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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r9b | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of bacterial RNAP with a DNA mimic protein Ocr from T7 phage | ||||||
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機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, F.Z. / Zhang, X.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of transcription inhibition by the DNA mimic protein Ocr of bacteriophage T7. 著者: Fuzhou Ye / Ioly Kotta-Loizou / Milija Jovanovic / Xiaojiao Liu / David Tf Dryden / Martin Buck / Xiaodong Zhang / ![]() ![]() 要旨: Bacteriophage T7 infects and evades the host restriction/modification system. The Ocr protein of T7 was shown to exist as a dimer mimicking DNA and to bind to host restriction enzymes, thus ...Bacteriophage T7 infects and evades the host restriction/modification system. The Ocr protein of T7 was shown to exist as a dimer mimicking DNA and to bind to host restriction enzymes, thus preventing the degradation of the viral genome by the host. Here we report that Ocr can also inhibit host transcription by directly binding to bacterial RNA polymerase (RNAP) and competing with the recruitment of RNAP by sigma factors. Using cryo electron microscopy, we determined the structures of Ocr bound to RNAP. The structures show that an Ocr dimer binds to RNAP in the cleft, where key regions of sigma bind and where DNA resides during transcription synthesis, thus providing a structural basis for the transcription inhibition. Our results reveal the versatility of Ocr in interfering with host systems and suggest possible strategies that could be exploited in adopting DNA mimicry as a basis for forming novel antibiotics. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 583.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 477 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / プラスミド: pGEM-ABC / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | ![]() 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 プラスミド: pGEMABC / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | ![]() 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / プラスミド: pGEMABC / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 9094.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: F4NQ47, UniProt: P0A800*PLUS, ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 13819.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: 0.3 / プラスミド: pOPINF-Ocr / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.410 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 49.53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3543 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 41 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 753783 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27312 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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