+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9315 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the HO BMC shell: subregion classified for BMC-T: TS-TDTDTD | |||||||||
![]() | Four BMC-T positions classified: TS-TDTDTD | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Greber BJ / Sutter M / Kerfeld CA | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Plasticity of Molecular Interactions Governs Bacterial Microcompartment Shell Assembly. 著者: Basil J Greber / Markus Sutter / Cheryl A Kerfeld / ![]() 要旨: Bacterial microcompartments (BMCs) are composed of an enzymatic core encapsulated by a selectively permeable protein shell that enhances catalytic efficiency. Many pathogenic bacteria derive ...Bacterial microcompartments (BMCs) are composed of an enzymatic core encapsulated by a selectively permeable protein shell that enhances catalytic efficiency. Many pathogenic bacteria derive competitive advantages from their BMC-based catabolism, implicating BMCs as drug targets. BMC shells are of interest for bioengineering due to their diverse and selective permeability properties and because they self-assemble. A complete understanding of shell composition and organization is a prerequisite for biotechnological applications. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a BMC shell at 3.0-Å resolution, using an image-processing strategy that allowed us to determine the previously uncharacterized structural details of the interactions formed by the BMC-T and BMC-T shell subunits in the context of the assembled shell. We found unexpected structural plasticity among these interactions, resulting in distinct shell populations assembled from varying numbers of the BMC-T and BMC-T subunits. We discuss the implications of these findings on shell assembly and function. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 16.6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 160.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6n0gMC ![]() 9296C ![]() 9307C ![]() 9308C ![]() 9309C ![]() 9310C ![]() 9311C ![]() 9312C ![]() 9313C ![]() 9314C ![]() 6mzuC ![]() 6mzvC ![]() 6mzxC ![]() 6mzyC ![]() 6n06C ![]() 6n07C ![]() 6n09C ![]() 6n0fC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Four BMC-T positions classified: TS-TDTDTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Bacterial microcompartment shell from Haliangium ochraceum
全体 | 名称: Bacterial microcompartment shell from Haliangium ochraceum |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Bacterial microcompartment shell from Haliangium ochraceum
超分子 | 名称: Bacterial microcompartment shell from Haliangium ochraceum タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 |
分子量 | 理論値: 6.5 MDa |
-分子 #1: Microcompartments protein
分子 | 名称: Microcompartments protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 |
分子量 | 理論値: 21.923199 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDHAPERFDA TPPAGEPDRP ALGVLELTSI ARGITVADAA LKRAPSLLLM SRPVSSGKHL LMMRGQVAEV EESMIAAREI AGAGSGALL DELELPYAHE QLWRFLDAPV VADAWEEDTE SVIIVETATV CAAIDSADAA LKTAPVVLRD MRLAIGIAGK A FFTLTGEL ...文字列: MDHAPERFDA TPPAGEPDRP ALGVLELTSI ARGITVADAA LKRAPSLLLM SRPVSSGKHL LMMRGQVAEV EESMIAAREI AGAGSGALL DELELPYAHE QLWRFLDAPV VADAWEEDTE SVIIVETATV CAAIDSADAA LKTAPVVLRD MRLAIGIAGK A FFTLTGEL ADVEAAAEVV RERCGARLLE LACIARPVDE LRGRLFF UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: Microcompartments protein
分子 | 名称: Microcompartments protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 |
分子量 | 理論値: 10.126718 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MADALGMIEV RGFVGMVEAA DAMVKAAKVE LIGYEKTGGG YVTAVVRGDV AAVKAATEAG QRAAERVGEV VAVHVIPRPH VNVDAALPL GRTPGMDKSA UniProtKB: ![]() |
-分子 #3: Microcompartments protein
分子 | 名称: Microcompartments protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 |
分子量 | 理論値: 22.904137 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSITLRTYIF LDALQPQLAT FIGKTARGFL PVPGQASLWV EIAPGIAINR VTDAALKATK VQPAVQVVER AYGLLEVHHF DQGEVLAAG STILDKLEVR EEGRLKPQVM THQIIRAVEA YQTQIINRNS QGMMILPGES LFILETQPAG YAVLAANEAE K AANVHLVN ...文字列: MSITLRTYIF LDALQPQLAT FIGKTARGFL PVPGQASLWV EIAPGIAINR VTDAALKATK VQPAVQVVER AYGLLEVHHF DQGEVLAAG STILDKLEVR EEGRLKPQVM THQIIRAVEA YQTQIINRNS QGMMILPGES LFILETQPAG YAVLAANEAE K AANVHLVN VTPYGAFGRL YLAGSEAEID AAAEAAEAAI RSVSGVAQES FRDR UniProtKB: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
---|---|
![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 5-7 second incubation of the sample on the grid before blotting and plunging. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 48543 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 928 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 詳細: 928 images retained after inspection for image quality. |
-
画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 31800 詳細: 1000 particles were picked manually to generate reference templates for subsequent auto-picking in RELION 1.4. |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 詳細: The reference was re-scaled and placed in a 512x512x512 pixel box to match the pixel size and appropriate box size for the data. |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 3次元分類 | クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) 詳細: Three sequential classifications for four BMC-T positions in total, using the symmetry expanded particle dataset |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) 詳細: The selected particle subset was refined without masking and subsequently masked to reveal only the subregion of the BMC shell to which the focused classification had been applied. 使用した粒子像数: 80783 |