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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8742 | |||||||||
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タイトル | Thermoplasma acidophilum 20S Proteasome using 200keV with image shift | |||||||||
![]() | Final sharpened map of T. acidophilum 20S proteasome collected using image shift navigation | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Herzik Jr MA / Wu M / Lander GC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Achieving better-than-3-Å resolution by single-particle cryo-EM at 200 keV. 著者: Mark A Herzik / Mengyu Wu / Gabriel C Lander / ![]() 要旨: Nearly all single-particle cryo-EM structures resolved to better than 4-Å resolution have been determined using 300-keV transmission electron microscopes (TEMs). We demonstrate that it is possible ...Nearly all single-particle cryo-EM structures resolved to better than 4-Å resolution have been determined using 300-keV transmission electron microscopes (TEMs). We demonstrate that it is possible to obtain reconstructions of macromolecular complexes of different sizes to better than 3-Å resolution using a 200-keV TEM. These structures are of sufficient quality to unambiguously assign amino acid rotameric conformations and identify ordered water molecules. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.5 KB 22.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 38.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 59.1 MB 409.7 MB 409.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5vy4MC ![]() 8741C ![]() 8743C ![]() 5vy3C ![]() 5vy5C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 945.5 Data #1: Raw, unaligned movie stacks of T. acidophilum 20S proteasome core acquired on a Talos Arctica using a K2 direct electron detector - image shift used for exposure navigation [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final sharpened map of T. acidophilum 20S proteasome collected using image shift navigation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map of T. acidophilum 20S proteasome collected...
ファイル | emd_8742_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of T. acidophilum 20S proteasome collected using image shift navigation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Thermoplasma acidophilum 20S Proteasome, even half map
ファイル | emd_8742_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Thermoplasma acidophilum 20S Proteasome, even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Thermoplasma acidophilum 20S Proteasome, odd half map
ファイル | emd_8742_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Thermoplasma acidophilum 20S Proteasome, odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
全体 | 名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
超分子 | 名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome purified from Escherichia coli |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
-分子 #1: Proteasome subunit alpha
分子 | 名称: Proteasome subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.776281 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: RAITVFSPDG RLFQVEYARE AVKKGSTALG MKFANGVLLI SDKKVRSRLI EQNSIEKIQL IDDYVAAVTS GLVADARVLV DFARISAQQ EKVTYGSLVN IENLVKRVAD QMQQYTQYGG VRPYGVSLIF AGIDQIGPRL FDCDPAGTIN EYKATAIGSG K DAVVSFLE ...文字列: RAITVFSPDG RLFQVEYARE AVKKGSTALG MKFANGVLLI SDKKVRSRLI EQNSIEKIQL IDDYVAAVTS GLVADARVLV DFARISAQQ EKVTYGSLVN IENLVKRVAD QMQQYTQYGG VRPYGVSLIF AGIDQIGPRL FDCDPAGTIN EYKATAIGSG K DAVVSFLE REYKENLPEK EAVTLGIKAL KSSLEEGEEL KAPEIASITV GNKYRIYDQE EVKKFL UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: Proteasome subunit beta
分子 | 名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 22.294848 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TTTVGITLKD AVIMATERRV TMENFIMHKN GKKLFQIDTY TGMTIAGLVG DAQVLVRYMK AELELYRLQR RVNMPIEAVA TLLSNMLNQ VKYMPYMVQL LVGGIDTAPH VFSIDAAGGS VEDIYASTGS GSPFVYGVLE SQYSEKMTVD EGVDLVIRAI S AAKQRDSA ...文字列: TTTVGITLKD AVIMATERRV TMENFIMHKN GKKLFQIDTY TGMTIAGLVG DAQVLVRYMK AELELYRLQR RVNMPIEAVA TLLSNMLNQ VKYMPYMVQL LVGGIDTAPH VFSIDAAGGS VEDIYASTGS GSPFVYGVLE SQYSEKMTVD EGVDLVIRAI S AAKQRDSA SGGMIDVAVI TRKDGYVQLP TDQIESRIRK LGLIL UniProtKB: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.009000000000000001 kPa / 詳細: 15 Watts | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: 3 uL of sample/grid was manually blotted for 4 seconds prior to immediate plunge-freezing in liquid nitrogen-cooled ethane.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-68 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 394 / 平均露光時間: 17.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 詳細: Images were collected using image shift navigation to target exposure. |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 111184 詳細: Template-based particle picking was performed using templates generated from reference-free 2D classification of an initial set of automated particle picks. |
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初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: ![]() 6283 詳細: Initial model was low-passed filtered to 60 Angstrom resolution |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称![]() アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 96254 |
詳細 | Movies were collected in super-resolution mode and Fourier-binned by two prior to motion correction and dose weighting using MotionCor2 program. |
FSC曲線 (解像度の算出)![]() | ![]() |
-原子モデル構築 1
詳細 | Starting model was generated by stripping PDB entry 1YAR of all ligands and alternate conformations, then refining into the EM density using imposed symmetry while adjusting weighting/scoring according to estimated map resolution. The top 10 generated models (ranked based on quality metrics) were real-space refined using Phenix software. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 99 / 当てはまり具合の基準: Maximum Likelihood |
得られたモデル | ![]() PDB-5vy4: |