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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jy0 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of S.typhimurium R-type straight flagellar filament made of FljB (A461V) | ||||||
![]() | Flagellin![]() | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / FljB / Helical reconstruction / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type flagellum filament / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamaguchi, T. / Toma, S. / Terahara, N. / Miyata, T. / Minamino, T. / Ashikara, M. / Namba, K. / Kato, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Comparison of Flagellar Filaments Composed of FljB and FliC. 著者: Tomoko Yamaguchi / Shoko Toma / Naoya Terahara / Tomoko Miyata / Masamichi Ashihara / Tohru Minamino / Keiichi Namba / Takayuki Kato / ![]() 要旨: The bacterial flagellum is a motility organelle consisting of a long helical filament as a propeller and a rotary motor that drives rapid filament rotation to produce thrust. serovar Typhimurium has ...The bacterial flagellum is a motility organelle consisting of a long helical filament as a propeller and a rotary motor that drives rapid filament rotation to produce thrust. serovar Typhimurium has two genes of flagellin, and , for flagellar filament formation and autonomously switches their expression at a frequency of 10-10 per cell per generation. We report here differences in their structures and motility functions under high-viscosity conditions. A strain expressing FljB showed a higher motility than one expressing FliC under high viscosity. To examine the reasons for this motility difference, we carried out structural analyses of the FljB filament by electron cryomicroscopy and found that the structure was nearly identical to that of the FliC filament except for the position and orientation of the outermost domain D3 of flagellin. The density of domain D3 was much lower in FljB than FliC, suggesting that domain D3 of FljB is more flexible and mobile than that of FliC. These differences suggest that domain D3 plays an important role not only in changing antigenicity of the filament but also in optimizing motility function of the filament as a propeller under different conditions. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 52608.449 Da / 分子数: 22 / 変異: A461V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: fljB, C2253_13415, CET98_21075, D7F20_13880, D7H43_12410, DJ388_21755 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q549S3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: FljB / タイプ: COMPLEX / 詳細: R-type straight flagellar filament (A461V) / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: SJW590 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
EM embedding | Material: buffer | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 10.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 2319 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-6 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 65.813 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.86758 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 197442 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114110 / 詳細: Half-map generation is Gold-standard / 対称性のタイプ: HELICAL |