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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11743 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, the baseplate complex in extended state applied 6-fold symmetry. | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | extracellular contractile injection system / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Xu J / Ericson C | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022 タイトル: Identification and structure of an extracellular contractile injection system from the marine bacterium Algoriphagus machipongonensis. 著者: Jingwei Xu / Charles F Ericson / Yun-Wei Lien / Florentine U N Rutaganira / Fabian Eisenstein / Miki Feldmüller / Nicole King / Martin Pilhofer / 要旨: Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanomachines, mediating bacterial cell-cell interactions as either type VI secretion systems (T6SSs) or extracellular CISs (eCISs). ...Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanomachines, mediating bacterial cell-cell interactions as either type VI secretion systems (T6SSs) or extracellular CISs (eCISs). Bioinformatic studies uncovered a phylogenetic group of hundreds of putative CIS gene clusters that are highly diverse and widespread; however, only four systems have been characterized. Here we studied a putative CIS gene cluster in the marine bacterium Algoriphagus machipongonensis. Using an integrative approach, we show that the system is compatible with an eCIS mode of action. Our cryo-electron microscopy structure revealed several features that differ from those seen in other CISs: a 'cap adaptor' located at the distal end, a 'plug' exposed to the tube lumen, and a 'cage' formed by massive extensions of the baseplate. These elements are conserved in other CISs, and our genetic tools identified that they are required for assembly, cargo loading and function. Furthermore, our atomic model highlights specific evolutionary hotspots and will serve as a framework for understanding and re-engineering CISs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11743.map.gz | 38.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11743-v30.xml emd-11743.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11743.png | 77.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11743.cif.gz | 7.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11743 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11743 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11743_validation.pdf.gz | 510.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11743_full_validation.pdf.gz | 510.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11743_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11743_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11743 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11743 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The baseplate complex of an extracellular contractile injection s...
全体 | 名称: The baseplate complex of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, applied 6-fold symmetry. |
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要素 |
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-超分子 #1: The baseplate complex of an extracellular contractile injection s...
超分子 | 名称: The baseplate complex of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, applied 6-fold symmetry. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
-分子 #1: baseplate protein (Algo12)
分子 | 名称: baseplate protein (Algo12) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: the residues (552-end) could not be built up due to the poor map density. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 107.770953 KDa |
配列 | 文字列: MSTLNKHISI PKDMSSKDDL DFHFLREEGI RYIKELGSNF WTDYNTHDPG ITMLEVLCYA ISDLGNRINI PIEDLIANEE GGVKGQFYK VQEILPSAPT SELDLRKLFI DIEGIKNCWI KRERVTVFAD LKNQKLSYEK TIWEDLKENQ KAQFDLKGLY R ILVETEDA ...文字列: MSTLNKHISI PKDMSSKDDL DFHFLREEGI RYIKELGSNF WTDYNTHDPG ITMLEVLCYA ISDLGNRINI PIEDLIANEE GGVKGQFYK VQEILPSAPT SELDLRKLFI DIEGIKNCWI KRERVTVFAD LKNQKLSYEK TIWEDLKENQ KAQFDLKGLY R ILVETEDA DKVLSESLEK AVFTKFHANR NLCEDLIKVE KVATEPISVC ANVEVAPEAD EELIHAQILI AIEDYLAPSP RH YSLKQMV DKGYTMDEIF EGPFLENGFI DTVELKASEL RKEVRLSDII NIIMSIDGVK IVKEITLGNC DENDGIENNQ WVI CIPENK KPKLCKKTTI NYFKGILPIN LNPVRVDNHK SKILASRLEN DLKAKDDLEP AIPQGTFADW GEYSSIQHEF PETY GISDI GLPPKLGVKR AVLARQLKGY LLFFDQILAS YFEHLSKIKS LLSLDQGPSF TYFTQAIKDI KDVEELFKDP TLLEN DEEL TKSLIGKLDD TIERRNQLMD HLIARFAENF SSYAFLMKFL YGESTDEIVL QDKQSFLREY KEISRERGEG FNFYEQ SND NLWDTLNVSG AQKRISKLVG VKDYSRRNLS DTAVEIYRYE HVDGNWVYRW RIRDENGKVL LSATTSYPTY NSAGNEM YF AILKILETPL SDLEKLLEVN FRNENEAGSF HFHKAATSNK FSFDIINPVI DSESSSDFIV AKQYTYYPDR TQAVLGAI S LLNFIKYTFT EEGIYLVEHI LLRPSPLDPE YLAMQTDAGK EYIEGNFLPF CSDDYENCKM IDPYSFRVSI VLPGFTYRF ANKDFRDYLE NLIREELPAH IVAKICWIGY RKGEEPELFQ EDVENPETPI FKENQLEIFE KAYKNYLFEL TDIHKRKGFI ASMNKYNQV LNEMTSSLTG LHTIYPTGRL YDCEDEEEEL DGKLILGKTN LGTL UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: Baseplate_J domain-containing protein
分子 | 名称: Baseplate_J domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: The C terminal part (residues 916-1012aa) is built up by poly-alanine chain due to the poor map density. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 119.37932 KDa |
配列 | 文字列: MSENCNHIVT TLKRDGTGRR DLLDPKLAPE SVQLQDFELS DWLIFALNFA RKIHFFPSDL ANEPLGDWRN FFSTIVSDKT LISDIENLD DFEKLRGNIE EFLAAYDQSG KLTPHLTLFV SFLKLLETSK KRFNQLTKRH LDFYYQEILH LEKQALSPDH V FLIFELAK ...文字列: MSENCNHIVT TLKRDGTGRR DLLDPKLAPE SVQLQDFELS DWLIFALNFA RKIHFFPSDL ANEPLGDWRN FFSTIVSDKT LISDIENLD DFEKLRGNIE EFLAAYDQSG KLTPHLTLFV SFLKLLETSK KRFNQLTKRH LDFYYQEILH LEKQALSPDH V FLIFELAK NVSQEKLDEG TEVDGGKDDT GKKNTYLTSF ETVLNKTKVG QLKSLYNEIS VEKEEIKELN TPISTGTFVM AP MANSFDG LGEDFPKGSE KWWPFGYTKI CNASTVLPAL PKARLGCSIS SKLLKLSEGT RDIILEFTFN KPILPNGEDY TAL NKAMSI ELTGEKGWIA GLPMTLKSDS GINSGSKKMK LSLTLDSEQP AVVPYQTELH EGSYEVDEPL LRVLFKTNEK EGYN LYRLF NENVLTDLKI TVEVSDITSV QLENDLGVLN PQKPFFPFGP RPIKGSSFIV KYPEAMEKPV TAISYQMDYL NLPEN LVNH YSAYTIGDDE PLVSDMDYFS VKSFPKSSND SDQLFSEKSG GGYESDFEFQ IENGVWESGL KKELKISLER SFLHEK YAH YFTLVAISKD TDPTIELLPN EPYAPLAENL VLGYTAISSI DFSSSSSENQ VSLIHEMPFG FQQVFTPGDT DNSLYLV PD YCHGGELYIG LENGKNLQQV TLLLQFLEGS ENPDITDIFT GNQKIKWQYL SQNQWQDFQS GEIIQNQTPR FLKSGIFQ F SIPKQANLDN TVLPPGYHWI KASMVKPFDV VSQLINIHAQ AVEAVFEDQG SSGNHLEKGL PAETISKLQE RLSWIKSIQ QPYPSTKGKA QESDEDYYRR VSERLRHKKR AITLWDYEHL ILQKFPKVYK VKCLNHTCSS SFQSPGNATL ILVPDTVQQS VFDIYQPRV SQGTLNDVAA FVNELNSFHV QAKVINPNYE EVKVDVKVKF REGLDVSFYL TKVKEDIKKF LSPWAYDQES S VEFGVTLH RSQMIHYLEQ LTYVDYITDL RLLKRQAGSS PCNPIFIETT EKEYIQPSNP KSILVSAKEH LVTPITQNCS SI SLNNEEE CQH UniProtKB: Baseplate protein J-like domain-containing protein |
-分子 #3: LysM domain-containing protein
分子 | 名称: LysM domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: The residue S169 is not found in relative map, which might be cleaved in the structure. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 26.571104 KDa |
配列 | 文字列: MSEGKLEKLR IVAYKDSKFS DEVENGEFIT LLNPEKYKFQ YRVEQNEDQA SGTSSAPIRF NKILPQTLEF DFLFDRTGVI AGYEVTEDG IINDIDHFKK VVYDYNGEKH KPNYLMITWG SLLFKGYLKE MDIEYKLFRP DGTPIRAMAT TKIGEFVEEE L RTAQENNQ ...文字列: MSEGKLEKLR IVAYKDSKFS DEVENGEFIT LLNPEKYKFQ YRVEQNEDQA SGTSSAPIRF NKILPQTLEF DFLFDRTGVI AGYEVTEDG IINDIDHFKK VVYDYNGEKH KPNYLMITWG SLLFKGYLKE MDIEYKLFRP DGTPIRAMAT TKIGEFVEEE L RTAQENNQ SPDMSHYRTV KEGDTLPLMT YRIYGDSKYY LEVAKANGLT NFRRLKTGTE LIFPPLQKQK UniProtKB: LysM domain-containing protein |
-分子 #4: Putative tail lysozyme
分子 | 名称: Putative tail lysozyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 15.762021 KDa |
配列 | 文字列: MMEKSKDFLG TGWGFPPEFE TSIGQVKTTS GVEDIQKSLE ILFSTKIGER IMQPTYGCNL DELLFSPINR TLKTYVIELI KNAILYHEP RIDPEKIDIT QGNEIEGELL IHLQYIVRAT NSRKNMVYPF YLEEGTNI UniProtKB: Putative tail lysozyme |
-分子 #5: Phospholipid/glycerol acyltransferase
分子 | 名称: Phospholipid/glycerol acyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 17.063238 KDa |
配列 | 文字列: MATYYPPSSF HFLVEFTGID AKNNDHEFQS VSGLSVDIDT EEFAEGGENR FKHKFPVKTK YPNLVLKRGV LVDSKVISWC RDAIEDFEF KPIDLTVKLL NEEHQPLMTW NVVHAYPVKW SVEDFNAQES KMAIESVELS YNYFKTIV UniProtKB: Phospholipid/glycerol acyltransferase |
-分子 #6: Putative phage tail sheath protein FI
分子 | 名称: Putative phage tail sheath protein FI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 詳細: the residues 288-320aa could not be built up in the model, with residues 430-446aa assigned with poly-alanine chain. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 76.319039 KDa |
配列 | 文字列: MATYKTPGVY IEEITKFPPS VAQVETAIPA FIGYTQFART KPSVDSDDLI LKPKRISSLL DFTTYYGGAQ NEQGITVKLT DTLIEGAEN RTINVPEPTF KSPYLMFYSL QMYFANGGGP CYIVSTGVYD DWSDSETPPT INFSDLESGL AVIRKEDEPT L LLFPDATN ...文字列: MATYKTPGVY IEEITKFPPS VAQVETAIPA FIGYTQFART KPSVDSDDLI LKPKRISSLL DFTTYYGGAQ NEQGITVKLT DTLIEGAEN RTINVPEPTF KSPYLMFYSL QMYFANGGGP CYIVSTGVYD DWSDSETPPT INFSDLESGL AVIRKEDEPT L LLFPDATN LPTDDEFYSL YNSALMQCND LQDRFTILDT YSDQTYNDGV EDLDPIPALR NGINLTKDYL KYGAAYYPFV QT ILNYQYS ADEIVIQHLS YNPNAIATAL DNLNAVNGPT FIDAILDDLR DLSLPDISGE ISDAVGFMYD DVDGFDIDGT FTT NSVKVA NFASLVESVL STLNELIDAK EEINKDVNSA IASSEEDNAI KTAISDALDV FNEDFEGADK IESVAKNLSD LLIK IKQAD TNTKVENVLS INALNFSAEF EKLLTYDVNT GLTASVTLDL FANIGTRLDD IIAAVSAAEP IDVNNGKLNG RLLSD IEPL DNATYNTILL EINSHKVTLP PSSSMAGAYA RVDNDRGVWK SPANIGLNYV SKPSVTVSHE EQESMNVHGT GKSVNA IRS FVGKGTLVWG ARTLAGNDNE WRYISVRRFF NMAEESIKKA TEQFVFEPND GNTWVRVRAM IENFLILQWR AGALAGA KP EHAFYVKVGL GQTMTAQDIL EGNMNVEIGL AVVRPAEFII LKFSHKMQES UniProtKB: Putative phage tail sheath protein FI |
-分子 #7: Phage tail protein
分子 | 名称: Phage tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 16.375458 KDa |
配列 | 文字列: MSYPLSKFHF SVEWGGTKIG FTEVSGLDLE TEIIEYRHGA SPEYSKIKMP GMQKFSNITL KRGTFKSDNE YFQWYNTINL NKVERRDLT ISLLNEEHEP VVTWKVKNAW PLKVQSTDLK GDGNEVAIES MELAHEGLVI QNE UniProtKB: Phage tail protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82969 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7aeb: |