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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v6b | |||||||||
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タイトル | Structures of GCP2 and GCP3 in the native human gamma-tubulin ring complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / GCP / GCP2 / GCP3 / gamma-TuSC / gTuSC / gamma-tubulin ring complex / gTuRC / g-TuRC / microtubule (微小管) / microtubule nucleation / single particle cryo-EM structure | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 equatorial microtubule organizing center / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / 微小管形成中心 / cytoplasmic microtubule / single fertilization / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization ...equatorial microtubule organizing center / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / 微小管形成中心 / cytoplasmic microtubule / single fertilization / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / 中心小体 / meiotic cell cycle / neuron migration / brain development / structural constituent of cytoskeleton / 紡錘体 / spindle / mitotic cell cycle / protein-containing complex assembly / 中心体 / structural molecule activity / 核質 / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wieczorek, M. / Urnavicius, L. / Ti, S. / Molloy, K.R. / Chait, B.T. / Kapoor, T.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Asymmetric Molecular Architecture of the Human γ-Tubulin Ring Complex. 著者: Michal Wieczorek / Linas Urnavicius / Shih-Chieh Ti / Kelly R Molloy / Brian T Chait / Tarun M Kapoor / 要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the native human γ-TuRC at ∼3.8 Å resolution, revealing an asymmetric, cone-shaped structure. Pseudo-atomic models indicate that GCP4, GCP5, and GCP6 form distinct Y-shaped assemblies that structurally mimic GCP2/GCP3 subcomplexes distal to the γ-TuRC "seam." We also identify an unanticipated structural bridge that includes an actin-like protein and spans the γ-TuRC lumen. Despite its asymmetric architecture, the γ-TuRC arranges γ-tubulins into a helical geometry poised to nucleate microtubules. Diversity in the γ-TuRC subunits introduces large (>100,000 Å) surfaces in the complex that allow for interactions with different regulatory factors. The observed compositional complexity of the γ-TuRC could self-regulate its assembly into a cone-shaped structure to control microtubule formation across diverse contexts, e.g., within biological condensates or alongside existing filaments. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v6b.cif.gz | 222.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v6b.ent.gz | 169.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 103710.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96CW5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 105765.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSJ2 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Native human gamma-tubulin ring complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 351714 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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