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- PDB-7kaq: Cryo-EM structure of the Sec complex from S. cerevisiae, Sec61 po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kaq
タイトルCryo-EM structure of the Sec complex from S. cerevisiae, Sec61 pore mutant, class with Sec62, conformation 2 (C2)
要素
  • (Protein transport protein ...Protein targeting) x 4
  • (Translocation protein ...) x 2
  • Protein translocation protein SEC63Protein targeting
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Sec61 (Sec61) / translocon (トランスロコン) / endoplasmic reticulum (小胞体) / protein translocation / Sec62 / Sec63 / channel
機能・相同性
機能・相同性情報


misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / cytosol to endoplasmic reticulum transport / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein transmembrane import into intracellular organelle / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity ...misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / cytosol to endoplasmic reticulum transport / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein transmembrane import into intracellular organelle / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / filamentous growth / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / peptide transmembrane transporter activity / post-translational protein targeting to membrane, translocation / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / : / protein transmembrane transporter activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / 小胞体 / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. ...Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / DnaJ domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocation protein SEC63 / Protein transport protein SEC61 / Translocation protein SEC66 / Protein transport protein SSS1 / Translocation protein SEC72 / Protein transport protein SBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Itskanov, S. / Park, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Stepwise gating of the Sec61 protein-conducting channel by Sec63 and Sec62.
著者: Samuel Itskanov / Katie M Kuo / James C Gumbart / Eunyong Park /
要旨: Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their ...Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their functions are poorly defined. In the present study, we determined cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of several variants of Sec61-Sec62-Sec63 complexes from Saccharomyces cerevisiae and Thermomyces lanuginosus and show that Sec62 and Sec63 induce opening of the Sec61 channel. Without Sec62, the translocation pore of Sec61 remains closed by the plug domain, rendering the channel inactive. We further show that the lateral gate of Sec61 must first be partially opened by interactions between Sec61 and Sec63 in cytosolic and luminal domains, a simultaneous disruption of which completely closes the channel. The structures and molecular dynamics simulations suggest that Sec62 may also prevent lipids from invading the channel through the open lateral gate. Our study shows how Sec63 and Sec62 work together in a hierarchical manner to activate Sec61 for post-translational protein translocation.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22780
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein SEC61
C: Protein transport protein SSS1
B: Protein transport protein SBH1
D: Protein translocation protein SEC63
E: Translocation protein SEC66
F: Translocation protein SEC72
G: Protein transport protein Sec62


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,2307
ポリマ－199,2307
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18130 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area70360 Å2

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要素

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Protein transport protein ... , 4種, 4分子 ACBG

#1: タンパク質 Protein transport protein SEC61 / Protein targeting / Sec61 complex subunit SEC61 / Sec61 complex subunit alpha


分子量: 52936.086 Da / 分子数: 1 / 変異: M90L/T185I/M294I/M450L / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
Plasmid details: SEC63 is chromosomally tagged with TEV-GFP / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32915
#2: タンパク質 Protein transport protein SSS1 / Protein targeting / Sec61 complex subunit SSS1 / Sec61 complex subunit gamma / Ssh1 complex subunit SSS1 / Ssh1 complex ...Sec61 complex subunit SSS1 / Sec61 complex subunit gamma / Ssh1 complex subunit SSS1 / Ssh1 complex subunit gamma


分子量: 8958.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
Plasmid details: SEC63 is chromosomally tagged with TEV-GFP / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35179
#3: タンパク質 Protein transport protein SBH1 / Protein targeting / Sec61 complex subunit SBH1 / Sec61 complex subunit beta


分子量: 8723.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
Plasmid details: SEC63 is chromosomally tagged with TEV-GFP / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P52870
#7: タンパク質 Protein transport protein Sec62 / Protein targeting


分子量: 4783.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
Plasmid details: SEC63 is chromosomally tagged with TEV-GFP / 株: ATCC 204508 / S288c

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 Protein translocation protein SEC63 / Protein targeting / Protein NPL1 / Sec62/63 complex 73 kDa subunit


分子量: 77933.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14906

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Translocation protein ... , 2種, 2分子 EF

#5: タンパク質 Translocation protein SEC66 / Protein HSS1 / Sec62/63 complex 31.5 kDa subunit


分子量: 24263.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
Plasmid details: SEC63 is chromosomally tagged with TEV-GFP / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33754
#6: タンパク質 Translocation protein SEC72 / Sec62/63 complex 23 kDa subunit / p23


分子量: 21631.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
Plasmid details: SEC63 is chromosomally tagged with TEV-GFP / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39742

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from yeast with Sec61 pore ring mutated.小胞体
タイプ: COMPLEX
詳細: Sec61 has the following mutations: M90L/T185I/M294I/M450L
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 43478 X / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.0.7粒子像選択
2SerialEM3.7画像取得
4Warp1.0.7CTF補正
5cryoSPARC2.12CTF補正
11cryoSPARC2.12初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
14cryoSPARC2.12３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 195915 / 詳細: autopicked particles
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16679 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Non-uniform refinement from cryoSPARC / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00210961
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46314873
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.7746595
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0361777
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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