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万見
- EMDB-9535: Cryo-EM Structure of the PaeCas3-AcrF3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9535
タイトルCryo-EM Structure of the PaeCas3-AcrF3 complex
マップデータCryo-EM structure of PaeCas3-AcrF3 complex
試料
  • 複合体: PaeCas3-AcrF3 complex
    • 複合体: type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3
      • タンパク質・ペプチド: type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3
    • 複合体: anti-CRISPR protein 3 (AcrF3)
      • タンパク質・ペプチド: anti-CRISPR protein 3 (AcrF3)
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cas3 inhibitor AcrF3 / Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain ...: / Cas3 inhibitor AcrF3 / Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage protein / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhang X / Ma J / Wang Y / Wang J
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2016
タイトル: A CRISPR evolutionary arms race: structural insights into viral anti-CRISPR/Cas responses.
著者: Jiuyu Wang / Jun Ma / Zhi Cheng / Xu Meng / Lilan You / Min Wang / Xinzheng Zhang / Yanli Wang /
履歴
登録2016年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月21日-
マップ公開2016年9月21日-
更新2016年10月19日-
現状2016年10月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gqh
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9535.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of PaeCas3-AcrF3 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 140 pix.
= 114.8 Å		0.82 Å/pix.
x 140 pix.
= 114.8 Å		0.82 Å/pix.
x 140 pix.
= 114.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.1324326 - 0.19505402
平均 (標準偏差)0.0014116985 (±0.019745765)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-70
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 114.799995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z114.800114.800114.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-70
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.1320.1950.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PaeCas3-AcrF3 complex

全体名称: PaeCas3-AcrF3 complex
要素
  • 複合体: PaeCas3-AcrF3 complex
    • 複合体: type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3
      • タンパク質・ペプチド: type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3
    • 複合体: anti-CRISPR protein 3 (AcrF3)
      • タンパク質・ペプチド: anti-CRISPR protein 3 (AcrF3)

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超分子 #1: PaeCas3-AcrF3 complex

超分子名称: PaeCas3-AcrF3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 158 kDa/nm

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超分子 #2: type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3

超分子名称: type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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超分子 #3: anti-CRISPR protein 3 (AcrF3)

超分子名称: anti-CRISPR protein 3 (AcrF3) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #1: type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3

分子名称: type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPMNILLV SQCEKRALSE TRRILDQFAE RRGERTWQTP ITQAGLDTLR RLLKKSARRN TAVACHWIRG RDHSELLWIV GDASRFNAQG AVPTNRTCRD ILRKEDENDW HSAEDIRLLT VMAALFHDIG KASQAFQAKL RNRGKPMADA YRHEWVSLRL ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPMNILLV SQCEKRALSE TRRILDQFAE RRGERTWQTP ITQAGLDTLR RLLKKSARRN TAVACHWIRG RDHSELLWIV GDASRFNAQG AVPTNRTCRD ILRKEDENDW HSAEDIRLLT VMAALFHDIG KASQAFQAKL RNRGKPMADA YRHEWVSLRL FEAFVGPGSS DEDWLRRLAD KRETGDAWLS QLARDDRQSA PPGPFQKSRL PPLAQAVGWL IVSHHRLPNG DHRGSASLAR LPAPIQSQWC GARDADAKEK AACWQFPHGL PFASAHWRAR TALCAQSMLE RPGLLARGPA LLHDSYVMHV SRLILMLADH HYSSLPADSR LGDPNFPLHA NTDRDSGKLK QRLDEHLLGV ALHSRKLAGT LPRLERQLPR LARHKGFTRR VEQPRFRWQD KAYDCAMACR EQAMEHGFFG LNLASTGCGK TLANGRILYA LADPQRGARF SIALGLRSLT LQTGQAYRER LGLGDDDLAI LVGGSAAREL FEKQQERLER SGSESAQELL AENSHVHFAG TLEDGPLREW LGRNSAGNRL LQAPILACTI DHLMPASESL RGGHQIAPLL RLMTSDLVLD EVDDFDIDDL PALSRLVHWA GLFGSRVLLS SATLPPALVQ GLFEAYRSGR EIFQRHRGAP GRATEIRCAW FDEFSSQSSA HGAVTSFSEA HATFVAQRLA KLEQLPPRRQ AQLCTVHAAG EARPALCREL AGQMNTWMAD LHRCHHTEHQ GRRISFGLLR LANIEPLIEL AQAILAQGAP EGLHVHLCVY HSRHPLLVRS AIERQLDELL KRSDDDAAAL FARPTLAKAL QASTERDHLF VVLASPVAEV GRDHDYDWAI VEPSSMRSII QLAGRIRRHR SGFSGEANLY LLSRNIRSLE GQNPAFQRPG FETPDFPLDS HDLHDLLDPA LLARIDASPR IVEPFPLFPR SRLVDLEHRR LRALMLADDP PSSLLGVPLW WQTPASLSGA LQTSQPFRAG AKERCYALLP DEDDEERLHF SRYEEGTWSN QDNLLRNLDL TYGPRIQTWG TVNYREELVA MAGREDLDLR QCAMRYGEVR LRENTQGWSY HPYLGFKKYN

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分子 #2: anti-CRISPR protein 3 (AcrF3)

分子名称: anti-CRISPR protein 3 (AcrF3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSNTISDRIV ARSVIEAARF IQSWEDADPD SLTEDQVLAA AGFAARLHEG LQATVLQRLV DESNHEEYRE FKAWEEALLN ADGRVASSPF ADWGWWYRIA NVMLATASQN VGVTWGSRVH GRLMAIFQDK FKQRYEEQA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: GiG-322 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 16 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 8.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4q2c

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78480

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-5gqh:
Cryo-EM structure of PaeCas3-AcrF3 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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