[日本語] English
万見
- EMDB-7286: Cryo-EM density map of Alternative Complex III from Flavobacteriu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7286
タイトルCryo-EM density map of Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type)
マップデータStructure of Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type), primary map
試料
  • 複合体: ACIII-cyt aa3 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 5種
キーワードElectron transport chain (電子伝達系) / triacylated cysteine / heme c domain / iron-sulfur cluster (鉄・硫黄クラスター) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Menaquinone reductase, multiheme cytochrome c subunit / NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / : / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Multiheme cytochrome c family profile. ...Menaquinone reductase, multiheme cytochrome c subunit / NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / : / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Multiheme cytochrome c family profile. / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Multiheme cytochrome superfamily / シトクロムc / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Cytochrome c, class I / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein / Polysulphide reductase, NrfD / Uncharacterized protein / Hypothetical lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Benlekbir S / Rubinstein JL
資金援助 米国, カナダ, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01-HL16101 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41-GM104601 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM087519 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123455 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD019994 米国
Simons Foundation349247 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-81294 カナダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the alternative complex III in a supercomplex with cytochrome oxidase.
著者: Chang Sun / Samir Benlekbir / Padmaja Venkatakrishnan / Yuhang Wang / Sangjin Hong / Jonathan Hosler / Emad Tajkhorshid / John L Rubinstein / Robert B Gennis /
要旨: Alternative complex III (ACIII) is a key component of the respiratory and/or photosynthetic electron transport chains of many bacteria. Like complex III (also known as the bc complex), ACIII ...Alternative complex III (ACIII) is a key component of the respiratory and/or photosynthetic electron transport chains of many bacteria. Like complex III (also known as the bc complex), ACIII catalyses the oxidation of membrane-bound quinol and the reduction of cytochrome c or an equivalent electron carrier. However, the two complexes have no structural similarity. Although ACIII has eluded structural characterization, several of its subunits are known to be homologous to members of the complex iron-sulfur molybdoenzyme (CISM) superfamily , including the proton pump polysulfide reductase. We isolated the ACIII from Flavobacterium johnsoniae with native lipids using styrene maleic acid copolymer, both as an independent enzyme and as a functional 1:1 supercomplex with an aa-type cytochrome c oxidase (cyt aa). We determined the structure of ACIII to 3.4 Å resolution by cryo-electron microscopy and constructed an atomic model for its six subunits. The structure, which contains a [3Fe-4S] cluster, a [4Fe-4S] cluster and six haem c units, shows that ACIII uses known elements from other electron transport complexes arranged in a previously unknown manner. Modelling of the cyt aa component of the supercomplex revealed that it is structurally modified to facilitate association with ACIII, illustrating the importance of the supercomplex in this electron transport chain. The structure also resolves two of the subunits of ACIII that are anchored to the lipid bilayer with N-terminal triacylated cysteine residues, an important post-translational modification found in numerous prokaryotic membrane proteins that has not previously been observed structurally in a lipid bilayer.
履歴
登録2017年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月28日-
マップ公開2018年5月9日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.39
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.39
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6btm
  • 表面レベル: 0.39
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7286.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type), primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.39 / ムービー #1: 0.39
最小 - 最大-1.6055999 - 5.340569
平均 (標準偏差)0.004662092 (±0.117458634)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z281.600281.600281.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.6065.3410.005

-
添付データ

-
追加マップ: 3.6-angstrom map for the Alternative Complex III: cyt...

ファイルemd_7286_additional_1.map
注釈3.6-angstrom map for the Alternative Complex III: cyt aa3 oxidase supercomplex from Flavobacterium johnsoniae
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 3.6-angstrom map for the Alternative Complex III from...

ファイルemd_7286_additional_2.map
注釈3.6-angstrom map for the Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : ACIII-cyt aa3 supercomplex

全体名称: ACIII-cyt aa3 supercomplex
要素
  • 複合体: ACIII-cyt aa3 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Alternative Complex III subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Alternative Complex III subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Alternative Complex III subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Alternative Complex III subunit F
  • タンパク質・ペプチド: Alternative Complex III subunit B
  • タンパク質・ペプチド: Alternative Complex III subunit E
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DECANOIC ACIDカプリン酸
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl ditetradecanoate

+
超分子 #1: ACIII-cyt aa3 supercomplex

超分子名称: ACIII-cyt aa3 supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3-#4, #6
詳細: Alternative complex III-- cytochrome aa3 oxidase supercomplex purified with styrene maleic acid copolymer
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

+
分子 #1: Alternative Complex III subunit A

分子名称: Alternative Complex III subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101
分子量理論値: 48.23625 KDa
配列文字列: MKKVGNHNSI SRKLLLSLSL TLIFSLTSFA QDPAAAPAAT EAAAPAAASG GDPVKGKELF NANCAACHKL DAKSTGPALR GVASKHDMA WIYKWVHNSS DMIKSGDPVA VKLFEENNKA VMTSFPQLST GDIDNIIAYT SEVKAEPAAA AGGAATPPGT N VEGGGISN ...文字列:
MKKVGNHNSI SRKLLLSLSL TLIFSLTSFA QDPAAAPAAT EAAAPAAASG GDPVKGKELF NANCAACHKL DAKSTGPALR GVASKHDMA WIYKWVHNSS DMIKSGDPVA VKLFEENNKA VMTSFPQLST GDIDNIIAYT SEVKAEPAAA AGGAATPPGT N VEGGGISN NIILGALALV MAILVVMLFM VNKVLTKVAS NNGIEVAPKE GRTPIWKAFA KNQFLVLVTS IFLLLASGYF VY GYLMQVG VDQNYEPIQP IHYSHKIHAG DNEINCKYCH SAARVSKTAG IPSLNVCMNC HKNISEVAET TATAEYSKAF YDA QIQKLY DAVGWDKTKQ AYTGKTQPVK WVRIHNLPDF VYFNHSQHVS VAGVECQTCH GPVQEFEIMK QYSKLTMGWC VDCH RKTDV KMEGNAYYEK IHAELSKKYG VEKLTAAQMG GLECGKCHY

UniProtKB: Cytochrome c, class I

+
分子 #2: Alternative Complex III subunit B

分子名称: Alternative Complex III subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101
分子量理論値: 102.911984 KDa
配列文字列: CEGPVHKSIP YVLQPEQIIP GVADYYATTV FDGFDFANLL VKTREGRPIK IENNTIAGAK FSANARIHAS ILGLYDSMRL KEPKLDGKN SSWSAVDLKI KSSLADAKAK GGQVVLLTNT LASPTTEKLI GEFIAKNPNA KHVVYDAVSS SDALDAFETV Y GERALVDY ...文字列:
CEGPVHKSIP YVLQPEQIIP GVADYYATTV FDGFDFANLL VKTREGRPIK IENNTIAGAK FSANARIHAS ILGLYDSMRL KEPKLDGKN SSWSAVDLKI KSSLADAKAK GGQVVLLTNT LASPTTEKLI GEFIAKNPNA KHVVYDAVSS SDALDAFETV Y GERALVDY DFSKASLIVS VGADFLGDWQ GGGYDAGYAK GRIPQNGKMS RHFQFESNMT LSGAAADKRV PMTTADQKQA LV QIYNIVV GASVPVSLDA KFKAEVVKAA QQLKAAGTKG ILVSGIEDKN AQLLVLAINQ ALASEAFSTA GTRQIRKGSN AVV AQLIKD MNAGSVHTLI MSGVNPVYTL ADSASFVSGL KKVKTSVAFS LKEDETAAVS TIAAAAPHYL ESWGDVEITK GTYS LTQPT IRPIFDTKQF QDVLLSVNGT PGNFYDYLKA NSGAIIAGSS WNKVLHDGIF VVGSAALAGG SYDFAGAASL LSKAK SSGE LELVLYTKTG MGDGQHANNP WLQEFPDPIT RVSWDNYVTV SNADAKKFNL SNEIVANGGL NGSYATITTA DGNKLE NVP VIVQPGQAVG TVGLAVGYGR KAALKEEMQV GINAYALYKN FNSVQSITLA KANGEHEFAC VQGQKTLMGR GDIIKET TL EIFNTQDAKH WNEQPMVSLD HQEVEATTVD LWESFDRTTG HHFNLSIDLN ACTGCGACVI ACHAENNVPV VGKAEVRR S RDMHWLRIDR YYSSESTFEG DNERKEGIAG LSSSLSTFNE MEKPGDNPQV AFQPVMCQHC NHAPCETVCP VAATSHGRQ GQNHMAYNRC VGTRYCANNC PYKVRRFNWF LYNKNSEFDY HMNDDLGRMV LNPDVNVRSR GVMEKCSFCI QSTQAVILEA KRQGRVVGK DEFNNACACS AACSSGAMVF GDVNDKESEV AKLAESERMY HLLEHVGTKP NVFYHVKVRN

UniProtKB: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein

+
分子 #3: Alternative Complex III subunit C

分子名称: Alternative Complex III subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101
分子量理論値: 53.269992 KDa
配列文字列: MSSHYEAPIR KPLVIGDKSY HDVTVDVAAP VEGPANKQWW IVFTIALVAF LWGLGCIIYT VSTGIGTWGL NKTVGWAWDI TNFVWWVGI GHAGTLISAV LLLFRQRWRM AINRSAEAMT IFSVVQAGLF PIIHMGRPWL AYWVLPIPNQ FGSLWVNFNS P LLWDVFAI ...文字列:
MSSHYEAPIR KPLVIGDKSY HDVTVDVAAP VEGPANKQWW IVFTIALVAF LWGLGCIIYT VSTGIGTWGL NKTVGWAWDI TNFVWWVGI GHAGTLISAV LLLFRQRWRM AINRSAEAMT IFSVVQAGLF PIIHMGRPWL AYWVLPIPNQ FGSLWVNFNS P LLWDVFAI STYLSVSLVF WWTGLLPDFA MLRDRAITPF NKRVYSILSF GWSGRAKDWQ RFEEVSLVLA GLATPLVLSV HT IVSMDFA TSVIPGWHTT IFPPYFVAGA VFSGFAMVNT LLIVMRKVSN LEAYITLQHI ELMNIIIMIT GSIVGVAYIT ELF VAWYSG VEYEQYAFLN RATGPYWWAY WSMMTCNVFS PQFMWFKKLR TSIMFSFIIS IVVNIGMWFE RFVIIVTSLH RDYL PSSWT MFSPTFVDIG IFIGTIGFFF VLFLLYSRTF PVIAQAEVKT ILKGTGDNYI RERANKDSHH E

UniProtKB: Polysulphide reductase, NrfD

+
分子 #4: Alternative Complex III subunit D

分子名称: Alternative Complex III subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101
分子量理論値: 19.72082 KDa
配列文字列:
MSNKVIYAIY NDDDVLMNAV KKTRAAHHHI EEVFTPFPVH GLDKAMGLAP TRLAICAFLY GCVGISVATT MMSYIMIHDW PQDIGGKPS FSFIQNMPSF VPIMFEMTVF FAAHLMVITF YMRSRLWPFK QAENPDVRTT DDHFLIEVAV NDNEAELVSF F EGTGAVEV KVIEKN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #5: Alternative Complex III subunit E

分子名称: Alternative Complex III subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101
分子量理論値: 18.17927 KDa
配列文字列:
CHNNSAPNYQ YFPNMYESVA YEPYTEAKIF KGGKEGQLPV EGTINRGFEP YEYENSTAGY ELAKANLKSP LTEEEKNSGK GKELFEIYC ISCHGAAGNG KGKLVEREKF LGVPSYKDRE ITEGSIFHVE TYGLNAMGSH ANQLSAHERW LVADYVLKLK S QL

UniProtKB: Hypothetical lipoprotein

+
分子 #6: Alternative Complex III subunit F

分子名称: Alternative Complex III subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101
分子量理論値: 52.926332 KDa
配列文字列: MYTFSSKLKT FSIILMVLGL LGIGYGFLSA PKDIQEVEKI LAADAHGAHG TAHGESAEAS HKEAGHHEAA EASHEEHKGG EHAKVGAAD EHTEHLNHVL HQLQNKPWSA LYVACIFFLL LSMGVLAFYA IQQVAQAGWS PVLFRVMQGI TAYLPAGSII F FIILVLCG ...文字列:
MYTFSSKLKT FSIILMVLGL LGIGYGFLSA PKDIQEVEKI LAADAHGAHG TAHGESAEAS HKEAGHHEAA EASHEEHKGG EHAKVGAAD EHTEHLNHVL HQLQNKPWSA LYVACIFFLL LSMGVLAFYA IQQVAQAGWS PVLFRVMQGI TAYLPAGSII F FIILVLCG LHFNHIFVWL GEGVTDPKSP NYDAIIAGKS GYLNFPFWIV RAFIFLLGWN IYRHFSRKNC LAQDEANDDL YY KKNFKIS AGFLVFFIVS ESIMAWDWIM SFDPHWFSTL FAWYVFASFF VSGITSIALI TIYLKSKGYL EYVNTSHIHD LAK FMFGIS VFWTYLWFSQ FMLIWYANIP EEVTYFVTRI QLYNLPFFGA VVMNFVFPLL ILINTDFKRL NWVVVMAGIV ILLG HYVDF FNMIMPGTVG DKWFIGVPEI ASILFFLGLF IFVVFTALTK SPLLAKRNPF IEESKHFHY

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

+
分子 #8: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #9: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #10: DECANOIC ACID

分子名称: DECANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: DKA
分子量理論値: 172.265 Da
Chemical component information

ChemComp-DKA:
DECANOIC ACID / デカン酸 / カプリン酸

+
分子 #11: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl ditetradecanoate

分子名称: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl ditetradecanoate / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: FAW
分子量理論値: 512.805 Da
Chemical component information

ChemComp-FAW:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl ditetradecanoate / 1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-ル

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2017 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 3044
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 164239

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6btm:
Structure of Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る