[日本語] English
万見
- EMDB-11241: Peripheral domain of open complex I during turnover -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11241
タイトルPeripheral domain of open complex I during turnover
マップデータOversampled, local resolution-filtered map
試料
  • 複合体: Peripheral domain of open complex I during turnover
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome ...NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / ATP metabolic process / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / 電子伝達系 / regulation of mitochondrial membrane potential / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 概日リズム / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / protein-containing complex binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Complex1_LYR-like / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 ...Complex1_LYR-like / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Acyl carrier protein (ACP) / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Thioredoxin-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ) / Sheep (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kampjut D / Sazanov LA
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Commission665385European Union
European Commission653706European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: The coupling mechanism of mammalian respiratory complex I.
著者: Domen Kampjut / Leonid A Sazanov /
要旨: Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different ...Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different conditions, including turnover, at resolutions up to 2.3 to 2.5 angstroms. Resolved water molecules allowed us to experimentally define the proton translocation pathways. Quinone binds at three positions along the quinone cavity, as does the inhibitor rotenone that also binds within subunit ND4. Dramatic conformational changes around the quinone cavity couple the redox reaction to proton translocation during open-to-closed state transitions of the enzyme. In the induced deactive state, the open conformation is arrested by the ND6 subunit. We propose a detailed molecular coupling mechanism of complex I, which is an unexpected combination of conformational changes and electrostatic interactions.
履歴
登録2020年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月7日-
マップ公開2020年10月7日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.105
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.105
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zk9
  • 表面レベル: 0.105
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zk9
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11241.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Oversampled, local resolution-filtered map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.105 / ムービー #1: 0.105
最小 - 最大-0.30611384 - 0.8862452
平均 (標準偏差)0.008886407 (±0.052853063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ321294374
Spacing294321374
セルA: 147.0 Å / B: 160.5 Å / C: 187.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.50.50.5
M x/y/z294321374
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z147.000160.500187.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS294321374
D min/max/mean-0.3060.8860.009

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Peripheral domain of open complex I during turnover

全体名称: Peripheral domain of open complex I during turnover
要素
  • 複合体: Peripheral domain of open complex I during turnover
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, 24 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, PSST subunit
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, TYKY subunit
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, 10 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, 13 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, B13 subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, B14.5a subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial complex I, B16.6 subunit
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Peripheral domain of open complex I during turnover

超分子名称: Peripheral domain of open complex I during turnover / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量実験値: 1 MDa

+
分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADHデヒドロゲナーゼ
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 50.68775 KDa
配列文字列: MLAARRLLGG SLPARVSVRF SGDTTAPKKT SFGSLKDEDR IFTNLYGRHD WRLKGAQSRG DWYKTKEILL KGPDWILGEV KTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDGR PKYLVVNADE GEPGTCKDRE IIRHDPHKLV EGCLVGGRAM GARAAYIYIR G EFYNEASN ...文字列:
MLAARRLLGG SLPARVSVRF SGDTTAPKKT SFGSLKDEDR IFTNLYGRHD WRLKGAQSRG DWYKTKEILL KGPDWILGEV KTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDGR PKYLVVNADE GEPGTCKDRE IIRHDPHKLV EGCLVGGRAM GARAAYIYIR G EFYNEASN LQVAIREAYE AGLIGKNACG SGYDFDVFVV RGAGAYICGE ETALIESIEG KQGKPRLKPP FPADVGVFGC PT TVANVET VAVSPTICRR GGAWFASFGR ERNSGTKLFN ISGHVNNPCT VEEEMSVPLK ELIEKHAGGV TGGWDNLLAV IPG GSSTPL IPKSVCETVL MDFDALIQAQ TGLGTAAVIV MDRSTDIVKA IARLIEFYKH ESCGQCTPCR EGVDWMNKVM ARFV RGDAR PAEIDSLWEI SKQIEGHTIC ALGDGAAWPV QGLIRHFRPE LEERMQRFAQ QHQARQAAS

+
分子 #2: Mitochondrial complex I, 24 kDa subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, 24 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 27.373551 KDa
配列文字列: MPVLQYEHLE ECIRWGKHIR NLHKTAVQNG AGGALFVHRD TPKNNPETPF DFTPENYKRI EAIVKNYPEG HKAAAVLPVL DLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTMY NRKPVGKYHI QVCTTTPCML RNSDSILEAI QKKLGIKVGE T TPDKLFTL ...文字列:
MPVLQYEHLE ECIRWGKHIR NLHKTAVQNG AGGALFVHRD TPKNNPETPF DFTPENYKRI EAIVKNYPEG HKAAAVLPVL DLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTMY NRKPVGKYHI QVCTTTPCML RNSDSILEAI QKKLGIKVGE T TPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN YYEDLTPKDI EEIIDELKAG KIPKPGPRSG RFSCEPAGGL TSLTEPPKGP GF GVQAGL

+
分子 #3: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 79.519297 KDa
配列文字列: MLRIPVRKAL VGLSKSSKGC VRTTATAASN LIEVFVDGQS VMVEPGTTVL QACEKVGMQI PRFCYHERLS VAGNCRMCLV EIEKAPKVV AACAMPVMKG WNILTNSEKT KKAREGVMEF LLANHPLDCP ICDQGGECDL QDQSMMFGSD RSRFLEGKRA V EDKNIGPL ...文字列:
MLRIPVRKAL VGLSKSSKGC VRTTATAASN LIEVFVDGQS VMVEPGTTVL QACEKVGMQI PRFCYHERLS VAGNCRMCLV EIEKAPKVV AACAMPVMKG WNILTNSEKT KKAREGVMEF LLANHPLDCP ICDQGGECDL QDQSMMFGSD RSRFLEGKRA V EDKNIGPL VKTIMTRCIQ CTRCIRFASE IAGVDDLGTT GRGNDMQVGT YIEKMFMSEL SGNIIDICPV GALTSKPYAF TA RPWETRK TESIDVMDAV GSNIVVSTRT GEVMRILPRM HEDINEEWIS DKTRFAYDGL KRQRLTEPMV RNEKGLLTHT TWE DALSRV AGMLQSCQGN DVAAIAGGLV DAEALIALKD LLNRVDSDTL CTEEVFPTAG AGTDLRSNYL LNTTIAGVEE ADVV LLVGT NPRFEAPLFN ARIRKSWLHN DLKVALIGSP VDLTYRYDHL GDSPKILQDI ASGSHPFSQV LQEAKKPMVV LGSSA LQRN DGAAILAAVS NIAQKIRTSS GVTGDWKVMN ILHRIASQVA ALDLGYKPGV EAIRKNPPKM LFLLGADGGC VTRQDL PKD CFIVYQGHHG DVGAPIADVI LPGAAYTEKS ATYVNTEGRA QQTKVAVMPP GLAREDWKII RALSEIAGMT LPYDTLD QV RNRLEEVSPN LVRYDDVEGA NYFQQASELS KLVNQQLLAD PLVPPQLTIK DFYMTDSISR ASQTMAKCVK AVTEGAHA V EEPSIC

+
分子 #4: Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 52.661453 KDa
配列文字列: MAALRALRRL RGAAAQVLRP GAGARLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQYGGA VMYPTKETAH WKPPPWNDVD PPKDTLVSNL TLNFGPQHP AAHGVLRLVM ELSGEMVRKC DPHIGLLH(2MR)G TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSMMCNEQ AYSLAVE KL ...文字列:
MAALRALRRL RGAAAQVLRP GAGARLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQYGGA VMYPTKETAH WKPPPWNDVD PPKDTLVSNL TLNFGPQHP AAHGVLRLVM ELSGEMVRKC DPHIGLLH(2MR)G TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSMMCNEQ AYSLAVE KL LNIQPPPRAQ WIRVLFGEIT RLLNHIMAVT THALDIGAMT PFFWMFEERE KMFEFYERVS GARMHAAYVR PGGVHQDL P LGLMDDIYEF SKNFSLRIDE LEEMLTNNRI WRNRTVDIGV VTAEDALNYG FSGVMLRGSG IQWDLRKTQP YDVYDQVEF DVPIGSRGDC YDRYLCRVEE MRQSIRIISQ CLNKMPPGEI KVDDAKVSPP KRAEMKTSME SLIHHFKLYT EGYQVPPGAT YTAIEAPKG EFGVYLVSDG SSRPYRCKIK APGFAHLAGL DKMSKGHMLA DVVAIIGTQD IVFGEVDR

+
分子 #5: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 30.38457 KDa
配列文字列: PVKMAAAAAR GCWQRLVGSA APARVAGRPS VLLLPVRRES ASADTRPTVR PRNDVAHKQL SAFGEYVAEI LPKYVQQVQV SCFSELEIC IHPDGVIPVL TFLRDHSNAQ FKSLADLTAV DIPTRQNRFE IVYNLLSLRF NSRIRVKTYT DELTPVESSV S VYKAANWY ...文字列:
PVKMAAAAAR GCWQRLVGSA APARVAGRPS VLLLPVRRES ASADTRPTVR PRNDVAHKQL SAFGEYVAEI LPKYVQQVQV SCFSELEIC IHPDGVIPVL TFLRDHSNAQ FKSLADLTAV DIPTRQNRFE IVYNLLSLRF NSRIRVKTYT DELTPVESSV S VYKAANWY EREIWDMFGV FFANHPDLRR ILTDYGFEGH PFRKDFPLSG YVELRYDDEV KRVVAEPVEL AQEFRKFDLN SP WEAFPAY RQPPESLKLE AGDKKPEAK

+
分子 #6: Mitochondrial complex I, PSST subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, PSST subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 24.6229 KDa
配列文字列: MLPLKFPGRG GAAPRLFHPI LAVRSGMGAA LQVRGVHSSM AADSPSSTQP AVSQARAVVP KPAALPSSRG EYVVAKLDDL INWARRSSL WPMTFGLACC AVEMMHMAAP RYDMDRFGVV FRASPRQSDV MIVAGTLTNK MAPALRKVYD QMPEPRYVVS M GSCANGGG ...文字列:
MLPLKFPGRG GAAPRLFHPI LAVRSGMGAA LQVRGVHSSM AADSPSSTQP AVSQARAVVP KPAALPSSRG EYVVAKLDDL INWARRSSL WPMTFGLACC AVEMMHMAAP RYDMDRFGVV FRASPRQSDV MIVAGTLTNK MAPALRKVYD QMPEPRYVVS M GSCANGGG YYHYSYSVVR GCDRIVPVDI YVPGCPPTAE ALLYGILQLQ KKIKREKRLR IWYRR

+
分子 #7: Mitochondrial complex I, TYKY subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, TYKY subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 24.496121 KDa
配列文字列: MRKPKMRCLT MPVLLRALAQ AQAARAGHAS GRGLHSSAVA ATYKYVNLRE PSMDMKSVTD RAAQTLLWTE LIRGLGMTLS YLFREPATI NYPFEKGPLS PRFRGEHALR RYPSGEERCI ACKLCEAVCP AQAITIEAEP RADGSRRTTR YDIDMTKCIY C GFCQEACP ...文字列:
MRKPKMRCLT MPVLLRALAQ AQAARAGHAS GRGLHSSAVA ATYKYVNLRE PSMDMKSVTD RAAQTLLWTE LIRGLGMTLS YLFREPATI NYPFEKGPLS PRFRGEHALR RYPSGEERCI ACKLCEAVCP AQAITIEAEP RADGSRRTTR YDIDMTKCIY C GFCQEACP VDAIVEGPNF EFSTETHEEL LYNKEKLLNN GDKWEAEIAA NIQADYLYR

+
分子 #8: Mitochondrial complex I, 10 kDa subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, 10 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 11.916529 KDa
配列文字列:
MAASLLLRQG RPGTLKTVLL EAGVFRGLAP AVSLSAESGK NEKGLPPNPK KQSPPKKPAS AAPTEPFDNT TYKNLQHHDY STYTFLDLN LDLSKFRMPQ PSSGRESPRH

+
分子 #9: Mitochondrial complex I, 13 kDa subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, 13 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 13.457175 KDa
配列文字列:
MAAAVTFLRL LGRGGAVTRG LPGGARCFGV RTSPTGEKVT HTGQVYDDED YRRVRFVGRQ KEVNENFAID LIAEQPVSQV GSRVISCDG GGGALGHPRV YINLDKETKT GTCGYCGLQF RQQHH

+
分子 #10: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 19.381994 KDa
配列文字列:
MSVALRQALW GRRVGTVAAV SVSKVSTRSL STSTWRLAQD QTRDTQLITV DEKLDITTLT GVPEEHIKTR KARIFVPARN NMQSGVNNT KKWKMEFDTR ERWENPLMGW ASTADPLSNL VLTFSTKEDA IAFAEKNGWS YDVEERKVPK PKSKSYGANF S WNKRTRVS TK

+
分子 #11: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 43.02559 KDa
配列文字列: MAAAVHLRVV RVLPMSRSSV PALAASVFHS PPQRQLHHAV IPHGKGGRSS VSGIVATVFG ATGFLGRYLV NHLGRMGSQV IVPYRCEPY DTMHLRPMGD LGQIIFMDWN GRDKDSIRRA VEHSNVVINL VGREWETKNF DFEDVFVKIP QAIAQVSKEA G VEKFIHIS ...文字列:
MAAAVHLRVV RVLPMSRSSV PALAASVFHS PPQRQLHHAV IPHGKGGRSS VSGIVATVFG ATGFLGRYLV NHLGRMGSQV IVPYRCEPY DTMHLRPMGD LGQIIFMDWN GRDKDSIRRA VEHSNVVINL VGREWETKNF DFEDVFVKIP QAIAQVSKEA G VEKFIHIS HLNADIKSSS KYLRNKAVGE KEVRETFPEA TIIKPADIFG REDRFLNYFA NIRWFGGVPL ISLGKKTVKQ PV YIVDVTK GIINAIKDPD ARGKTFAFVG PNRYLLFDLV QYVFAVAHRP FLPYPMPHFA YRWIGRLFEI SPFEPWTTRD KVE RIHTTD RTLPHLPGLE DLGVQATPLE LKAIEVLRRH RTYRWLSSEI EDVQPAKTVP ASGP

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 11.097824 KDa
配列文字列:
MAAAAAIRGV RGKLGLREIR IHLCQRSPGS QGVRDFIEKR YVELKKANPD LPILIRECSD VQPKLWARYA FGQEKNVSLN NFSADQVTR ALENVLSSKA

+
分子 #13: Mitochondrial complex I, B13 subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, B13 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 13.287505 KDa
配列文字列:
MAGLLKKTTG LVGLAVCETP HERLKILYTK ILDVLGHIPK NAAYRKYTEQ ITNEKLSIVK AEPDVKKLEE QLQGGQIEEV ILQAENELS LARKMIQWKP WEPLVEEPPA SQWKWPI

+
分子 #14: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 16.302812 KDa
配列文字列:
NGVELGSDFL SKMAASGLRQ AAVAASTSVK PIFSRDMNEA KRRVRELYRA WYREVPNTVH LFQLDISVKQ GRDKVREMFK KNAHVTDPR VVDLLVIKGK MELEETINVW KQRTHVMRFF HETEAPRPKD FLSKFYVGHD P

+
分子 #15: Mitochondrial complex I, B14.5a subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, B14.5a subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 12.701613 KDa
配列文字列:
KM(AYA)SATRLIQ GLRNWASGRD LQAKLQLRYQ EISKRTQPPP KLPVGPSHRL SNNYYCARDG RREAMPPSIV MSSQKV LVA GKPAESSAVA ASEKKAVSPA PPIKRWELSQ DEPYL

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 17.115508 KDa
配列文字列:
MELLQVLKRG LQQVSGHGGL RGYLRVLFRA NDVRVGTLVG EDKYGNKYYE DNKQFFGRHR WVIYTTEMNG KNTFWDVDGS MVPPEWHRW LHCMTDDPPT VKPPTARKFI WTNHKFNLSG TPQQYVPYST TRKKIQEWVP PSTPYK

+
分子 #17: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 17.608199 KDa
配列文字列:
VEVKDFYTTN YQTAVSFSPL GPMPSMALMA VSLSGANVPK SGGRPEESRV PVLTQRKVPG RVTPLCRQYS DAPPLTLEGI KDRVLYVLK LYDKIDPEKL SVNSHFMKDL GLDSLDQVEI IMAMEDEFGF EIPDIDAEKL MCPQEIVDYI ADKKDVYE

+
分子 #18: Mitochondrial complex I, B16.6 subunit

分子名称: Mitochondrial complex I, B16.6 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ)
分子量理論値: 16.766461 KDa
配列文字列:
MAASKVKQDM PPVGGYGPID YKRNLPRRGL SGYSMFAVGI GALLFGYWSM MRWNRERRRL QIEDFEARIA LMPLLQAEKD RRVLQMLRE NLEEEATIMK DVPGWKVGES VFHTTRWVTP MMGELYGLRT GEEILSSTYG FIWYT

+
分子 #19: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #20: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

+
分子 #21: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: NAI
分子量理論値: 665.441 Da
Chemical component information

ChemComp-NAI:
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

+
分子 #22: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #23: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #24: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

+
分子 #25: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da

+
分子 #26: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #27: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

+
分子 #28: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: ZMP
分子量理論値: 568.704 Da
Chemical component information

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

+
分子 #29: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

+
分子 #30: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1472 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.15)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5lnk

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 315484
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5lnk

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 38 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6zk9:
Peripheral domain of open complex I during turnover

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る