[日本語] English
万見
- EMDB-12558: Virion of Leishmania RNA virus 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12558
タイトルVirion of Leishmania RNA virus 1
マップデータNative virion of Leishmania RNA virus 1
試料
  • ウイルス: Leishmania RNA virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
機能・相同性Totivirus coat / Totivirus coat protein / カプシド
機能・相同性情報
生物種Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス) / Leishmania RNA virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Prochazkova M / Grybchuk D / Fuzik T
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech Republic20-22689S チェコ
引用
ジャーナル: Virology / 年: 2022
タイトル: Virion structure of Leishmania RNA virus 1.
著者: Michaela Procházková / Tibor Füzik / Danyil Grybchuk / Vyacheslav Yurchenko / Pavel Plevka /
要旨: The presence of Leishmania RNA virus 1 (LRV1) enables Leishmania protozoan parasites to cause more severe disease than the virus-free strains. The structure of LRV1 virus-like particles has been ...The presence of Leishmania RNA virus 1 (LRV1) enables Leishmania protozoan parasites to cause more severe disease than the virus-free strains. The structure of LRV1 virus-like particles has been determined previously, however, the structure of the LRV1 virion has not been characterized. Here we used cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction to determine the structures of the LRV1 virion and empty particle isolated from Leishmania guyanensis to resolutions of 4.0 Å and 3.6 Å, respectively. The capsid of LRV1 is built from sixty dimers of capsid proteins organized with icosahedral symmetry. RNA genomes of totiviruses are replicated inside the virions by RNA polymerases expressed as C-terminal extensions of a sub-population of capsid proteins. Most of the virions probably contain one or two copies of the RNA polymerase, however, the location of the polymerase domains in LRV1 capsid could not be identified, indicating that it varies among particles. Importance. Every year over 200 000 people contract leishmaniasis and more than five hundred people die of the disease. The mucocutaneous form of leishmaniasis produces lesions that can destroy the mucous membranes of the nose, mouth, and throat. Leishmania parasites carrying Leishmania RNA virus 1 (LRV1) are predisposed to cause aggravated symptoms in the mucocutaneous form of leishmaniasis. Here, we present the structure of the LRV1 virion determined using cryo-electron microscopy.
#1: ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Capsid Structure of Leishmania RNA virus 1
著者: Prochazkova M / Fuzik T / Grybchuk D / Falginella FL / Podesvova L / Yurchenko V / Vacha R / Plevka P
履歴
登録2021年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_12558.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Native virion of Leishmania RNA virus 1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.034988288 - 0.073103175
平均 (標準偏差)0.0013036424 (±0.0055915997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 482.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Leishmania RNA virus 1

全体名称: Leishmania RNA virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Leishmania RNA virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド

-
超分子 #1: Leishmania RNA virus 1

超分子名称: Leishmania RNA virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1678905 / 生物種: Leishmania RNA virus 1 / Sci species strain: 1-4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Leishmania guyanensis (ガイアナリーシュマニア)
株: MHOM/BR/75/M4147
分子量理論値: 9.1 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 421.0 Å / T番号(三角分割数): 2

-
分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス)
分子量理論値: 86.431742 KDa
配列文字列: MADIPNSDKI ACGRKPMFCE IIKLANRKRL IFNTTDERVY DARLNYCSTA DSTVQADCHI YWRLKLRRTD AVFEEYTGQG YSLDTAAYP QQYTDIIRGY YSKHVSSSLA ANTQHFVNVL AMLRHAGACI AHYCMTGKID FDILSKKKHK NKEVVTLSNA D SLSFLPHS ...文字列:
MADIPNSDKI ACGRKPMFCE IIKLANRKRL IFNTTDERVY DARLNYCSTA DSTVQADCHI YWRLKLRRTD AVFEEYTGQG YSLDTAAYP QQYTDIIRGY YSKHVSSSLA ANTQHFVNVL AMLRHAGACI AHYCMTGKID FDILSKKKHK NKEVVTLSNA D SLSFLPHS ALYLPSPLRA SDPEIFNMLY LLGCACDASI AMDNISNTSG AAKYSMPHYN PLQLSHALHV TIFYMLSLMD SC GYGDDAV LALTSGLHSV TTVIAHSDEG GITRDALREL SYTQPYGTMP VPIAGYFQHI NVLFTTQPAW DQFAGIWDYV ILA TAALVH LSDPGMTVND VTYPTTLTTK VATVDGRNSD LAAQMMHSAT RFCDIFVENL STFWGVVANP DGNASQALLH AFNI VACAV EPNRHLEMNV MAPWYWVESS ALFCDYAPFR SPISSAGYGP QCVYGARLVL AATNSLEFTG EAGDYSAYRF EWTTM RHNP LFNILNKRVG DGLANVDFRL RPFNEWLLEG QPSRRSCNSA GHGTPTATCS HKTPNHDTLD EYIWGSTSCD LFHPAE LTS YTAVCVRFRN YLSGADGDVR ILNTPTREVI EGNVVTRCDG IRCLDSNKRI QHVPEVARRY CMMARYLAQA RTFGALT IG DDIIRGFDKV EKIVKMHKSN NRLDQMPLID VTGLCQPMIE TSTVRASTTT RIDPNKLAAA TARVELPLAP RCTSSLIP S SDTVPEPEPQ VGEPGDNGGC APDLGTGGGS GIEGRGSMDI GDPNSVQALA RLQASSVDKL AAALE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム

詳細: pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細Buffer: 50 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3981 / 平均電子線量: 1.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 7912
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10722

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.7) / 使用した粒子像数: 3768
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6y83


Chain - Chain ID: A
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 72.61 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7ns2:
Virion of Leishmania RNA virus 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る