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- EMDB-10536: SUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10536
タイトルSUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain
マップデータ
試料
  • 複合体: SUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain
    • 複合体: Body 2 with repositioned APC2 WHB domain after multi body refinement
      • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • 複合体: Unidentified peptide
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process ...positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of exit from mitosis / positive regulation of synaptic plasticity / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of axon extension / ヘテロクロマチン / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / 紡錘体 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 動原体 / spindle / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin-protein transferase activity / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / mitotic cell cycle / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / 細胞分化 / protein ubiquitination / 細胞周期 / 細胞分裂 / negative regulation of gene expression / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain ...Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 ...Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Barford D / Yatskevich S
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanisms of APC/C release from spindle assembly checkpoint inhibition by APC/C SUMOylation.
著者: Stanislau Yatskevich / Jessie S Kroonen / Claudio Alfieri / Thomas Tischer / Anna C Howes / Linda Clijsters / Jing Yang / Ziguo Zhang / Kaige Yan / Alfred C O Vertegaal / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is an E3 ubiquitin ligase that controls cell cycle transitions. Its regulation by the spindle assembly checkpoint (SAC) is coordinated with the ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is an E3 ubiquitin ligase that controls cell cycle transitions. Its regulation by the spindle assembly checkpoint (SAC) is coordinated with the attachment of sister chromatids to the mitotic spindle. APC/C SUMOylation on APC4 ensures timely anaphase onset and chromosome segregation. To understand the structural and functional consequences of APC/C SUMOylation, we reconstituted SUMOylated APC/C for electron cryo-microscopy and biochemical analyses. SUMOylation of the APC/C causes a substantial rearrangement of the WHB domain of APC/C's cullin subunit (APC2). Although APC/C SUMOylation results in a modest impact on normal APC/C activity, repositioning APC2 reduces the affinity of APC/C for the mitotic checkpoint complex (MCC), the effector of the SAC. This attenuates MCC-mediated suppression of APC/C activity, allowing for more efficient ubiquitination of APC/C substrates in the presence of the MCC. Thus, SUMOylation stimulates the reactivation of APC/C when the SAC is silenced, contributing to timely anaphase onset.
履歴
登録2019年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月13日-
マップ公開2021年1月13日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0117
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6tnt
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10536.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0117 / ムービー #1: 0.0117
最小 - 最大-0.028660866 - 0.05977961
平均 (標準偏差)0.00038521993 (±0.0026360943)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ338338338
Spacing338338338
セルA=B=C: 366.73 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0851.0851.085
M x/y/z338338338
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.730366.730366.730
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS338338338
D min/max/mean-0.0290.0600.000

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_10536_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain

全体名称: SUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain
要素
  • 複合体: SUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain
    • 複合体: Body 2 with repositioned APC2 WHB domain after multi body refinement
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 1後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 11後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein 23 homolog細胞周期
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 15後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 16後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein 27 homolog細胞周期
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit CDC26後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 4後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein 16 homolog細胞周期
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 10後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 13後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 2後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 5後期促進複合体
      • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 7後期促進複合体
    • 複合体: Unidentified peptide
      • タンパク質・ペプチド: UNIDENTIFIED PEPTIDE
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: SUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain

超分子名称: SUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
詳細: Overall map of the SUMOylated apoAPC/C that shows re-positioned APC2 WHB domain

+
超分子 #2: Body 2 with repositioned APC2 WHB domain after multi body refinement

超分子名称: Body 2 with repositioned APC2 WHB domain after multi body refinement
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#13, #15
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #3: Unidentified peptide

超分子名称: Unidentified peptide / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #1: Anaphase-promoting complex subunit 1

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 216.725469 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSNFYEERTT MIAARDLQEF VPFGRDHCKH HPNALNLQLR QLQPASELWS SDGAAGLVGS LQEVTIHEKQ KESWQLRKGV SEIGEDVDY DEELYVAGNM VIWSKGSKSQ ALAVYKAFTV DSPVQQALWC DFIISQDKSE KAYSSNEVEK CICILQSSCI N MHSIEGKD ...文字列:
MSNFYEERTT MIAARDLQEF VPFGRDHCKH HPNALNLQLR QLQPASELWS SDGAAGLVGS LQEVTIHEKQ KESWQLRKGV SEIGEDVDY DEELYVAGNM VIWSKGSKSQ ALAVYKAFTV DSPVQQALWC DFIISQDKSE KAYSSNEVEK CICILQSSCI N MHSIEGKD YIASLPFQVA NVWPTKYGLL FERSASSHEV PPGSPREPLP TMFSMLHPLD EITPLVCKSG SLFGSSRVQY VV DHAMKIV FLNTDPSIVM TYDAVQNVHS VWTLRRVKSE EENVVLKFSE QGGTPQNVAT SSSLTAHLRS LSKGDSPVTS PFQ NYSSIH SQSRSTSSPS LHSRSPSISN MAALSRAHSP ALGVHSFSGV QRFNISSHNQ SPKRHSISHS PNSNSNGSFL APET EPIVP ELCIDHLWTE TITNIREKNS QASKVFITSD LCGQKFLCFL VESQLQLRCV KFQESNDKTQ LIFGSVTNIP AKDAA PVEK IDTMLVLEGS GNLVLYTGVV RVGKVFIPGL PAPSLTMSNT MPRPSTPLDG VSTPKPLSKL LGSLDEVVLL SPVPEL RDS SKLHDSLYNE DCTFQQLGTY IHSIRDPVHN RVTLELSNGS MVRITIPEIA TSELVQTCLQ AIKFILPKEI AVQMLVK WY NVHSAPGGPS YHSEWNLFVT CLMNMMGYNT DRLAWTRNFD FEGSLSPVIA PKKARPSETG SDDDWEYLLN SDYHQNVE S HLLNRSLCLS PSEASQMKDE DFSQNLSLDS STLLFTHIPA IFFVLHLVYE ELKLNTLMGE GICSLVELLV QLARDLKLG PYVDHYYRDY PTLVRTTGQV CTIDPGQTGF MHHPSFFTSE PPSIYQWVSS CLKGEGMPPY PYLPGICERS RLVVLSIALY ILGDESLVS DESSQYLTRI TIAPQKLQVE QEENRFSFRH STSVSSLAER LVVWMTNVGF TLRDLETLPF GIALPIRDAI Y HCREQPAS DWPEAVCLLI GRQDLSKQAC EGNLPKGKSV LSSDVPSGTE TEEEDDGMND MNHEVMSLIW SEDLRVQDVR RL LQSAHPV RVNVVQYPEL SDHEFIEEKE NRLLQLCQRT MALPVGRGMF TLFSYHPVPT EPLPIPKLNL TGRAPPRNTT VDL NSGNID VPPNMTSWAS FHNGVAAGLK IAPASQIDSA WIVYNKPKHA ELANEYAGFL MALGLNGHLT KLATLNIHDY LTKG HEMTS IGLLLGVSAA KLGTMDMSIT RLLSIHIPAL LPPTSTELDV PHNVQVAAVV GIGLVYQGTA HRHTAEVLLA EIGRP PGPE MEYCTDRESY SLAAGLALGM VCLGHGSNLI GMSDLNVPEQ LYQYMVGGHR RFQTGMHREK HKSPSYQIKE GDTINV DVT CPGATLALAM IYLKTNNRSI ADWLRAPDTM YLLDFVKPEF LLLRTLARCL ILWDDILPNS KWVDSNVPQI IRENSIS LS EIELPCSEDL NLETLSQAHV YIIAGACLSL GFRFAGSENL SAFNCLHKFA KDFMTYLSAP NASVTGPHNL ETCLSVVL L SLAMVMAGSG NLKVLQLCRF LHMKTGGEMN YGFHLAHHMA LGLLFLGGGR YSLSTSNSSI AALLCALYPH FPAHSTDNR YHLQALRHLY VLAAEPRLLV PVDVDTNTPC YALLEVTYKG TQWYEQTKEE LMAPTLLPEL HLLKQIKVKG PRYWELLIDL SKGTQHLKS ILSKDGVLYV KLRAGQLSYK EDPMGWQSLL AQTVANRNSE ARAFKPETIS AFTSDPALLS FAEYFCKPTV N MGQKQEIL DLFSSVLYEC VTQETPEMLP AYIAMDQAIR RLGRREMSET SELWQIKLVL EFFSSRSHQE RLQNHPKRGL FM NSEFLPV VKCTIDNTLD QWLQVGGDMC VHAYLSGQPL EESQLSMLAC FLVYHSVPAP QHLPPIGLEG STSFAELLFK FKQ LKMPVR ALLRLAPLLL GNPQPMVM

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分子 #2: Anaphase-promoting complex subunit 11

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.854647 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MKVKIKCWNG VATWLWVAND ENCGICRMAF NGCCPDCKVP GDDCPLVWGQ CSHCFHMHCI LKWLHAQQVQ QHCPMCRQEW KFKE

+
分子 #3: Cell division cycle protein 23 homolog

分子名称: Cell division cycle protein 23 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.921031 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAASTSMVPV AVTAAVAPVL SINSDFSDLR EIKKQLLLIA GLTRERGLLH SSKWSAELAF SLPALPLAEL QPPPPITEED AQDMDAYTL AKAYFDVKEY DRAAHFLHGC NSKKAYFLYM YSRYLSGEKK KDDETVDSLG PLEKGQVKNE ALRELRVELS K KHQARELD ...文字列:
MAASTSMVPV AVTAAVAPVL SINSDFSDLR EIKKQLLLIA GLTRERGLLH SSKWSAELAF SLPALPLAEL QPPPPITEED AQDMDAYTL AKAYFDVKEY DRAAHFLHGC NSKKAYFLYM YSRYLSGEKK KDDETVDSLG PLEKGQVKNE ALRELRVELS K KHQARELD GFGLYLYGVV LRKLDLVKEA IDVFVEATHV LPLHWGAWLE LCNLITDKEM LKFLSLPDTW MKEFFLAHIY TE LQLIEEA LQKYQNLIDV GFSKSSYIVS QIAVAYHNIR DIDKALSIFN ELRKQDPYRI ENMDTFSNLL YVRSMKSELS YLA HNLCEI DKYRVETCCV IGNYYSLRSQ HEKAALYFQR ALKLNPRYLG AWTLMGHEYM EMKNTSAAIQ AYRHAIEVNK RDYR AWYGL GQTYEILKMP FYCLYYYRRA HQLRPNDSRM LVALGECYEK LNQLVEAKKC YWRAYAVGDV EKMALVKLAK LHEQL TESE QAAQCYIKYI QDIYSCGEIV EHLEESTAFR YLAQYYFKCK LWDEASTCAQ KCCAFNDTRE EGKALLRQIL QLRNQG ETP TTEVPAPFFL PASLSANNTP TRRVSPLNLS SVTP

+
分子 #4: Anaphase-promoting complex subunit 15

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.286727 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSTLFPSLFP RVTETLWFNL DRPCVEETEL QQQEQQHQAW LQSIAEKDNN LVPIGKPASE HYDDEEEEDD EDDEDSEEDS EDDEDMQDM DEMNDYNESP DDGEVNEVDM EGNEQDQDQW MI

+
分子 #5: Anaphase-promoting complex subunit 16

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.677995 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MAASSSSSSA GGVSGSSVTG SGFSVSDLAP PRKALFTYPK GAGEMLEDGS ERFLCESVFS YQVASTLKQV KHDQQVARME KLAGLVEEL EADEWRFKPI EQLLGFTPSS G

+
分子 #6: Cell division cycle protein 27 homolog

分子名称: Cell division cycle protein 27 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.973125 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTVLQEPVQA AIWQALNHYA YRDAVFLAER LYAEVHSEEA LFLLATCYYR SGKAYKAYRL LKGHSCTTPQ CKYLLAKCCV DLSKLAEGE QILSGGVFNK QKSHDDIVTE FGDSACFTLS LLGHVYCKTD RLAKGSECYQ KSLSLNPFLW SPFESLCEIG E KPDPDQTF ...文字列:
MTVLQEPVQA AIWQALNHYA YRDAVFLAER LYAEVHSEEA LFLLATCYYR SGKAYKAYRL LKGHSCTTPQ CKYLLAKCCV DLSKLAEGE QILSGGVFNK QKSHDDIVTE FGDSACFTLS LLGHVYCKTD RLAKGSECYQ KSLSLNPFLW SPFESLCEIG E KPDPDQTF KFTSLQNFSN CLPNSCTTQV PNHSLSHRQP ETVLTETPQD TIELNRLNLE SSNSKYSLNT DSSVSYIDSA VI SPDTVPL GTGTSILSKQ VQNKPKTGRS LLGGPAALSP LTPSFGILPL ETPSPGDGSY LQNYTNTPPV IDVPSTGAPS KKS VARIGQ TGTKSVFSQS GNSREVTPIL AQTQSSGPQT STTPQVLSPT ITSPPNALPR RSSRLFTSDS STTKENSKKL KMKF PPKIP NRKTKSKTNK GGITQPNIND SLEITKLDSS IISEGKISTI TPQIQAFNLQ KAAAEGLMSL LREMGKGYLA LCSYN CKEA INILSHLPSH HYNTGWVLCQ IGRAYFELSE YMQAERIFSE VRRIENYRVE GMEIYSTTLW HLQKDVALSV LSKDLT DMD KNSPEAWCAA GNCFSLQREH DIAIKFFQRA IQVDPNYAYA YTLLGHEFVL TEELDKALAC FRNAIRVNPR HYNAWYG LG MIYYKQEKFS LAEMHFQKAL DINPQSSVLL CHIGVVQHAL KKSEKALDTL NKAIVIDPKN PLCKFHRASV LFANEKYK S ALQELEELKQ IVPKESLVYF LIGKVYKKLG QTHLALMNFS WAMDLDPKGA NNQIKEAIDK RYLPDDEEPI TQEEQIMGT DESQESSMTD ADDTQLHAAE SDEF

+
分子 #7: Anaphase-promoting complex subunit CDC26

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.793999 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MLRRKPTRLE LKLDDIEEFE NIRKDLETRK KQKEDVEVVG GSDGEGAIGL SSDPKSREQM INDRIGYKPQ PKPNNRSSQF GSLEF

+
分子 #8: Anaphase-promoting complex subunit 4

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.219227 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLRFPTCFPS FRVVGEKQLP QEIIFLVWSP KRDLIALANT AGEVLLHRLA SFHRVWSFPP NENTGKEVTC LAWRPDGKLL AFALADTKK IVLCDVEKPE SLHSFSVEAP VSCMHWMEVT VESSVLTSFY NAEDESNLLL PKLPTLPKNY SNTSKIFSEE N SDEIIKLL ...文字列:
MLRFPTCFPS FRVVGEKQLP QEIIFLVWSP KRDLIALANT AGEVLLHRLA SFHRVWSFPP NENTGKEVTC LAWRPDGKLL AFALADTKK IVLCDVEKPE SLHSFSVEAP VSCMHWMEVT VESSVLTSFY NAEDESNLLL PKLPTLPKNY SNTSKIFSEE N SDEIIKLL GDVRLNILVL GGSSGFIELY AYGMFKIARV TGIAGTCLAL CLSSDLKSLS VVTEVSTNGA SEVSYFQLET NL LYSFLPE VTRMARKFTH ISALLQYINL SLTCMCEAWE EILMQMDSRL TKFVQEKNTT TSVQDEFMHL LLWGKASAEL QTL LMNQLT VKGLKKLGQS IESSYSSIQK LVISHLQSGS ESLLYHLSEL KGMASWKQKY EPLGLDAAGI EEAITAVGSF ILKA NELLQ VIDSSMKNFK AFFRWLYVAM LRMTEDHVLP ELNKMTQKDI TFVAEFLTEH FNEAPDLYNR KGKYFNVERV GQYLK DEDD DLVSPPNTEG NQWYDFLQNS SHLKESPLLF PYYPRKSLHF VKRRMENIID QCLQKPADVI GKSMNQAICI PLYRDT RSE DSTRRLFKFP FLWNNKTSNL HYLLFTILED SLYKMCILRR HTDISQSVSN GLIAIKFGSF TYATTEKVRR SIYSCLD AQ FYDDETVTVV LKDTVGREGR DRLLVQLPLS LVYNSEDSAE YQFTGTYSTR LDEQCSAIPT RTMHFEKHWR LLESMKAQ Y VAGNGFRKVS CVLSSNLRHV RVFEMDIDDE WELDESSDEE EEASNKPVKI KEEVLSESEA ENQQAGAAAL APEIVIKVE KLDPELDS

+
分子 #9: Cell division cycle protein 16 homolog

分子名称: Cell division cycle protein 16 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.747516 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNLERLRKRV RQYLDQQQYQ SALFWADKVA SLSREEPQDI YWLAQCLYLT AQYHRAAHAL RSRKLDKLYE ACRYLAARCH YAAKEHQQA LDVLDMEEPI NKRLFEKYLK DESGFKDPSS DWEMSQSSIK SSICLLRGKI YDALDNRTLA TYSYKEALKL D VYCFEAFD ...文字列:
MNLERLRKRV RQYLDQQQYQ SALFWADKVA SLSREEPQDI YWLAQCLYLT AQYHRAAHAL RSRKLDKLYE ACRYLAARCH YAAKEHQQA LDVLDMEEPI NKRLFEKYLK DESGFKDPSS DWEMSQSSIK SSICLLRGKI YDALDNRTLA TYSYKEALKL D VYCFEAFD LLTSHHMLTA QEEKELLESL PLSKLCNEEQ ELLRFLFENK LKKYNKPSET VIPESVDGLQ ENLDVVVSLA ER HYYNCDF KMCYKLTSVV MEKDPFHASC LPVHIGTLVE LNKANELFYL SHKLVDLYPS NPVSWFAVGC YYLMVGHKNE HAR RYLSKA TTLEKTYGPA WIAYGHSFAV ESEHDQAMAA YFTAAQLMKG CHLPMLYIGL EYGLTNNSKL AERFFSQALS IAPE DPFVM HEVGVVAFQN GEWKTAEKWF LDALEKIKAI GNEVTVDKWE PLLNNLGHVC RKLKKYAEAL DYHRQALVLI PQNAS TYSA IGYIHSLMGN FENAVDYFHT ALGLRRDDTF SVTMLGHCIE MYIGDSEAYI GADIKDKLKC YDFDVHTMKT LKNIIS PPW DFREFEVEKQ TAEETGLTPL ETSRKTPDSR PSLEETFEIE MNESDMMLET SMSDHST

+
分子 #10: Anaphase-promoting complex subunit 10

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.282143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MTTPNKTPPG ADPKQLERTG TVREIGSQAV WSLSSCKPGF GVDQLRDDNL ETYWQSDGSQ PHLVNIQFRR KTTVKTLCIY ADYKSDESY TPSKISVRVG NNFHNLQEIR QLELVEPSGW IHVPLTDNHK KPTRTFMIQI AVLANHQNGR DTHMRQIKIY T PVEESSIG KFPRCTTIDF MMYRSIR

+
分子 #11: Anaphase-promoting complex subunit 13

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.528309 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDSEVQRDGR ILDLIDDAWR EDKLPYEDVA IPLNELPEPE QDNGGTTESV KEQEMKWTDL ALQYLHENVP PIGN

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分子 #12: Anaphase-promoting complex subunit 2

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.938977 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAAVVVAEG DSDSRPGQEL LVAWNTVSTG LVPPAALGLV SSRTSGAVPP KEEELRAAVE VLRGHGLHSV LEEWFVEVLQ NDLQANISP EFWNAISQCE NSADEPQCLL LLLDAFGLLE SRLDPYLRSL ELLEKWTRLG LLMGTGAQGL REEVHTMLRG V LFFSTPRT ...文字列:
MAAAVVVAEG DSDSRPGQEL LVAWNTVSTG LVPPAALGLV SSRTSGAVPP KEEELRAAVE VLRGHGLHSV LEEWFVEVLQ NDLQANISP EFWNAISQCE NSADEPQCLL LLLDAFGLLE SRLDPYLRSL ELLEKWTRLG LLMGTGAQGL REEVHTMLRG V LFFSTPRT FQEMIQRLYG CFLRVYMQSK RKGEGGTDPE LEGELDSRYA RRRYYRLLQS PLCAGCSSDK QQCWCRQALE QF HQLSQVL HRLSLLERVS AEAVTTTLHQ VTRERMEDRC RGEYERSFLR EFHKWIERVV GWLGKVFLQD GPARPASPEA GNT LRRWRC HVQRFFYRIY ASLRIEELFS IVRDFPDSRP AIEDLKYCLE RTDQRQQLLV SLKAALETRL LHPGVNTCDI ITLY ISAIK ALRVLDPSMV ILEVACEPIR RYLRTREDTV RQIVAGLTGD SDGTGDLAVE LSKTDPASLE TGQDSEDDSG EPEDW VPDP VDADPGKSSS KRRSSDIISL LVSIYGSKDL FINEYRSLLA DRLLHQFSFS PEREIRNVEL LKLRFGEAPM HFCEVM LKD MADSRRINAN IREEDEKRPA EEQPPFGVYA VILSSEFWPP FKDEKLEVPE DIRAALEAYC KKYEQLKAMR TLSWKHT LG LVTMDVELAD RTLSVAVTPV QAVILLYFQD QASWTLEELS KAVKMPVALL RRRMSVWLQQ GVLREEPPGT FSVIEEER P QDRDNMVLID SDDESDSGMA SQADQKEEEL LLFWTYIQAM LTNLESLSLD RIYNMLRMFV VTGPALAEID LQELQGYLQ KKVRDQQLVY SAGVYRLPKN CS

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分子 #13: Anaphase-promoting complex subunit 5

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.179766 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASVHESLYF NPMMTNGVVH ANVFGIKDWV TPYKIAVLVL LNEMSRTGEG AVSLMERRRL NQLLLPLLQG PDITLSKLYK LIEESCPQL ANSVQIRIKL MAEGELKDME QFFDDLSDSF SGTEPEVHKT SVVGLFLRHM ILAYSKLSFS QVFKLYTALQ Q YFQNGEKK ...文字列:
MASVHESLYF NPMMTNGVVH ANVFGIKDWV TPYKIAVLVL LNEMSRTGEG AVSLMERRRL NQLLLPLLQG PDITLSKLYK LIEESCPQL ANSVQIRIKL MAEGELKDME QFFDDLSDSF SGTEPEVHKT SVVGLFLRHM ILAYSKLSFS QVFKLYTALQ Q YFQNGEKK TVEDADMELT SRDEGERKME KEELDVSVRE EEVSCSGPLS QKQAEFFLSQ QASLLKNDET KALTPASLQK EL NNLLKFN PDFAEAHYLS YLNNLRVQDV FSSTHSLLHY FDRLILTGAE SKSNGEEGYG RSLRYAALNL AALHCRFGHY QQA ELALQE AIRIAQESND HVCLQHCLSW LYVLGQKRSD SYVLLEHSVK KAVHFGLPYL ASLGIQSLVQ QRAFAGKTAN KLMD ALKDS DLLHWKHSLS ELIDISIAQK TAIWRLYGRS TMALQQAQML LSMNSLEAVN AGVQQNNTES FAVALCHLAE LHAEQ GCFA AASEVLKHLK ERFPPNSQHA QLWMLCDQKI QFDRAMNDGK YHLADSLVTG ITALNSIEGV YRKAVVLQAQ NQMSEA HKL LQKLLVHCQK LKNTEMVISV LLSVAELYWR SSSPTIALPM LLQALALSKE YRLQYLASET VLNLAFAQLI LGIPEQA LS LLHMAIEPIL ADGAILDKGR AMFLVAKCQV ASAASYDQPK KAEALEAAIE NLNEAKNYFA KVDCKERIRD VVYFQARL Y HTLGKTQERN RCAMLFRQLH QELPSHGVPL INHL

+
分子 #14: UNIDENTIFIED PEPTIDE

分子名称: UNIDENTIFIED PEPTIDE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 1.183313 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
AAAAAQLAAA AAAAA

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分子 #15: Anaphase-promoting complex subunit 7

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.929367 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDPGDAAILE SSLRILYRLF ESVLPPLPAA LQSRMNVIDH VRDMAAAGLH SNVRLLSSLL LTMSNNNPEL FSPPQKYQLL VYHADSLFH DKEYRNAVSK YTMALQQKKA LSKTSKVRPS TGNSASTPQS QCLPSEIEVK YKMAECYTML KQDKDAIAIL D GIPSRQRT ...文字列:
MDPGDAAILE SSLRILYRLF ESVLPPLPAA LQSRMNVIDH VRDMAAAGLH SNVRLLSSLL LTMSNNNPEL FSPPQKYQLL VYHADSLFH DKEYRNAVSK YTMALQQKKA LSKTSKVRPS TGNSASTPQS QCLPSEIEVK YKMAECYTML KQDKDAIAIL D GIPSRQRT PKINMMLANL YKKAGQERPS VTSYKEVLRQ CPLALDAILG LLSLSVKGAE VASMTMNVIQ TVPNLDWLSV WI KAYAFVH TGDNSRAIST ICSLEKKSLL RDNVDLLGSL ADLYFRAGDN KNSVLKFEQA QMLDPYLIKG MDVYGYLLAR EGR LEDVEN LGCRLFNISD QHAEPWVVSG CHSFYSKRYS RALYLGAKAI QLNSNSVQAL LLKGAALRNM GRVQEAIIHF REAI RLAPC RLDCYEGLIE CYLASNSIRE AMVMANNVYK TLGANAQTLT LLATVCLEDP VTQEKAKTLL DKALTQRPDY IKAVV KKAE LLSREQKYED GIALLRNALA NQSDCVLHRI LGDFLVAVNE YQEAMDQYSI ALSLDPNDQK SLEGMQKMEK EESPTD ATQ EEDVDDMEGS GEEGDLEGSD SEAAQWADQE QWFGMQ

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分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.16 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.00)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 137954

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る