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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0565 | |||||||||||||||
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タイトル | Extracellular factors prime enterovirus particles for uncoating | |||||||||||||||
マップデータ | Echovirus 1 expanded particle sharpened map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | expanded particle / VIRUS (ウイルス) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Echovirus E1 (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Domanska A / Ruokolainen V | |||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 4件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2019 タイトル: Extracellular Albumin and Endosomal Ions Prime Enterovirus Particles for Uncoating That Can Be Prevented by Fatty Acid Saturation. 著者: Visa Ruokolainen / Aušra Domanska / Mira Laajala / Maria Pelliccia / Sarah J Butcher / Varpu Marjomäki / 要旨: There is limited information about the molecular triggers leading to the uncoating of enteroviruses under physiological conditions. Using real-time spectroscopy and sucrose gradients with ...There is limited information about the molecular triggers leading to the uncoating of enteroviruses under physiological conditions. Using real-time spectroscopy and sucrose gradients with radioactively labeled virus, we show at 37°C, the formation of albumin-triggered, metastable uncoating intermediate of echovirus 1 without receptor engagement. This conversion was blocked by saturating the albumin with fatty acids. High potassium but low sodium and calcium concentrations, mimicking the endosomal environment, also induced the formation of a metastable uncoating intermediate of echovirus 1. Together, these factors boosted the formation of the uncoating intermediate, and the infectivity of this intermediate was retained, as judged by end-point titration. Cryo-electron microscopy reconstruction of the virions treated with albumin and high potassium, low sodium, and low calcium concentrations resulted in a 3.6-Å resolution model revealing a fenestrated capsid showing 4% expansion and loss of the pocket factor, similarly to altered (A) particles described for other enteroviruses. The dimer interface between VP2 molecules was opened, the VP1 N termini disordered and most likely externalized. The RNA was clearly visible, anchored to the capsid. The results presented here suggest that extracellular albumin, partially saturated with fatty acids, likely leads to the formation of the infectious uncoating intermediate prior to the engagement with the cellular receptor. In addition, changes in mono- and divalent cations, likely occurring in endosomes, promote capsid opening and genome release. There is limited information about the uncoating of enteroviruses under physiological conditions. Here, we focused on physiologically relevant factors that likely contribute to opening of echovirus 1 and other B-group enteroviruses. By combining biochemical and structural data, we show that, before entering cells, extracellular albumin is capable of priming the virus into a metastable yet infectious intermediate state. The ionic changes that are suggested to occur in endosomes can further contribute to uncoating and promote genome release, once the viral particle is endocytosed. Importantly, we provide a detailed high-resolution structure of a virion after treatment with albumin and a preset ion composition, showing pocket factor release, capsid expansion, and fenestration and the clearly visible genome still anchored to the capsid. This study provides valuable information about the physiological factors that contribute to the opening of B group enteroviruses. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0565.map.gz | 226.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0565-v30.xml emd-0565.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0565.png | 158.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0565.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_0565_half_map_1.map.gz emd_0565_half_map_2.map.gz | 193.8 MB 193.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0565 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0565 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6o06MC 4903C 6rjfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10284 (タイトル: Extracellular albumin and endosomal ions prime enterovirus particles for uncoating that can be prevented by fatty acid saturation Data size: 2.4 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of control Echovirus 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi-frame micrographs of control Echovirus 1 [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned multi-frame micrographs of treated Echovirus 1 (expanded particle) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0565.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Echovirus 1 expanded particle sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Echovirus 1 expanded particle half map
ファイル | emd_0565_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Echovirus 1 expanded particle half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Echovirus 1 expanded particle half map
ファイル | emd_0565_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Echovirus 1 expanded particle half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Echovirus E1
全体 | 名称: Echovirus E1 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Echovirus E1
超分子 | 名称: Echovirus E1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Echovirus 1 was purified from infected GMK cells / NCBI-ID: 46633 / 生物種: Echovirus E1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: icosahedral / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 31.604373 KDa |
配列 | 文字列: GDVQNAVEGA MVRVADTVQT SATNSERVPN LTAVETGHTS QAVPGDTMQT RHVINNHVRS ESTIENFLAR SACVFYLEYK TGTKEDSNS FNNWVITTRR VAQLRRKLEM FTYLRFDMEI TVVITSSQDQ STSQNQNAPV LTHQIMYVPP GGPIPVSVDD Y SWQTSTNP ...文字列: GDVQNAVEGA MVRVADTVQT SATNSERVPN LTAVETGHTS QAVPGDTMQT RHVINNHVRS ESTIENFLAR SACVFYLEYK TGTKEDSNS FNNWVITTRR VAQLRRKLEM FTYLRFDMEI TVVITSSQDQ STSQNQNAPV LTHQIMYVPP GGPIPVSVDD Y SWQTSTNP SIFWTEGNAP ARMSIPFISI GNAYSNFYDG WSHFSQAGVY GFTTLNNMGQ LFFRHVNKPN PAAITSVARI YF KPKHVRA WVPRPPRLCP YINSTNVNFE PKPVTEVRTN IITT UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.126465 KDa |
配列 | 文字列: GYSDRVRSIT LGNSTITTQE CANVVVGYGE WPEYLSDNEA TAEDQPTQPD VATCRFYTLD SVQWENGSPG WWWKFPDALR DMGLFGQNM YYHYLGRAGY TIHVQCNASK FHQGCILVVC VPEAEMGSAQ TSGVVNYEHI SKGEIASRFT TTTTAEDHGV Q AAVWNAGM ...文字列: GYSDRVRSIT LGNSTITTQE CANVVVGYGE WPEYLSDNEA TAEDQPTQPD VATCRFYTLD SVQWENGSPG WWWKFPDALR DMGLFGQNM YYHYLGRAGY TIHVQCNASK FHQGCILVVC VPEAEMGSAQ TSGVVNYEHI SKGEIASRFT TTTTAEDHGV Q AAVWNAGM GVGVGNLTIF PHQWINLRTN NSATIVMPYV NSVPMDNMYR HHNFTLMIIP FVPLDFSAGA STYVPITVTV AP MCAEYNG LRLAGHQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.471074 KDa |
配列 | 文字列: GLPTMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVMPINNDSA AKVSSMEAYR VELSTNTNAG TQVFGFQLN PGAESVMNRT LMGEILNYYA HWSGSIKITF VFCGSAMTTG KFLLSYAPPG AGAPKTRKDA MLGTHVVWDV G LQSSCVLC ...文字列: GLPTMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVMPINNDSA AKVSSMEAYR VELSTNTNAG TQVFGFQLN PGAESVMNRT LMGEILNYYA HWSGSIKITF VFCGSAMTTG KFLLSYAPPG AGAPKTRKDA MLGTHVVWDV G LQSSCVLC IPWISQTHYR FVEKDPYTNA GFVTCWYQTS VVSPASNQPK CYMMCMVSAC NDFSVRMLRD TKFIEQTSFY Q UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 詳細: 29 mM sodium chloride, 28 mM potassium ion, 0.145 mM magnesium chloride, 8 mM phosphate dibasic, 2 mM phosphate monobasic, 0.0093% faf-BSA |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均露光時間: 47.8 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 14615 |