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- EMDB-7774: 3.9A Cryo-EM structure of murine antibody bound at a novel epitop... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7774
タイトル3.9A Cryo-EM structure of murine antibody bound at a novel epitope of respiratory syncytial virus fusion protein
マップデータ3.9A density map of R4.C6 in complex with RSV F710
試料
  • 複合体: Complex of R4.C6 Fab with RSV F protein
    • 複合体: R4.C6 Fab
      • タンパク質・ペプチド: R4.C6 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: R4.C6 Fab Light Chain
    • 複合体: RSV F protein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Xie Q / Wang Z / Chen X / Ni F / Ma J / Wang Q
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2019
タイトル: Structure basis of neutralization by a novel site II/IV antibody against respiratory syncytial virus fusion protein.
著者: Qingqing Xie / Zhao Wang / Fengyun Ni / Xiaorui Chen / Jianpeng Ma / Nita Patel / Hanxin Lu / Ye Liu / Jing-Hui Tian / David Flyer / Michael J Massare / Larry Ellingsworth / Gregory Glenn / ...著者: Qingqing Xie / Zhao Wang / Fengyun Ni / Xiaorui Chen / Jianpeng Ma / Nita Patel / Hanxin Lu / Ye Liu / Jing-Hui Tian / David Flyer / Michael J Massare / Larry Ellingsworth / Gregory Glenn / Gale Smith / Qinghua Wang /
要旨: Globally, human respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of lower respiratory tract infections in newborns, young children, and the elderly for which there is no vaccine. The RSV fusion ...Globally, human respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of lower respiratory tract infections in newborns, young children, and the elderly for which there is no vaccine. The RSV fusion (F) glycoprotein is a major target for vaccine development. Here, we describe a novel monoclonal antibody (designated as R4.C6) that recognizes both pre-fusion and post-fusion RSV F, and binds with nanomole affinity to a unique neutralizing site comprised of antigenic sites II and IV on the globular head. A 3.9 Å-resolution structure of RSV F-R4.C6 Fab complex was obtained by single particle cryo-electron microscopy and 3D reconstruction. The structure unraveled detailed interactions of R4.C6 with antigenic site II on one protomer and site IV on a neighboring protomer of post-fusion RSV F protein. These findings significantly further our understanding of the antigenic complexity of the F protein and provide new insights into RSV vaccine design.
履歴
登録2018年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月25日-
マップ公開2019年7月31日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0232
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0232
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cxc
  • 表面レベル: 0.0232
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.9A density map of R4.C6 in complex with RSV F710
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2546 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0232 / ムービー #1: 0.0232
最小 - 最大-0.03947702 - 0.0792006
平均 (標準偏差)0.00010288416 (±0.0029554246)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 321.1776 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.25460156251.25460156251.2546015625
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.178321.178321.178
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0390.0790.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of R4.C6 Fab with RSV F protein

全体名称: Complex of R4.C6 Fab with RSV F protein
要素
  • 複合体: Complex of R4.C6 Fab with RSV F protein
    • 複合体: R4.C6 Fab
      • タンパク質・ペプチド: R4.C6 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: R4.C6 Fab Light Chain
    • 複合体: RSV F protein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of R4.C6 Fab with RSV F protein

超分子名称: Complex of R4.C6 Fab with RSV F protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: R4.C6 Fab

超分子名称: R4.C6 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: RSV F protein

超分子名称: RSV F protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: R4.C6 Fab Heavy Chain

分子名称: R4.C6 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.831376 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
MAEVQLQQSG PELVKPGASV KISCKASGYA FSNSWMSWVK QRPGKGLEWI GRLFPADGDI TYNGHFKDKA ALTADKSSNT AYIQLSSLT SEDSAVYFCA RMDNSEVFWG QGTLVTVSA

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分子 #2: R4.C6 Fab Light Chain

分子名称: R4.C6 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.457151 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
MADILLTQSQ KFMSTSVGDR VSITCKASQN VRTGVSWYQR KPGQSPKALI YLASNRHTGV PDRFTGRGSG TDFTLTISEV QSEDLADYF CLQHWTVPYT FGGGTKLEIK RTAAAPSRAN SFK

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分子 #3: Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera

分子名称: Fusion glycoprotein F0, Envelope glycoprotein chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 60.728047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK ENKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPATNN RARRELPRF MNYTLNNAKK TNVTLSKKQK QQFLGFLLGV GSAIASGVAV SKVLHLEGEV NKIKSALLST NKAVVSLSNG V SVLTSKVL ...文字列:
QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK ENKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPATNN RARRELPRF MNYTLNNAKK TNVTLSKKQK QQFLGFLLGV GSAIASGVAV SKVLHLEGEV NKIKSALLST NKAVVSLSNG V SVLTSKVL DLKNYIDKQL LPIVNKQSCS ISNIETVIEF QQKNNRLLEI TREFSVNAGV TTPVSTYMLT NSELLSLIND MP ITNDQKK LMSNNVQIVR QQSYSIMSII KEEVLAYVVQ LPLYGVIDTP CWKLHTSPLC TTNTKEGSNI CLTRTDRGWY CDN AGSVSF FPQAETCKVQ SNRVFCDTMN SLTLPSEVNL CNVDIFNPKY DCKIMTSKTD VSSSVITSLG AIVSCYGKTK CTAS NKNRG IIKTFSNGCD YVSNKGVDTV SVGNTLYYVN KQEGKSLYVK GEPIINFYDP LVFPSDEFDA SISQVNEKIN QSLAF IRKS DELLHNVNAG KSTTNIMGAL VPRGSPGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGSSHH HHHH

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 543639
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6cxc:
3.9A Cryo-EM structure of murine antibody bound at a novel epitope of respiratory syncytial virus fusion protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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