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- EMDB-10248: BamABCDE in MSP1D1 nanodisc ensemble 0-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10248
タイトルBamABCDE in MSP1D1 nanodisc ensemble 0-1
マップデータBamABCDE in MSP1D1 nanodisc ensemble 0-1
試料
  • 複合体: Bam complexBam A
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
キーワードOuter membrane / OMP / beta-barrel (Βバレル) / folding / insertion / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat ...Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamD
類似検索 - 構成要素
生物種escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Iadanza MG / Ranson NA
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/P018491/1 英国
Wellcome Trust090932/Z/09/Z 英国
Wellcome Trust094232/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust105220/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Distortion of the bilayer and dynamics of the BAM complex in lipid nanodiscs.
著者: Matthew G Iadanza / Bob Schiffrin / Paul White / Matthew A Watson / Jim E Horne / Anna J Higgins / Antonio N Calabrese / David J Brockwell / Roman Tuma / Antreas C Kalli / Sheena E Radford / Neil A Ranson /
要旨: The β-barrel assembly machinery (BAM) catalyses the folding and insertion of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) into the outer membranes of Gram-negative bacteria by mechanisms that remain ...The β-barrel assembly machinery (BAM) catalyses the folding and insertion of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) into the outer membranes of Gram-negative bacteria by mechanisms that remain unclear. Here, we present an ensemble of cryoEM structures of the E. coli BamABCDE (BAM) complex in lipid nanodiscs, determined using multi-body refinement techniques. These structures, supported by single-molecule FRET measurements, describe a range of motions in the BAM complex, mostly localised within the periplasmic region of the major subunit BamA. The β-barrel domain of BamA is in a 'lateral open' conformation in all of the determined structures, suggesting that this is the most energetically favourable species in this bilayer. Strikingly, the BAM-containing lipid nanodisc is deformed, especially around BAM's lateral gate. This distortion is also captured in molecular dynamics simulations, and provides direct structural evidence for the lipid 'disruptase' activity of BAM, suggested to be an important part of its functional mechanism.
履歴
登録2019年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0119
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0119
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sn0
  • 表面レベル: 0.0119
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BamABCDE in MSP1D1 nanodisc ensemble 0-1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0119 / ムービー #1: 0.0119
最小 - 最大-0.008496455 - 0.02581891
平均 (標準偏差)0.00018683872 (±0.001600907)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 319.50003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z319.500319.500319.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0080.0260.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bam complex

全体名称: Bam complexBam A
要素
  • 複合体: Bam complexBam A
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE

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超分子 #1: Bam complex

超分子名称: Bam complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: In MSP1D1 nanodisc with E. coli polar lipid extract
由来(天然)生物種: escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 87.783945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: FVVKDIHFEG LQRVAVGAAL LSMPVRTGDT VNDEDISNTI RALFATGNFE DVRVLRDGDT LLVQVKERPT IASITFSGNK SVKDDMLKQ NLEASGVRVG ESLDRTTIAD IEKGLEDFYY SVGKYSASVK AVVTPLPRNR VDLKLVFQEG VSAEIQQINI V GNHAFTTD ...文字列:
FVVKDIHFEG LQRVAVGAAL LSMPVRTGDT VNDEDISNTI RALFATGNFE DVRVLRDGDT LLVQVKERPT IASITFSGNK SVKDDMLKQ NLEASGVRVG ESLDRTTIAD IEKGLEDFYY SVGKYSASVK AVVTPLPRNR VDLKLVFQEG VSAEIQQINI V GNHAFTTD ELISHFQLRD EVPWWNVVGD RKYQKQKLAG DLETLRSYYL DRGYARFNID STQVSLTPDK KGIYVTVNIT EG DQYKLSG VEVSGNLAGH SAEIEQLTKI EPGELYNGTK VTKMEDDIKK LLGRYGYAYP RVQSMPEIND ADKTVKLRVN VDA GNRFYV RKIRFEGNDT SKDAVLRREM RQMEGAWLGS DLVDQGKERL NRLGFFETVD TDTQRVPGSP DQVDVVYKVK ERNT GSFNF GIGYGTESGV SFQAGVQQDN WLGTGYAVGI NGTKNDYQTY AELSVTNPYF TVDGVSLGGR LFYNDFQADD ADLSD YTNK SYGTDVTLGF PINEYNSLRA GLGYVHNSLS NMQPQVAMWR YLYSMGEHPS TSDQDNSFKT DDFTFNYGWT YNKLDR GYF PTDGSRVNLT GKVTIPGSDN EYYKVTLDTA TYVPIDDDHK WVVLGRTRWG YGDGLGGKEM PFYENFYAGG SSTVRGF QS NTIGPKAVYF PHQASNYDPD YDYECATQDG AKDLCKSDDA VGGNAMAVAS LEFITPTPFI SDKYANSVRT SFFWDMGT V WDTNWDSSQY SGYPDYSDPS NIRMSAGIAL QWMSPLGPLV FSYAQPFKKY DGDKAEQFQF NI

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamA

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分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamB

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 39.692156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LFNSEEDVVK MSPLPTVENQ FTPTTAWSTS VGSGIGNFYS NLHPALADNV VYAADRAGLV KALNADDGKE IWSVSLAEKD GWFSKEPAL LSGGVTVSGG HVYIGSEKAQ VYALNTSDGT VAWQTKVAGE ALSRPVVSDG LVLIHTSNGQ LQALNEADGA V KWTVNLDM ...文字列:
LFNSEEDVVK MSPLPTVENQ FTPTTAWSTS VGSGIGNFYS NLHPALADNV VYAADRAGLV KALNADDGKE IWSVSLAEKD GWFSKEPAL LSGGVTVSGG HVYIGSEKAQ VYALNTSDGT VAWQTKVAGE ALSRPVVSDG LVLIHTSNGQ LQALNEADGA V KWTVNLDM PSLSLRGESA PTTAFGAAVV GGDNGRVSAV LMEQGQMIWQ QRISQATGST EIDRLSDVDT TPVVVNGVVF AL AYNGNLT ALDLRSGQIM WKRELGSVND FIVDGNRIYL VDQNDRVMAL TIDGGVTLWT QSDLLHRLLT SPVLYNGNLV VGD SEGYLH WINVEDGRFV AQQKVDSSGF QTEPVAADGK LLIQAKDGTV YSITR

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A2S5ZNM3

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分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamC

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.096815 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
CSSDSRYKRQ VSGDEAYLEA APLAELHAPA GMILPVTSGD YAIPVTNGSG AVGKALDIR

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A4T5IPK3

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分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.008967 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EVPDNPPNEI YATAQQKLQD GNWRQAITQL EALDNRYPFG PYSQQVQLDL IYAYYKNADL PLAQAAIDRF IRLNPTHPNI DYVMYMRGL TNMALDDSAL QGFFGVDRSD RDPQHARAAF SDFSKLVRGY PNSQYTTDAT KRLVFLKDRL AKYEYSVAEY Y TERGAWVA ...文字列:
EVPDNPPNEI YATAQQKLQD GNWRQAITQL EALDNRYPFG PYSQQVQLDL IYAYYKNADL PLAQAAIDRF IRLNPTHPNI DYVMYMRGL TNMALDDSAL QGFFGVDRSD RDPQHARAAF SDFSKLVRGY PNSQYTTDAT KRLVFLKDRL AKYEYSVAEY Y TERGAWVA VVNRVEGMLR DYPDTQATRD ALPLMENAYR QMQMNAQAEK VAKIIAANSS

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamD

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分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamE

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.728837 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ERVVYRPDIN QGNYLTANDV SKIRVGMTQQ QVAYALGTPL MSDPFGTNTW FYVFRQQPGH EGVTQQTLTL TFNSSGVLTN IDNKPAL

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.6 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 15504 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 40.75 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4061


詳細: filtered to 60 Angstrom
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 11134
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ljo


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6sn0:
BamABCDE in MSP1D1 nanodisc ensemble 0-1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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