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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14427 | |||||||||
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タイトル | IL-27 signalling complex | |||||||||
マップデータ | CryoEM map of the IL-27 signalling complex. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / leukemia inhibitory factor receptor activity / oncostatin-M receptor activity / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation ...interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / leukemia inhibitory factor receptor activity / oncostatin-M receptor activity / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / triglyceride mobilization / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / interleukin-27 receptor activity / negative regulation of type 2 immune response / oncostatin-M receptor complex / regulation of isotype switching to IgG isotypes / oncostatin-M-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / leptin-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / response to Gram-positive bacterium / regulation of Notch signaling pathway / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-11-mediated signaling pathway / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / negative regulation of interleukin-17 production / cytokine receptor activity / neuronal cell body membrane / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / regulation of T cell proliferation / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine binding / positive regulation of smooth muscle cell migration / growth factor binding / peptide hormone binding / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of defense response to virus by host / response to cytokine / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / 炎症 / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / 自然免疫系 / neuronal cell body / 樹状突起 / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Jin Y / Gardner S / Bubeck D | |||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the assembly and activation of the IL-27 signaling complex. 著者: Yibo Jin / Paul K Fyfe / Scott Gardner / Stephan Wilmes / Doryen Bubeck / Ignacio Moraga / 要旨: Interleukin 27 (IL-27) is a heterodimeric cytokine that elicits potent immunosuppressive responses. Comprised of EBI3 and p28 subunits, IL-27 binds GP130 and IL-27Rα receptor chains to activate the ...Interleukin 27 (IL-27) is a heterodimeric cytokine that elicits potent immunosuppressive responses. Comprised of EBI3 and p28 subunits, IL-27 binds GP130 and IL-27Rα receptor chains to activate the JAK/STAT signaling cascade. However, how these receptors recognize IL-27 and form a complex capable of phosphorylating JAK proteins remains unclear. Here, we used cryo electron microscopy (cryoEM) and AlphaFold modeling to solve the structure of the IL-27 receptor recognition complex. Our data show how IL-27 serves as a bridge connecting IL-27Rα (domains 1-2) with GP130 (domains 1-3) to initiate signaling. While both receptors contact the p28 component of the heterodimeric cytokine, EBI3 stabilizes the complex by binding a positively charged surface of IL-27Rα and Domain 1 of GP130. We find that assembly of the IL-27 receptor recognition complex is distinct from both IL-12 and IL-6 cytokine families and provides a mechanistic blueprint for tuning IL-27 pleiotropic actions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14427.map.gz | 1.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14427-v30.xml emd-14427.xml | 22.5 KB 22.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14427.png | 42.9 KB | ||
その他 | emd_14427_half_map_1.map.gz emd_14427_half_map_2.map.gz | 32.8 MB 32.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14427 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14427 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7z0lMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of the IL-27 signalling complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: CryoEM half map of the IL-27 signalling complex.
ファイル | emd_14427_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half map of the IL-27 signalling complex. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half map of the IL-27 signalling complex.
ファイル | emd_14427_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half map of the IL-27 signalling complex. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : IL-27 Signalling complex
全体 | 名称: IL-27 Signalling complex |
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要素 |
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-超分子 #1: IL-27 Signalling complex
超分子 | 名称: IL-27 Signalling complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
-分子 #1: Interleukin-6 receptor subunit beta
分子 | 名称: Interleukin-6 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 32.91402 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: CGYIYPEFPV VQRGSNFTAI CVLKEACLQH YYVNASYIVW KTNHAAVPRE QVTVINRTTS SVTFTDVVLP SVQLTCNILS FGQIEQNVY GVTMLSGFPP DKPTNLTCIV NEGKNMLCQW DPGRETYLET NYTLKSEWAT EKFPDCQSKH GTSCMVSYMP T YYVNIEVW ...文字列: CGYIYPEFPV VQRGSNFTAI CVLKEACLQH YYVNASYIVW KTNHAAVPRE QVTVINRTTS SVTFTDVVLP SVQLTCNILS FGQIEQNVY GVTMLSGFPP DKPTNLTCIV NEGKNMLCQW DPGRETYLET NYTLKSEWAT EKFPDCQSKH GTSCMVSYMP T YYVNIEVW VEAENALGKV SSESINFDPV DKVKPTPPYN LSVTNSEELS SILKLSWVSS GLGGLLDLKS DIQYRTKDAS TW IQVPLED TMSPRTSFTV QDLKPFTEYV FRIRSIKDSG KGYWSDWSEE ASGTT |
-分子 #2: Interleukin-27 subunit beta,Interleukin-27 subunit alpha
分子 | 名称: Interleukin-27 subunit beta,Interleukin-27 subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 52.475281 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA GSYTETALVA LSQPRVQCHA SRYPVAVDCS WTPLQAPNST RSTSFIATYR LGVATQQQSQ PCLQRSPQA SRCTIPDVHL FSTVPYMLNV TAVHPGGASS SLLAFVAERI IKPDPPEGVR LRTAGQRLQV LWHPPASWPF P DIFSLKYR ...文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA GSYTETALVA LSQPRVQCHA SRYPVAVDCS WTPLQAPNST RSTSFIATYR LGVATQQQSQ PCLQRSPQA SRCTIPDVHL FSTVPYMLNV TAVHPGGASS SLLAFVAERI IKPDPPEGVR LRTAGQRLQV LWHPPASWPF P DIFSLKYR LRYRRRGASH FRQVGPIEAT TFTLRNSKPH AKYCIQVSAQ DLTDYGKPSD WSLPGQVESA PHKPRGGGGS GG GGSVESG ENLYFQGFPT DPLSLQELRR EFTVSLYLAR KLLSEVQGYV HSFAESRLPG VNLDLLPLGY HLPNVSLTFQ AWH HLSDSE RLCFLATTLR PFPAMLGGLG TQGTWTSSER EQLWAMRLDL RDLHRHLRFQ VLAAGFKCSK EEEDKEEEEE EEEE EKKLP LGALGGPNQV SSQVSWPQLL YTYQLLHSLE LVLSRAVRDL LLLSLPRRPG SAWDSAAAHH HHHHHH |
-分子 #3: Interleukin-27 receptor subunit alpha
分子 | 名称: Interleukin-27 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 25.968398 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA GSHGSPGPLQ CYSVGPLGIL NCSWEPLGDL ETPPVLYHQS QKYHPNRVWE VKVPSKQSWV TIPREQFTM ADKLLIWGTQ KGRPLWSSVS VNLETQMKPD TPQIFSQVDI SEEATLEATV QWAPPVWPPQ KVLICQFRYK E CQAETWTR ...文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA GSHGSPGPLQ CYSVGPLGIL NCSWEPLGDL ETPPVLYHQS QKYHPNRVWE VKVPSKQSWV TIPREQFTM ADKLLIWGTQ KGRPLWSSVS VNLETQMKPD TPQIFSQVDI SEEATLEATV QWAPPVWPPQ KVLICQFRYK E CQAETWTR LEPQLKTDGL TPVEMQNLEP GTCYQVSGRC QVENGYPWGE WSSPLSFQTP FAAAHHHHHH HH |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh and 0.2um filtered | |||||||||
グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time 2s, blot force -2. | |||||||||
詳細 | 0.8mg/ml |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 56523 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1811398 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) 詳細: CTF correction was performed following 3D reconstruction. Local CTF refinement was carried out during refinement |
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC ab-initio. |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) |
最終 3次元分類 | クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 400000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) 詳細: Final 3D classification was performed using heterogeneous refinement in cryoSPARC. |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) 詳細: Final reconstruction was performed using local refinement in cryoSPARC. 使用した粒子像数: 208431 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial fitting was performed using Chimera and ChimeraX. Then ISOLDE and Phenix real space refine were used to refine the model. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-7z0l: |