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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pe4 | |||||||||
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タイトル | Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / P-type proton-exporting transporter activity / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification ...cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / P-type proton-exporting transporter activity / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / vacuolar transport / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuole organization / protein targeting to vacuole / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / vacuolar acidification / cellular hyperosmotic response / fungal-type vacuole membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / RNA endonuclease activity / Neutrophil degranulation / proton transmembrane transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cell periphery / transmembrane transport / エンドサイトーシス / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Peng, W. / Li, Y. / Tomchick, D.R. / Orth, K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: A distinct inhibitory mechanism of the V-ATPase by Vibrio VopQ revealed by cryo-EM. 著者: Wei Peng / Amanda K Casey / Jessie Fernandez / Emily M Carpinone / Kelly A Servage / Zhe Chen / Yang Li / Diana R Tomchick / Vincent J Starai / Kim Orth / 要旨: The Vibrio parahaemolyticus T3SS effector VopQ targets host-cell V-ATPase, resulting in blockage of autophagic flux and neutralization of acidic compartments. Here, we report the cryo-EM structure of ...The Vibrio parahaemolyticus T3SS effector VopQ targets host-cell V-ATPase, resulting in blockage of autophagic flux and neutralization of acidic compartments. Here, we report the cryo-EM structure of VopQ bound to the V subcomplex of the V-ATPase. VopQ inserts into membranes and forms an unconventional pore while binding directly to subunit c of the V-ATPase membrane-embedded subcomplex V. We show that VopQ arrests yeast growth in vivo by targeting the immature V subcomplex in the endoplasmic reticulum (ER), thus providing insight into the observation that VopQ kills cells in the absence of a functional V-ATPase. VopQ is a bacterial effector that has been discovered to inhibit a host-membrane megadalton complex by coincidentally binding its target, inserting into a membrane and disrupting membrane potential. Collectively, our results reveal a mechanism by which bacterial effectors modulate host cell biology and provide an invaluable tool for future studies on V-ATPase-mediated membrane fusion and autophagy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pe4.cif.gz | 560.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pe4.ent.gz | 451.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pe4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pe4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-V-type proton ATPase subunit ... , 6種, 13分子 ADEGHIJKLMNOP
#1: タンパク質 | 分子量: 115126.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32563 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 39822.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32366 |
#4: タンパク質 | 分子量: 8387.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7B6 |
#6: タンパク質 | 分子量: 22610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23968 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17046.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32842 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16357.501 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25515 |
-タンパク質 , 3種, 3分子 BFQ
#2: タンパク質 | 分子量: 29694.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53262 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 9369.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C5R9 |
#9: タンパク質 | 分子量: 55424.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: ACS91_23375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L7YPA6, UniProt: A0A4Z7TVW3*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.41 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108491 / 対称性のタイプ: POINT |