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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s44 | ||||||
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タイトル | Faba bean necrotic stunt virus (FBNSV) | ||||||
要素 | Capsid proteinカプシド | ||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / icosahedral T1 capsid | ||||||
機能・相同性 | Nanovirus coat protein / Nanovirus coat protein / virion component => GO:0044423 / カプシド 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Faba bean necrotic stunt virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||
データ登録者 | Trapani, S. / Lai Kee Him, J. / Blanc, S. / Bron, P. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023 タイトル: Structure-guided mutagenesis of the capsid protein indicates that a nanovirus requires assembled viral particles for systemic infection. 著者: Stefano Trapani / Eijaz Ahmed Bhat / Michel Yvon / Joséphine Lai-Kee-Him / François Hoh / Marie-Stéphanie Vernerey / Elodie Pirolles / Mélia Bonnamy / Guy Schoehn / Jean-Louis Zeddam / ...著者: Stefano Trapani / Eijaz Ahmed Bhat / Michel Yvon / Joséphine Lai-Kee-Him / François Hoh / Marie-Stéphanie Vernerey / Elodie Pirolles / Mélia Bonnamy / Guy Schoehn / Jean-Louis Zeddam / Stéphane Blanc / Patrick Bron / 要旨: Nanoviruses are plant multipartite viruses with a genome composed of six to eight circular single-stranded DNA segments. The distinct genome segments are encapsidated individually in icosahedral ...Nanoviruses are plant multipartite viruses with a genome composed of six to eight circular single-stranded DNA segments. The distinct genome segments are encapsidated individually in icosahedral particles that measure ≈18 nm in diameter. Recent studies on the model species Faba bean necrotic stunt virus (FBNSV) revealed that complete sets of genomic segments rarely occur in infected plant cells and that the function encoded by a given viral segment can complement the others across neighbouring cells, presumably by translocation of the gene products through unknown molecular processes. This allows the viral genome to replicate, assemble into viral particles and infect anew, even with the distinct genome segments scattered in different cells. Here, we question the form under which the FBNSV genetic material propagates long distance within the vasculature of host plants and, in particular, whether viral particle assembly is required. Using structure-guided mutagenesis based on a 3.2 Å resolution cryogenic-electron-microscopy reconstruction of the FBNSV particles, we demonstrate that specific site-directed mutations preventing capsid formation systematically suppress FBNSV long-distance movement, and thus systemic infection of host plants, despite positive detection of the mutated coat protein when the corresponding segment is agroinfiltrated into plant leaves. These results strongly suggest that the viral genome does not propagate within the plant vascular system under the form of uncoated DNA molecules or DNA:coat-protein complexes, but rather moves long distance as assembled viral particles. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s44.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s44.ent.gz | 24.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/6s44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/6s44 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19200.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Faba bean necrotic stunt virus (ウイルス) 参照: UniProt: C7DLN3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Faba bean necrotic stunt virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Faba bean necrotic stunt virus (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
ウイルス殻 | 名称: capsidカプシド / 三角数 (T数): 3 |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5156 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |