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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12179 | |||||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine (head only) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Pathogen / small ribosomal subunit / spermidine / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Belinite M / Khusainov I / Marzi S / Romby P / Yusupov M / Hashem Y | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021 タイトル: Stabilization of Ribosomal RNA of the Small Subunit by Spermidine in . 著者: Margarita Belinite / Iskander Khusainov / Heddy Soufari / Stefano Marzi / Pascale Romby / Marat Yusupov / Yaser Hashem / 要旨: Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution ...Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution structures using this approach, one needs to obtain homogeneous and stable samples, which requires optimization of ribosome purification in a species-dependent manner. This is especially critical for the bacterial small ribosomal subunit that tends to be unstable in the absence of ligands. Here, we report a protocol for purification of stable 30 S from the Gram-positive bacterium and its cryo-EM structures: in presence of spermidine at a resolution ranging between 3.4 and 3.6 Å and in its absence at 5.3 Å. Using biochemical characterization and cryo-EM, we demonstrate the importance of spermidine for stabilization of the 30 S preserving favorable conformation of the helix 44. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12179.map.gz | 4.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12179-v30.xml emd-12179.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12179.png | 101.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12179.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12179 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12179 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12179_validation.pdf.gz | 350.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12179_full_validation.pdf.gz | 350.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12179_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12179_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12179 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12179 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermi...
+超分子 #1: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermi...
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S7
+分子 #5: 30S ribosomal protein S9
+分子 #6: 30S ribosomal protein S10
+分子 #7: 30S ribosomal protein S13
+分子 #8: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #9: 30S ribosomal protein S19
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 529602 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |