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万見
- PDB-6awd: Structure of 30S (S1 depleted) ribosomal subunit and RNA polymera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6awd
タイトルStructure of 30S (S1 depleted) ribosomal subunit and RNA polymerase complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4
  • 16S rRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 30S subunit / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding ...DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / protein dimerization activity / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit ...DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS4 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / Small ribosomal subunit protein bS16 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS5 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Demo, G. / Rasouly, A. / Vasilyev, N. / Loveland, A.B. / Diaz-Avalos, R. / Grigorieff, N. / Nudler, E. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106105 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107465 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107329 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure of RNA polymerase bound to ribosomal 30S subunit.
著者: Gabriel Demo / Aviram Rasouly / Nikita Vasilyev / Vladimir Svetlov / Anna B Loveland / Ruben Diaz-Avalos / Nikolaus Grigorieff / Evgeny Nudler / Andrei A Korostelev /
要旨: In bacteria, mRNA transcription and translation are coupled to coordinate optimal gene expression and maintain genome stability. Coupling is thought to involve direct interactions between RNA ...In bacteria, mRNA transcription and translation are coupled to coordinate optimal gene expression and maintain genome stability. Coupling is thought to involve direct interactions between RNA polymerase (RNAP) and the translational machinery. We present cryo-EM structures of RNAP core bound to the small ribosomal 30S subunit. The complex is stable under cell-like ionic conditions, consistent with functional interaction between RNAP and the 30S subunit. The RNA exit tunnel of RNAP aligns with the Shine-Dalgarno-binding site of the 30S subunit. Ribosomal protein S1 forms a wall of the tunnel between RNAP and the 30S subunit, consistent with its role in directing mRNAs onto the ribosome. The nucleic-acid-binding cleft of RNAP samples distinct conformations, suggesting different functional states during transcription-translation coupling. The architecture of the 30S•RNAP complex provides a structural basis for co-localization of the transcriptional and translational machineries, and inform future mechanistic studies of coupled transcription and translation.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02017年12月6日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 2.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
01: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
02: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
03: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
04: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
05: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
E: 30S ribosomal protein S2
F: 30S ribosomal protein S3
G: 30S ribosomal protein S4
H: 30S ribosomal protein S5
I: 30S ribosomal protein S6
J: 30S ribosomal protein S7
K: 30S ribosomal protein S8
L: 30S ribosomal protein S9
M: 30S ribosomal protein S10
N: 30S ribosomal protein S11
O: 30S ribosomal protein S12
P: 30S ribosomal protein S13
Q: 30S ribosomal protein S14
R: 30S ribosomal protein S15
S: 30S ribosomal protein S16
T: 30S ribosomal protein S17
U: 30S ribosomal protein S18
V: 30S ribosomal protein S19
W: 30S ribosomal protein S20
X: 30S ribosomal protein S21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,126,29326
ポリマ－1,126,29326
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 0102030405

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / ポリメラーゼ / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 25339.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, Z4665, ECs4160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z6, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150560.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, ECS88_4448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIX3, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 151537.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, Z5561, ECs4911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T8, ポリメラーゼ
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / ポリメラーゼ / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 6552.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, ECS88_4064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MFL0, ポリメラーゼ

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 EFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#6: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBF0
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS9
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR2
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7NGD4
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCV6
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS1
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBZ1
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCT6
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR3
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCV7
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T1
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS2
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MB86
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS6
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MLK7
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCT1
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MAE3
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8A4M2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
130S (S1 depleted) ribosomal subunit and RNA polymerase complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
230S (S1 depleted) ribosomal subunitCOMPLEX#1, #6-#251NATURAL
3RNA polymeraseRNAポリメラーゼCOMPLEX#2-#51RECOMBINANT
分子量値: 1.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM BME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 50 nM 30S, 150 nM RNAP
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K
詳細: 2.5 uL of 50 nM 30S and 150 nM RNAP was applied to the grid. After a 30 second incubation, the grid was blotted for 5 seconds at blotting power 8.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1641
詳細: The average electron dose 40.0 (e-/A2) represents the total dose for one collected movie.
画像スキャン動画フレーム数/画像: 80 / 利用したフレーム数/画像: 1-80

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cisTEM1粒子像選択
2SerialEM3.6画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9FREALIGN9.11初期オイラー角割当
10FREALIGN9.11最終オイラー角割当
11FREALIGN9.11分類
12FREALIGN9.11３次元再構成
13RSRefモデル精密化
14PHENIX1.11モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 272975
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21123 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 500 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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