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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11692 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Nsp7-Nsp8-Nsp12 SARS-CoV2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with template:primer dsRNA and favipiravir-RTP | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Masked EM density map, sharpened by a B-factor of 20 Angstrom^2, used for model building | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 5'-3' DNA helicase activity / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Naydenova K / Muir KW / Wu LF / Zhang Z / Coscia F / Peet M / Castro-Hartman P / Qian P / Sader K / Dent K ...Naydenova K / Muir KW / Wu LF / Zhang Z / Coscia F / Peet M / Castro-Hartman P / Qian P / Sader K / Dent K / Kimanius D / Sutherland JD / Lowe J / Barford D / Russo CJ | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structure of the SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase in the presence of favipiravir-RTP. 著者: Katerina Naydenova / Kyle W Muir / Long-Fei Wu / Ziguo Zhang / Francesca Coscia / Mathew J Peet / Pablo Castro-Hartmann / Pu Qian / Kasim Sader / Kyle Dent / Dari Kimanius / John D Sutherland ...著者: Katerina Naydenova / Kyle W Muir / Long-Fei Wu / Ziguo Zhang / Francesca Coscia / Mathew J Peet / Pablo Castro-Hartmann / Pu Qian / Kasim Sader / Kyle Dent / Dari Kimanius / John D Sutherland / Jan Löwe / David Barford / Christopher J Russo / 要旨: The RNA polymerase inhibitor favipiravir is currently in clinical trials as a treatment for infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), despite limited information ...The RNA polymerase inhibitor favipiravir is currently in clinical trials as a treatment for infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), despite limited information about the molecular basis for its activity. Here we report the structure of favipiravir ribonucleoside triphosphate (favipiravir-RTP) in complex with the SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) bound to a template:primer RNA duplex, determined by electron cryomicroscopy (cryoEM) to a resolution of 2.5 Å. The structure shows clear evidence for the inhibitor at the catalytic site of the enzyme, and resolves the conformation of key side chains and ions surrounding the binding pocket. Polymerase activity assays indicate that the inhibitor is weakly incorporated into the RNA primer strand, and suppresses RNA replication in the presence of natural nucleotides. The structure reveals an unusual, nonproductive binding mode of favipiravir-RTP at the catalytic site of SARS-CoV-2 RdRp, which explains its low rate of incorporation into the RNA primer strand. Together, these findings inform current and future efforts to develop polymerase inhibitors for SARS coronaviruses. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11692.map.gz | 14.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11692-v30.xml emd-11692.xml | 26 KB 26 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11692_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11692.png | 123.9 KB | ||
マスクデータ | emd_11692_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11692_additional.map.gz emd_11692_half_map_1.map.gz emd_11692_half_map_2.map.gz | 98.4 MB 98.4 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11692 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7aapMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10517 (タイトル: Movies of Nsp7-Nsp8-Nsp12 SARS-CoV2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with template:primer dsRNA and favipiravir-RTP Data size: 46.9 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase in compex with template:primer dsRNA and favipiravir-RTP [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Masked EM density map, sharpened by a B-factor of 20 Angstrom^2, used for model building | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11692_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened EM density map
ファイル | emd_11692_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened EM density map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM density half map 1
ファイル | emd_11692_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EM density half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM density half map 2
ファイル | emd_11692_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EM density half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Nsp7-Nsp8-Nsp12 SARS-CoV2 RNA-directed RNA polymerase in complex ...
+超分子 #1: Nsp7-Nsp8-Nsp12 SARS-CoV2 RNA-directed RNA polymerase in complex ...
+超分子 #2: Nsp7-Nsp8-Nsp12 SARS-CoV2 RNA-directed RNA polymerase
+超分子 #3: RNA
+分子 #1: Non-structural protein 12
+分子 #2: Non-structural protein 8
+分子 #3: Non-structural protein 7
+分子 #4: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*AP*GP*UP*UP*AP*U)-3')
+分子 #5: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*CP*UP*UP*AP*A)-3')
+分子 #6: ZINC ION
+分子 #7: MAGNESIUM ION
+分子 #8: PYROPHOSPHATE 2-
+分子 #9: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(3-aminocarbonyl-5-fluoranyl-2-oxid...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 24.72 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |