMPTVDEDLF EIIQSKSKEF VQLFRVFKHT SLEWIHANEK DFSPIDNESG WKTLVS RAI DLSSKKNITN KLIEGTNIWY SNSNRLMSIN RGFKGVDGRV YDVDGNYLHD MPDNPVIKIH DGKLIYIF

UniProtKB: Nucleoside triphosphatase I

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 35.430676 KDa
配列文字列: MQHPREENSI VVELEPSLAT FIKQGFNNLV KWPLLNIGIV LSNTSTAVNE EWLTAVEHIP TMKIFYKHIH KILTREMGFL VYLKRSQSE RDNYITLYDF DYYIIDKDTN SVTMVDKPTE LKETLLHVFQ EYRLKSSQTI ELIAFSSGTV INEDIVSKLT F LDVEVFNR ...文字列:
MQHPREENSI VVELEPSLAT FIKQGFNNLV KWPLLNIGIV LSNTSTAVNE EWLTAVEHIP TMKIFYKHIH KILTREMGFL VYLKRSQSE RDNYITLYDF DYYIIDKDTN SVTMVDKPTE LKETLLHVFQ EYRLKSSQTI ELIAFSSGTV INEDIVSKLT F LDVEVFNR EYNNVKTIID PDFVFRSPFI VISPMGKLTF FVEVYSWFDF KSCFKDIIDF LEGALIANIH NHMIKVGNCD ET VSSYNPE SGMLFVNDLM TMNIVNFFGC NSRLESYHRF DMTKVDVELF IKALSDACKK ILSASNRL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit

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分子 #13: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 30.074293 KDa
配列文字列: MENVYISSYS SNEQTSMAVA ATDIRELLSQ YVDDANLEDL IEWAMEKSSK YYIKNIGNTK SNIEETKFES KNNIGIEYSK DSRNKLSYR NKPSIATNLE YKTLCDMIKG TSGTEKEFLR YLLFGIKCIK KGVEYNIDKI KDVSYNDYFN VLDEKYNTPC P NCKSRNTT ...文字列:
MENVYISSYS SNEQTSMAVA ATDIRELLSQ YVDDANLEDL IEWAMEKSSK YYIKNIGNTK SNIEETKFES KNNIGIEYSK DSRNKLSYR NKPSIATNLE YKTLCDMIKG TSGTEKEFLR YLLFGIKCIK KGVEYNIDKI KDVSYNDYFN VLDEKYNTPC P NCKSRNTT PMMIQTRAAD EPPLVRHACR DCKQHFKPPK FRAFRNLNVT TQSIHENKEI TEILPDNNP(SEP) PPE(SEP) PEPA(SEP) PIDDGLIRAT FDRNDEPPED DE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide

+
分子 #9: chr17.trna16-GlnTTG

分子名称: chr17.trna16-GlnTTG / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 23.10865 KDa
配列文字列:
GGUCCCAUGG UGUAAUGGUU AGCACUCUGG ACUUUGAAUC CAGCGAUCCG AGUUCAAAUC UCGGUGGGAC CU

+
分子 #14: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #15: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #16: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 61 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21338
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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