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- EMDB-0128: Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0128
タイトルHuman nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex
マップデータCryo-EM reconstruction of the human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex
試料
  • 複合体: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
    • 複合体: exosome complexエキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • 複合体: U44 ssRNA
      • RNA: x 1種
キーワードnuclear exosome / RNA decay / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / hEXO-10 / hDIS3 / hMPP6 / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U1 snRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process ...DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U1 snRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / : / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / : / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / rRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / positive regulation of isotype switching / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 7S RNA binding / クラススイッチ / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / maturation of 5.8S rRNA / nuclear chromosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 転写後修飾 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ユークロマチン / 核小体 / rRNA processing / 染色体 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / positive regulation of cell growth / endonuclease activity / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / 免疫応答 / intracellular membrane-bounded organelle / 核小体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp43 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / M-phase phosphoprotein 6 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain ...Exosome complex component Rrp43 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / M-phase phosphoprotein 6 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / : / PIN domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / KHドメイン / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / K Homology domain, type 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP43 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP44 / Exosome complex component CSL4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gerlach P / Schuller JM / Falk S / Basquin J / Conti E
資金援助5件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology OrganizationALTF 1008-2015
European CommissionERC-2016-ADG 740329 EXORICO
German Research FoundationSFB646, SFB1035, GRK1721
Louis-Jeantet Foundation
Max Planck Society
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Distinct and evolutionary conserved structural features of the human nuclear exosome complex.
著者: Piotr Gerlach / Jan M Schuller / Fabien Bonneau / Jérôme Basquin / Peter Reichelt / Sebastian Falk / Elena Conti /
要旨: The nuclear RNA exosome complex mediates the processing of structured RNAs and the decay of aberrant non-coding RNAs, an important function particularly in human cells. Most mechanistic studies to ...The nuclear RNA exosome complex mediates the processing of structured RNAs and the decay of aberrant non-coding RNAs, an important function particularly in human cells. Most mechanistic studies to date have focused on the yeast system. Here, we reconstituted and studied the properties of a recombinant 14-subunit human nuclear exosome complex. In biochemical assays, the human exosome embeds a longer RNA channel than its yeast counterpart. The 3.8 Å resolution cryo-EM structure of the core complex bound to a single-stranded RNA reveals that the RNA channel path is formed by two distinct features of the hDIS3 exoribonuclease: an open conformation and a domain organization more similar to bacterial RNase II than to yeast Rrp44. The cryo-EM structure of the holo-complex shows how obligate nuclear cofactors position the hMTR4 helicase at the entrance of the core complex, suggesting a striking structural conservation from lower to higher eukaryotes.
履歴
登録2018年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月1日-
マップ公開2018年8月15日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6h25
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.24137774 - 0.3664702
平均 (標準偏差)0.00017617023 (±0.00808426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 337.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.500337.500337.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.2410.3660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex

全体名称: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
要素
  • 複合体: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex
    • 複合体: exosome complexエキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP45エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP41エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP43エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP46エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP42エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component MTR3エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP40エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP4エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component CSL4エキソソーム複合体
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex exonuclease RRP44
      • タンパク質・ペプチド: M-phase phosphoprotein 6
    • 複合体: U44 ssRNA
      • RNA: U44 ssRNA

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超分子 #1: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex

超分子名称: Human nuclear RNA exosome EXO-14 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: exosome complex

超分子名称: exosome complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: U44 ssRNA

超分子名称: U44 ssRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #12
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Exosome complex component RRP45

分子名称: Exosome complex component RRP45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.370312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMKETPL SNCERRFLLR AIEEKKRLDG RQTYDYRNIR ISFGTDYGCC IVELGKTRVL GQVSCELVSP KLNRATEGIL FFNLELSQM AAPAFEPGRQ SDLLVKLNRL MERCLRNSKC IDTESLCVVA GEKVWQIRVD LHLLNHDGNI IDAASIAAIV A LCHFRRPD ...文字列:
GPDSMKETPL SNCERRFLLR AIEEKKRLDG RQTYDYRNIR ISFGTDYGCC IVELGKTRVL GQVSCELVSP KLNRATEGIL FFNLELSQM AAPAFEPGRQ SDLLVKLNRL MERCLRNSKC IDTESLCVVA GEKVWQIRVD LHLLNHDGNI IDAASIAAIV A LCHFRRPD VSVQGDEVTL YTPEERDPVP LSIHHMPICV SFAFFQQGTY LLVDPNEREE RVMDGLLVIA MNKHREICTI QS SGGIMLL KDQVLRCSKI AGVKVAEITE LILKALENDQ KVRKEGGKFG FAESIANQRI TAFKMEKAPI DTSDVEEKAE EII AEAEPP SEVVSTPVLW TPGTAQIGEG VENSWGDLED SEKEDDEGGG DQAIILDGIK MDTGVEVSDI GSQDAPIILS DSEE EEMII LEPDKNPKKI RTQTTSAKQE KAPSKKPVKR RKKKRAAN

UniProtKB: Exosome complex component RRP45

+
分子 #2: Exosome complex component RRP41

分子名称: Exosome complex component RRP41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.773328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMAGLEL LSDQGYRVDG RRAGELRKIQ ARMGVFAQAD GSAYIEQGNT KALAVVYGPH EIRGSRARAL PDRALVNCQY SSATFSTGE RKRRPHGDRK SCEMGLQLRQ TFEAAILTQL HPRSQIDIYV QVLQADGGTY AACVNAATLA VLDAGIPMRD F VCACSAGF ...文字列:
GPDSMAGLEL LSDQGYRVDG RRAGELRKIQ ARMGVFAQAD GSAYIEQGNT KALAVVYGPH EIRGSRARAL PDRALVNCQY SSATFSTGE RKRRPHGDRK SCEMGLQLRQ TFEAAILTQL HPRSQIDIYV QVLQADGGTY AACVNAATLA VLDAGIPMRD F VCACSAGF VDGTALADLS HVEEAAGGPQ LALALLPASG QIALLEMDAR LHEDHLERVL EAAAQAARDV HTLLDRVVRQ HV REASILL GD

UniProtKB: Exosome complex component RRP41

+
分子 #3: Exosome complex component RRP43

分子名称: Exosome complex component RRP43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.317828 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: RSMAAGFKTV EPLEYYRRFL KENCRPDGRE LGEFRTTTVN IGSISTADGS ALVKLGNTTV ICGVKAEFAA PSTDAPDKGY VVPNVDLPP LCSSRFRSGP PGEEAQVASQ FIADVIENSQ IIQKEDLCIS PGKLVWVLYC DLICLDYDGN ILDACTFALL A ALKNVQLP ...文字列:
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UniProtKB: Exosome complex component RRP43

+
分子 #4: Exosome complex component RRP46

分子名称: Exosome complex component RRP46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.52425 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: RSMEEETHTD AKIRAENGTG SSPRGPGCSL RHFACEQNLL SRPDGSASFL QGDTSVLAGV YGPAEVKVSK EIFNKATLEV ILRPKIGLP GVAEKSRERL IRNTCEAVVL GTLHPRTSIT VVLQVVSDAG SLLACCLNAA CMALVDAGVP MRALFCGVAC A LDSDGTLV ...文字列:
RSMEEETHTD AKIRAENGTG SSPRGPGCSL RHFACEQNLL SRPDGSASFL QGDTSVLAGV YGPAEVKVSK EIFNKATLEV ILRPKIGLP GVAEKSRERL IRNTCEAVVL GTLHPRTSIT VVLQVVSDAG SLLACCLNAA CMALVDAGVP MRALFCGVAC A LDSDGTLV LDPTSKQEKE ARAVLTFALD SVERKLLMSS TKGLYSDTEL QQCLAAAQAA SQHVFRFYRE SLQRRYSKS

UniProtKB: Exosome complex component RRP46

+
分子 #5: Exosome complex component RRP42

分子名称: Exosome complex component RRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.216762 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMASVTL SEAEKVYIVH GVQEDLRVDG RGCEDYRCVE VETDVVSNTS GSARVKLGHT DILVGVKAEM GTPKLEKPNE GYLEFFVDC SASATPEFEG RGGDDLGTEI ANTLYRIFNN KSSVDLKTLC ISPREHCWVL YVDVLLLECG GNLFDAISIA V KAALFNTR ...文字列:
GPDSMASVTL SEAEKVYIVH GVQEDLRVDG RGCEDYRCVE VETDVVSNTS GSARVKLGHT DILVGVKAEM GTPKLEKPNE GYLEFFVDC SASATPEFEG RGGDDLGTEI ANTLYRIFNN KSSVDLKTLC ISPREHCWVL YVDVLLLECG GNLFDAISIA V KAALFNTR IPRVRVLEDE EGSKDIELSD DPYDCIRLSV ENVPCIVTLC KIGYRHVVDA TLQEEACSLA SLLVSVTSKG VV TCMRKVG KGSLDPESIF EMMETGKRVG KVLHASLQSV VHKEESLGPK RQKVGFLG

UniProtKB: Exosome complex component RRP42

+
分子 #6: Exosome complex component MTR3

分子名称: Exosome complex component MTR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.623469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMPGDHR RIRGPEESQP PQLYAADEEE APGTRDPTRL RPVYARAGLL SQAKGSAYLE AGGTKVLCAV SGPRQAEGGE RGGGPAGAG GEAPAALRGR LLCDFRRAPF AGRRRRAPPG GCEERELALA LQEALEPAVR LGRYPRAQLE VSALLLEDGG S ALAAALTA ...文字列:
GPDSMPGDHR RIRGPEESQP PQLYAADEEE APGTRDPTRL RPVYARAGLL SQAKGSAYLE AGGTKVLCAV SGPRQAEGGE RGGGPAGAG GEAPAALRGR LLCDFRRAPF AGRRRRAPPG GCEERELALA LQEALEPAVR LGRYPRAQLE VSALLLEDGG S ALAAALTA AALALADAGV EMYDLVVGCG LSLAPGPAPT WLLDPTRLEE ERAAAGLTVA LMPVLNQVAG LLGSGEGGLT ES WAEAVRL GLEGCQRLYP VLQQSLVRAA RRRGAAAQP

UniProtKB: Exosome complex component MTR3

+
分子 #7: Exosome complex component RRP40

分子名称: Exosome complex component RRP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.906359 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSGSGSGSGS GSGSGSGSMA EPASVAAESL AGSRARAART VLGQVVLPGE ELLLPEQEDA EGPGGAVERP LSLNARACSR VRVVCGPGL RRCGDRLLVT KCGRLRHKEP GSGSGGGVYW VDSQQKRYVP VKGDHVIGIV TAKSGDIFKV DVGGSEPASL S YLSFEGAT ...文字列:
GSGSGSGSGS GSGSGSGSMA EPASVAAESL AGSRARAART VLGQVVLPGE ELLLPEQEDA EGPGGAVERP LSLNARACSR VRVVCGPGL RRCGDRLLVT KCGRLRHKEP GSGSGGGVYW VDSQQKRYVP VKGDHVIGIV TAKSGDIFKV DVGGSEPASL S YLSFEGAT KRNRPNVQVG DLIYGQFVVA NKDMEPEMVC IDSCGRANGM GVIGQDGLLF KVTLGLIRKL LAPDCEIIQE VG KLYPLEI VFGMNGRIWV KAKTIQQTLI LANILEACEH MTSDQRKQIF SRLAES

UniProtKB: Exosome complex component RRP40

+
分子 #8: Exosome complex component RRP4

分子名称: Exosome complex component RRP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.190355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMAMEMR LPVARKPLSE RLGRDTKKHL VVPGDTITTD TGFMRGHGTY MGEEKLIASV AGSVERVNKL ICVKALKTRY IGEVGDIVV GRITEVQQKR WKVETNSRLD SVLLLSSMNL PGGELRRRSA EDELAMRGFL QEGDLISAEV QAVFSDGAVS L HTRSLKYG ...文字列:
GPDSMAMEMR LPVARKPLSE RLGRDTKKHL VVPGDTITTD TGFMRGHGTY MGEEKLIASV AGSVERVNKL ICVKALKTRY IGEVGDIVV GRITEVQQKR WKVETNSRLD SVLLLSSMNL PGGELRRRSA EDELAMRGFL QEGDLISAEV QAVFSDGAVS L HTRSLKYG KLGQGVLVQV SPSLVKRQKT HFHDLPCGAS VILGNNGFIW IYPTPEHKEE EAGGFIANLE PVSLADREVI SR LRNCIIS LVTQRMMLYD TSILYCYEAS LPHQIKDILK PEIMEEIVME TRQRLLEQEG

UniProtKB: Exosome complex component RRP4

+
分子 #9: Exosome complex component CSL4

分子名称: Exosome complex component CSL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.8351 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMAPPVR YCIPGERLCN LEEGSPGSGT YTRHGYIFSS LAGCLMKSSE NGALPVVSVV RETESQLLPD VGAIVTCKVS SINSRFAKV HILYVGSMPL KNSFRGTIRK EDVRATEKDK VEIYKSFRPG DIVLAKVISL GDAQSNYLLT TAENELGVVV A HSESGIQM ...文字列:
GPDSMAPPVR YCIPGERLCN LEEGSPGSGT YTRHGYIFSS LAGCLMKSSE NGALPVVSVV RETESQLLPD VGAIVTCKVS SINSRFAKV HILYVGSMPL KNSFRGTIRK EDVRATEKDK VEIYKSFRPG DIVLAKVISL GDAQSNYLLT TAENELGVVV A HSESGIQM VPISWCEMQC PKTHTKEFRK VARVQPEFLQ T

UniProtKB: Exosome complex component CSL4

+
分子 #10: Exosome complex exonuclease RRP44

分子名称: Exosome complex exonuclease RRP44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.522227 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMLKSKT FLKKTRAGGV MKIVREHYLR DDIGCGAPGC AACGGAHEGP ALEPQPQDPA SSVCPQPHYL LPDTNVLLHQ IDVLEDPAI RNVIVLQTVL QEVRNRSAPV YKRIRDVTNN QEKHFYTFTN EHHRETYVEQ EQGENANDRN NRAIRVAAKW Y NEHLKKMS ...文字列:
GPDSMLKSKT FLKKTRAGGV MKIVREHYLR DDIGCGAPGC AACGGAHEGP ALEPQPQDPA SSVCPQPHYL LPDTNVLLHQ IDVLEDPAI RNVIVLQTVL QEVRNRSAPV YKRIRDVTNN QEKHFYTFTN EHHRETYVEQ EQGENANDRN NRAIRVAAKW Y NEHLKKMS ADNQLQVIFI TNDRRNKEKA IEEGIPAFTC EEYVKSLTAN PELIDRLACL SEEGNEIESG KIIFSEHLPL SK LQQGIKS GTYLQGTFRA SRENYLEATV WIHGDNEENK EIILQGLKHL NRAVHEDIVA VELLPKSQWV APSSVVLHDE GQN EEDVEK EEETERMLKT AVSEKMLKPT GRVVGIIKRN WRPYCGMLSK SDIKESRRHL FTPADKRIPR IRIETRQAST LEGR RIIVA IDGWPRNSRY PNGHFVRNLG DVGEKETETE VLLLEHDVPH QPFSQAVLSF LPKMPWSITE KDMKNREDLR HLCIC SVDP PGCTDINDAL HCRELENGNL EVGVHIADVS HFIRPGNALD QESARRGTTV YLCEKRIDMV PELLSSNLCS LKCDVD RLA FSCIWEMNHN AEILKTKFTK SVINSKASLT YAEAQLRIDS ANMNDDITTS LRGLNKLAKI LKKRRIEKGA LTLSSPE VR FHMDSETHDP IDLQTKELRE TNSMVEEFML LANISVAKKI HEEFSEHALL RKHPAPPPSN YEILVKAARS RNLEIKTD T AKSLAESLDQ AESPTFPYLN TLLRILATRC MMQAVYFCSG MDNDFHHYGL ASPIYTHFTS PIRRYADVIV HRLLAVAIG ADCTYPELTD KHKLADICKN LNFRHKMAQY AQRASVAFHT QLFFKSKGIV SEEAYILFVR KNAIVVLIPK YGLEGTVFFE EKDKPNPQL IYDDEIPSLK IEDTVFHVFD KVKVKIMLDS SNLQHQKIRM SLVEPQIPGI SIPTDTSNMD LNGPKKKKMK L GK

UniProtKB: Exosome complex exonuclease RRP44

+
分子 #11: M-phase phosphoprotein 6

分子名称: M-phase phosphoprotein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.542234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPDSASMAAE RKTKLSKNLL RMKFMQRGLD SETKKQLEEE EKKIISEEHW YLDLPELKEK ESFIIEEQSF LLCEDLLYGR MSFRGFNPE VEKLMLQMNA KHKAEEVEDE TVELDVSDEE MARRYETLVG TIGKKFARKR DHANYEEDEN GDITPIKAKK M FLKPQD

UniProtKB: M-phase phosphoprotein 6

+
分子 #12: U44 ssRNA

分子名称: U44 ssRNA / タイプ: rna / ID: 12 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.426333 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUU

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
2.0 mMDTT
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 8047 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 2396236
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 110958

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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