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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m6j | ||||||||||||
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タイトル | Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 by Single Particle Cryo-EM | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / Complex / SPA / Cytoskeleton (細胞骨格) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 septin collar / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / セプチン / regulation of exocytosis / non-motile cilium ...septin collar / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / セプチン / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / 細胞結合 / cell division site / axoneme / 分裂溝 / mitotic cytokinesis / cilium assembly / axon terminus / stress fiber / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MAPK6/MAPK4 signaling / 動原体 / spindle / microtubule cytoskeleton / マイクロフィラメント / シナプス小胞 / midbody / 精子形成 / molecular adaptor activity / 細胞分化 / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Mendonca, D.C. / Pereira, H.M. / van Heel, M. / Portugal, R.V. / Garratt, R.C. | ||||||||||||
資金援助 | ブラジル, 3件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021 タイトル: An atomic model for the human septin hexamer by cryo-EM. 著者: Deborah C Mendonça / Samuel L Guimarães / Humberto D'Muniz Pereira / Andressa A Pinto / Marcelo A de Farias / Andre S de Godoy / Ana P U Araujo / Marin van Heel / Rodrigo V Portugal / Richard C Garratt / 要旨: In order to form functional filaments, human septins must assemble into hetero-oligomeric rod-like particles which polymerize end-to-end. The rules governing the assembly of these particles and the ...In order to form functional filaments, human septins must assemble into hetero-oligomeric rod-like particles which polymerize end-to-end. The rules governing the assembly of these particles and the subsequent filaments are incompletely understood. Although crystallographic approaches have been successful in studying the separate components of the system, there has been difficulty in obtaining high resolution structures of the full particle. Here we report a first cryo-EM structure for a hexameric rod composed of human septins 2, 6 and 7 with a global resolution of ~3.6 Å and a local resolution of between ~3.0 Å and ~5.0 Å. By fitting the previously determined high-resolution crystal structures of the component subunits into the cryo-EM map, we are able to provide an essentially complete model for the particle. This exposes SEPT2 NC-interfaces at the termini of the hexamer and leaves internal cavities between the SEPT6-SEPT7 pairs. The floor of the cavity is formed by the two α helices including their polybasic regions. These are locked into place between the two subunits by interactions made with the α and α helices of the neighbouring monomer together with its polyacidic region. The cavity may serve to provide space allowing the subunits to move with respect to one another. The elongated particle shows a tendency to bend at its centre where two copies of SEPT7 form a homodimeric G-interface. Such bending is almost certainly related to the ability of septin filaments to recognize and even induce membrane curvature. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7m6j.cif.gz | 302 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7m6j.ent.gz | 244.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7m6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/7m6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/7m6j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 AFBECD
#1: タンパク質 | 分子量: 31748.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN2, DIFF6, KIAA0158, NEDD5, SEPT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15019 #2: タンパク質 | 分子量: 48948.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN6, KIAA0128, SEP2, SEPT6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14141 #3: タンパク質 | 分子量: 50456.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN7, CDC10, SEPT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16181 |
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-非ポリマー , 3種, 7分子
#4: 化合物 | ChemComp-GDP / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human Septin Hexameric Complex SEPT2G/SEPT6/SEPT7 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 1/2 BIT CUT-OFF / 粒子像の数: 108262 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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