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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7khc | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter closed complex | |||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor antagonist complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shin, Y. / Qayyum, M.Z. / Murakami, K.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of ribosomal RNA transcription regulation. 著者: Yeonoh Shin / M Zuhaib Qayyum / Danil Pupov / Daria Esyunina / Andrey Kulbachinskiy / Katsuhiko S Murakami / ![]() ![]() 要旨: Ribosomal RNA (rRNA) is most highly expressed in rapidly growing bacteria and is drastically downregulated under stress conditions by the global transcriptional regulator DksA and the alarmone ppGpp. ...Ribosomal RNA (rRNA) is most highly expressed in rapidly growing bacteria and is drastically downregulated under stress conditions by the global transcriptional regulator DksA and the alarmone ppGpp. Here, we determined cryo-electron microscopy structures of the Escherichia coli RNA polymerase (RNAP) σ holoenzyme during rRNA promoter recognition with and without DksA/ppGpp. RNAP contacts the UP element using dimerized α subunit carboxyl-terminal domains and scrunches the template DNA with the σ finger and β' lid to select the transcription start site favorable for rapid promoter escape. Promoter binding induces conformational change of σ domain 2 that opens a gate for DNA loading and ejects σ from the RNAP cleft to facilitate open complex formation. DksA/ppGpp binding also opens the DNA loading gate, which is not coupled to σ ejection and impedes open complex formation. These results provide a molecular basis for the exceptionally active rRNA transcription and its vulnerability to DksA/ppGpp. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 782.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 605 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | ![]() 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | ![]() 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 YOP
#7: DNA鎖 | 分子量: 19595.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 5525.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#9: DNA鎖 | 分子量: 5507.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 FX
#5: タンパク質 | 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#6: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 19251.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 6分子 ![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/1N7.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/1N7.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#10: 化合物 | ChemComp-POP / ![]() | ||||
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#11: 化合物 | ![]() #12: 化合物 | ChemComp-MG / | #13: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli RNA polymerase and rrnBP1 promoter closed complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.0.8 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67187 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 124.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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