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万見
- PDB-6t20: Cryo-EM structure of phalloidin-stabilized F-actin (aged) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t20
タイトルCryo-EM structure of phalloidin-stabilized F-actin (aged)
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • phalloidin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Cytoskeleton (細胞骨格) / phalloidin / stabilized-actin filament
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / myosin heavy chain binding / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / myosin heavy chain binding / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Pospich, S. / Merino, F. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
European Union (EU)615984 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structural Effects and Functional Implications of Phalloidin and Jasplakinolide Binding to Actin Filaments.
著者: Sabrina Pospich / Felipe Merino / Stefan Raunser /
要旨: Actin undergoes structural transitions during polymerization, ATP hydrolysis, and subsequent release of inorganic phosphate. Several actin-binding proteins sense specific states during this ...Actin undergoes structural transitions during polymerization, ATP hydrolysis, and subsequent release of inorganic phosphate. Several actin-binding proteins sense specific states during this transition and can thus target different regions of the actin filament. Here, we show in atomic detail that phalloidin, a mushroom toxin that is routinely used to stabilize and label actin filaments, suspends the structural changes in actin, likely influencing its interaction with actin-binding proteins. Furthermore, high-resolution cryoelectron microscopy structures reveal structural rearrangements in F-actin upon inorganic phosphate release in phalloidin-stabilized filaments. We find that the effect of the sponge toxin jasplakinolide differs from the one of phalloidin, despite their overlapping binding site and similar interactions with the actin filament. Analysis of structural conformations of F-actin suggests that stabilizing agents trap states within the natural conformational space of actin.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10364
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10364
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Actin, alpha skeletal muscle
C: Actin, alpha skeletal muscle
D: Actin, alpha skeletal muscle
E: Actin, alpha skeletal muscle
F: phalloidin
G: phalloidin
H: phalloidin
I: phalloidin
J: phalloidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,68020
ポリマ－213,42310
非ポリマー2,25810
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area19810 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area72720 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Actin, alpha skeletal muscle / / Alpha-actin-1


分子量: 41875.633 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle骨格筋 / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質・ペプチド
phalloidin /


分子量: 808.899 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Filamentous phalloidin-stabilized alpha actin in complex with ADPCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Filamentous alpha actin in complex with ADPCOMPLEX#11NATURAL
3PhalloidinCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID組織
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986skeletal muscle
23synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 5 mM Tris pH 7.5, 2 mM NaN3, 1 mM DTT, 100 mM KCl and 2 mM MgCl2, 2.0 %(v/v) MeOH, 0.03 %(v/w) Tween 20
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
15 mMTRISトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
22 mMSodium azideNaN31
31 mMDTTC4H10O2S21
4100 mMPotassium chlorideKCl1
52 mMMagnesium chlorideMgCl21
62.0 % (v/v)MethanolメタノールCH3OH1
70.03 % (v/w)Tween 20C58H114O261
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Rise 27.6 A, Twist -166.9 degrees
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs-corrected microscope
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 87 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5213
電子光学装置球面収差補正装置: Cs-corrected microscope
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-8

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
5RELION2-betaCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10Rosettaモデル精密化
11RELION2-beta初期オイラー角割当
12RELION2-beta最終オイラー角割当
14RELION2-beta３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1209605
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 513783 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
15ONV

5onv

C1
26T1Y

6t1y

C1378-378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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