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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11319 | |||||||||
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タイトル | The pointed end complex of dynactin with the p150 projection docked | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Dynactin (ダイナクチン) / Complex / Scaffold (足場) / Cytoskeleton (細胞骨格) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retrograde axonal transport of mitochondrion / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation / ダイナクチン ...retrograde axonal transport of mitochondrion / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation / ダイナクチン / Clathrin-mediated endocytosis / cellular response to cytochalasin B / regulation of transepithelial transport / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / morphogenesis of a polarized epithelium / postsynaptic actin cytoskeleton / protein localization to adherens junction / dense body / Tat protein binding / Neutrophil degranulation / dynein complex / apical protein localization / coronary vasculature development / adherens junction assembly / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / 密着結合 / regulation of norepinephrine uptake / COPI-mediated anterograde transport / aorta development / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of synaptic vesicle endocytosis / ventricular septum development / apical junction complex / dynein complex binding / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cortical cytoskeleton / nitric-oxide synthase binding / 刷子縁 / kinesin binding / ヘルト萼状シナプス / regulation of protein localization to plasma membrane / microtubule-based process / stress fiber / axon cytoplasm / sarcomere / 軸索誘導 / mitotic spindle organization / 運動性 / マイクロフィラメント / 接着結合 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 動原体 / ヌクレオソーム / マイクロフィラメント / lamellipodium / 細胞皮質 / 核膜 / 微小管 / 細胞骨格 / regulation of cell cycle / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / 神経繊維 / focal adhesion / 中心体 / シナプス / glutamatergic synapse / protein kinase binding / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Lau CK / Lacey SE | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM reveals the complex architecture of dynactin's shoulder region and pointed end. 著者: Clinton K Lau / Francis J O'Reilly / Balaji Santhanam / Samuel E Lacey / Juri Rappsilber / Andrew P Carter / 要旨: Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled- ...Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled-coil adaptor. Dynactin consists of an actin-related filament whose length is defined by its flexible shoulder domain. Despite previous cryo-EM structures, the molecular architecture of the shoulder and pointed end of the filament is still poorly understood due to the lack of high-resolution information in these regions. Here we combine multiple cryo-EM datasets and define precise masking strategies for particle signal subtraction and 3D classification. This overcomes domain flexibility and results in high-resolution maps into which we can build the shoulder and pointed end. The unique architecture of the shoulder securely houses the p150 subunit and positions the four identical p50 subunits in different conformations to bind dynactin's filament. The pointed end map allows us to build the first structure of p62 and reveals the molecular basis for cargo adaptor binding to different sites at the pointed end. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11319.map.gz | 60.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11319-v30.xml emd-11319.xml | 27 KB 27 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11319_fsc.xml | 9.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11319.png | 40.1 KB | ||
マスクデータ | emd_11319_msk_1.map | 67 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-11319.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_11319_half_map_1.map.gz emd_11319_half_map_2.map.gz | 52.1 MB 52.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11319 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11319 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11319.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11319_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11319_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11319_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Dynactin
+超分子 #1: Dynactin
+分子 #1: ARP1 actin related protein 1 homolog A
+分子 #2: Actin, cytoplasmic 1
+分子 #3: Arp11
+分子 #4: Dynactin subunit 2
+分子 #5: Dynactin 6
+分子 #6: Dynactin subunit 5
+分子 #7: Dynactin subunit 4
+分子 #8: Dynactin subunit 1
+分子 #9: Dynactin subunit 1
+分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #11: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #12: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 52.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #1 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |