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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7943 | |||||||||
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タイトル | Mtb ClpB in complex with ATPgammaS and casein, Conformer 2 | |||||||||
マップデータ | Mtb ClpB in complex with ATPgammaS and casein, Conformer 2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | cryoEM (低温電子顕微鏡法) / pathogen (病原体) / AAA ATPase / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / unfoldase / CHAPERONE (シャペロン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein unfolding / peptidoglycan-based cell wall / cellular response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu HJ / Li HL | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: ATP hydrolysis-coupled peptide translocation mechanism of ClpB. 著者: Hongjun Yu / Tania J Lupoli / Amanda Kovach / Xing Meng / Gongpu Zhao / Carl F Nathan / Huilin Li / 要旨: The protein disaggregase ClpB hexamer is conserved across evolution and has two AAA+-type nucleotide-binding domains, NBD1 and NBD2, in each protomer. In (), ClpB facilitates asymmetric distribution ...The protein disaggregase ClpB hexamer is conserved across evolution and has two AAA+-type nucleotide-binding domains, NBD1 and NBD2, in each protomer. In (), ClpB facilitates asymmetric distribution of protein aggregates during cell division to help the pathogen survive and persist within the host, but a mechanistic understanding has been lacking. Here we report cryo-EM structures at 3.8- to 3.9-Å resolution of ClpB bound to a model substrate, casein, in the presence of the weakly hydrolyzable ATP mimic adenosine 5'-[γ-thio]triphosphate. ClpB existed in solution in two closed-ring conformations, conformers 1 and 2. In both conformers, the 12 pore-loops on the 12 NTDs of the six protomers (P1-P6) were arranged similarly to a staircase around the bound peptide. Conformer 1 is a low-affinity state in which three of the 12 pore-loops (the protomer P1 NBD1 and NBD2 loops and the protomer P2 NBD1 loop) are not engaged with peptide. Conformer 2 is a high-affinity state because only one pore-loop (the protomer P2 NBD1 loop) is not engaged with the peptide. The resolution of the two conformations, along with their bound substrate peptides and nucleotides, enabled us to propose a nucleotide-driven peptide translocation mechanism of a bacterial ClpB that is largely consistent with several recent unfoldase structures, in particular with the eukaryotic Hsp104. However, whereas Hsp104's two NBDs move in opposing directions during one step of peptide translocation, in Mtb ClpB the two NBDs move only in the direction of translocation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7943.map.gz | 88.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7943-v30.xml emd-7943.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7943_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7943.png | 56.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7943.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7943 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 95 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mtb ClpB in complex with ATPgammaS and casein, Conformer 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.074 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mtb ClpB in complex with ATPgammaS and casein
全体 | 名称: Mtb ClpB in complex with ATPgammaS and casein |
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要素 |
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-超分子 #1: Mtb ClpB in complex with ATPgammaS and casein
超分子 | 名称: Mtb ClpB in complex with ATPgammaS and casein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
-分子 #1: Chaperone protein ClpB
分子 | 名称: Chaperone protein ClpB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 92.688281 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDSFNPTTKT QAALTAALQA ASTAGNPEIR PAHLLMALLT QNDGIAAPLL EAVGVEPATV RAETQRLLDR LPQATGASTQ PQLSRESLA AITTAQQLAT ELDDEYVSTE HVMVGLATGD SDVAKLLTGH GASPQALREA FVKVRGSARV TSPEPEATYQ A LQKYSTDL ...文字列: MDSFNPTTKT QAALTAALQA ASTAGNPEIR PAHLLMALLT QNDGIAAPLL EAVGVEPATV RAETQRLLDR LPQATGASTQ PQLSRESLA AITTAQQLAT ELDDEYVSTE HVMVGLATGD SDVAKLLTGH GASPQALREA FVKVRGSARV TSPEPEATYQ A LQKYSTDL TARAREGKLD PVIGRDNEIR RVVQVLSRRT KNNPVLIGEP GVGKTAIVEG LAQRIVAGDV PESLRDKTIV AL DLGSMVA GSKYRGEFEE RLKAVLDDIK NSAGQIITFI DELHTIVGAG ATGEGAMDAG NMIKPMLARG ELRLVGATTL DEY RKHIEK DAALERRFQQ VYVGEPSVED TIGILRGLKD RYEVHHGVRI TDSALVAAAT LSDRYITARF LPDKAIDLVD EAAS RLRME IDSRPVEIDE VERLVRRLEI EEMALSKEED EASAERLAKL RSELADQKEK LAELTTRWQN EKNAIEIVRD LKEQL EALR GESERAERDG DLAKAAELRY GRIPEVEKKL DAALPQAQAR EQVMLKEEVG PDDIADVVSA WTGIPAGRLL EGETAK LLR MEDELGKRVI GQKAAVTAVS DAVRRSRAGV SDPNRPTGAF MFLGPTGVGK TELAKALADF LFDDERAMVR IDMSEYG EK HTVARLIGAP PGYVGYEAGG QLTEAVRRRP YTVVLFDEIE KAHPDVFDVL LQVLDEGRLT DGHGRTVDFR NTILILTS N LGSGGSAEQV LAAVRATFKP EFINRLDDVL IFEGLNPEEL VRIVDIQLAQ LGKRLAQRRL QLQVSLPAKR WLAQRGFDP VYGARPLRRL VQQAIGDQLA KMLLAGQVHD GDTVPVNVSP DADSLILG UniProtKB: Chaperone protein ClpB |
-分子 #2: casein polyAlanine model
分子 | 名称: casein polyAlanine model / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 1.866038 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAA |
-分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.7 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |