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万見
- EMDB-16009: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16009
タイトルHepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) with T=3 topology
マップデータ
試料
  • 複合体: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (T=3)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein,Matrix protein 2,External core antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host autophagy / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / proton transmembrane transporter activity / : / viral penetration into host nucleus / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell ...suppression by virus of host autophagy / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / proton transmembrane transporter activity / : / viral penetration into host nucleus / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2) / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 2 / External core antigen / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Egorov VV / Shvetsov AV / Pichkur EB / Shaldzhyan AA / Zabrodskaya YA / Vinogradova DS / Nekrasov PA / Gorshkov AN / Garmay YP / Kovaleva AA ...Egorov VV / Shvetsov AV / Pichkur EB / Shaldzhyan AA / Zabrodskaya YA / Vinogradova DS / Nekrasov PA / Gorshkov AN / Garmay YP / Kovaleva AA / Stepanova LA / Tsybalova LM / Shtam TA / Myasnikov AG / Konevega AL
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation19-74-20146 ロシア
引用ジャーナル: Biophys Chem / 年: 2023
タイトル: Inside and outside of virus-like particles HBc and HBc/4M2e: A comprehensive study of the structure.
著者: V V Egorov / A V Shvetsov / E B Pichkur / A A Shaldzhyan / Ya A Zabrodskaya / D S Vinogradova / P A Nekrasov / A N Gorshkov / Yu P Garmay / A A Kovaleva / L A Stepanova / L M Tsybalova / T A ...著者: V V Egorov / A V Shvetsov / E B Pichkur / A A Shaldzhyan / Ya A Zabrodskaya / D S Vinogradova / P A Nekrasov / A N Gorshkov / Yu P Garmay / A A Kovaleva / L A Stepanova / L M Tsybalova / T A Shtam / A G Myasnikov / A L Konevega /
要旨: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) form virus-like particles whose structure was studied using a combination of ...Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) form virus-like particles whose structure was studied using a combination of molecular modeling and cryo-electron microscopy (cryo-EM). It was also shown that self-assembling of the particles occurs inside bacterial cells, but despite the big inner volume of the core shell particle, purified HBc/4M2e contain an insignificant amount of bacterial proteins. It was shown that a fragment of the M2e corresponding to 4M2e insertion is prone to formation of amyloid-like fibrils. However, as the part of the immunodominant loop, M2e insertion does not show a tendency to intermolecular interaction. A full-atomic HBc-4M2e model with the resolution of about 3 Å (3.13 Å for particles of Т = 4 symmetry, 3.7 Å for particles of Т = 3 symmetry) was obtained by molecular modeling methods based on cryo-EM data.
履歴
登録2022年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16009.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 440 pix.
= 487.08 Å		1.11 Å/pix.
x 440 pix.
= 487.08 Å		1.11 Å/pix.
x 440 pix.
= 487.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.107 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.75
最小 - 最大-0.70262945 - 3.417307
平均 (標準偏差)0.07946644 (±0.32824314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 487.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16009_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16009_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16009_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four e...

全体名称: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (T=3)
要素
  • 複合体: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (T=3)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein,Matrix protein 2,External core antigen

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超分子 #1: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four e...

超分子名称: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (T=3)
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
分子量理論値: 30.84 kDa/nm

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分子 #1: Core protein,Matrix protein 2,External core antigen

分子名称: Core protein,Matrix protein 2,External core antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) / 株: isolate France/Tiollais/1979
分子量理論値: 30.959662 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDPYKEFGAT VELLSFLPSD FFPSVRDLLD TASALYREAL ESPEHCSPHH TALRQAILCW GELMTLATWV GGNLEDGSGT SGSSGSGSG GSGSGGGGEL SLLTEVETPI RNEWGSRSND SSDDLSLLTE VETPIRNEWG SRSNDSSDDL SLLTEVETPI R NEWGSRSN ...文字列:
MDPYKEFGAT VELLSFLPSD FFPSVRDLLD TASALYREAL ESPEHCSPHH TALRQAILCW GELMTLATWV GGNLEDGSGT SGSSGSGSG GSGSGGGGEL SLLTEVETPI RNEWGSRSND SSDDLSLLTE VETPIRNEWG SRSNDSSDDL SLLTEVETPI R NEWGSRSN DSSDDLSLLT EVETPIRNEW GSRSNDSSDD IGTSGSSGSG SGGSGSGGGG GPSRDLVVSY VNTNMGLKFR QL LWFHISC LTFGRETVIE YLVSFGVWIR TPPAYRPPNA PILSTLPETT VVC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00026000000000000003 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.05 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4757

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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