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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l6h | |||||||||
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タイトル | The genome-containing AAV13 capsid | |||||||||
要素 | Capsid proteinカプシド | |||||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / Icosahedral Capsid (カプシド) / AAV13 / Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) / Parvovirus (パルボウイルス) / Gene Therapy (遺伝子治療) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus 13 (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Mietzsch, M. / Agbandje-McKenna, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2021 タイトル: Completion of the AAV Structural Atlas: Serotype Capsid Structures Reveals Clade-Specific Features. 著者: Mario Mietzsch / Ariana Jose / Paul Chipman / Nilakshee Bhattacharya / Nadia Daneshparvar / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna / 要旨: The capsid structures of most Adeno-associated virus (AAV) serotypes, already assigned to an antigenic clade, have been previously determined. This study reports the remaining capsid structures of ...The capsid structures of most Adeno-associated virus (AAV) serotypes, already assigned to an antigenic clade, have been previously determined. This study reports the remaining capsid structures of AAV7, AAV11, AAV12, and AAV13 determined by cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction to 2.96, 2.86, 2.54, and 2.76 Å resolution, respectively. These structures complete the structural atlas of the AAV serotype capsids. AAV7 represents the first clade D capsid structure; AAV11 and AAV12 are of a currently unassigned clade that would include AAV4; and AAV13 represents the first AAV2-AAV3 hybrid clade C capsid structure. These newly determined capsid structures all exhibit the AAV capsid features including 5-fold channels, 3-fold protrusions, 2-fold depressions, and a nucleotide binding pocket with an ordered nucleotide in genome-containing capsids. However, these structures have viral proteins that display clade-specific loop conformations. This structural characterization completes our three-dimensional library of the current AAV serotypes to provide an atlas of surface loop configurations compatible with capsid assembly and amenable for future vector engineering efforts. Derived vectors could improve gene delivery success with respect to specific tissue targeting, transduction efficiency, antigenicity or receptor retargeting. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7l6h.cif.gz | 5.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7l6h.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7l6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58555.508 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Adeno-associated virus 13 (アデノ随伴ウイルス) 細胞株 (発現宿主): Hek293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B5SUY7 #2: 化合物 | ChemComp-D5M / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Adeno-associated virus 13アデノ随伴ウイルス タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus 13 (アデノ随伴ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6794 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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